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- PDB-5u5t: Crystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 3-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5t
タイトルCrystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 3-(benzo[d][1,3]dioxol-4-ylmethyl)piperidine-1-carboximidamide
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Polycomb protein EED
キーワードTranscription/Transferase / EED / fragment-based generation / oncology / Transcription-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte homeostasis / regulation of kidney development / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration ...hepatocyte homeostasis / regulation of kidney development / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / response to tetrachloromethane / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / facultative heterochromatin formation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / negative regulation of stem cell differentiation / pronucleus / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / lncRNA binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / G1 to G0 transition / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone methyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Transcriptional Regulation by E2F6 / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / enzyme activator activity / B cell differentiation / positive regulation of GTPase activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / hippocampus development / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / liver regeneration / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of circadian rhythm / protein modification process / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / HCMV Early Events / G1/S transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / rhythmic process / response to estradiol / chromatin organization / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / chromosome, telomeric region / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7W7 / YTTRIUM (III) ION / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bussiere, D. / Shu, W.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Design of EED Binders Allosterically Inhibiting the Epigenetic Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) Methyltransferase.
著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. ...著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. / Sheng, X. / Shu, W. / Sutton, J. / Taft, B. / Wang, L. / Zeng, J. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, K. / Lindvall, M. / Bussiere, D.E.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9168
ポリマ－92,2154
非ポリマー7004
水18,6091033
1
A: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3693
ポリマ－46,1082
非ポリマー2611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein EED
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5475
ポリマ－46,1082
非ポリマー4393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.810, 177.909, 50.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 76-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 3751.344 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-68 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15910, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-7W7 / (3R)-3-[(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)methyl]piperidine-1-carboximidamide


分子量: 261.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N3O2
#4: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1033 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of ...詳細: Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of a synthesized peptide which comprises the helix on EZH2 which interacts with EED. The crystals were grown using the vapor diffusion method. One uL of the protein mixture was combined with 1 uL of a precipitant comprised of 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, on a cover slip which was suspended over a reservoir comprised of 0.5 mL of precipitant at 18 Celsius and sealed. The crystals grew in 4-6 days at 18 Celsius and then harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant and 2 mM of compound for 24 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 30% PEG 400 (v/v), 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→82.29 Å / Num. obs: 110710 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.73 Å2 / Net I/σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.6→64.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.087 / SU Rfree Blow DPI: 0.087 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 5503 4.97 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 110614 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4252 Å20 Å20 Å2
2--3.2454 Å20 Å2
3---2.1798 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→64.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6064 0 40 1033 7137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016280HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.068513HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2202SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes910HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6280HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion808SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8014SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 397 4.98 %
Rwork0.225 7578 -
all0.226 7975 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4855-0.1770.06811.7720.57731.38850.0168-0.014-0.0171-0.02870.079-0.0514-0.05160.0459-0.0958-0.07830.0072-0.0068-0.059-0.0084-0.063824.922465.61020.8571
20.3641-0.0256-0.14312.2620.92831.3367-0.0176-0.00260.0066-0.11550.1064-0.0775-0.05940.0591-0.0889-0.0708-0.01960.0213-0.0637-0.004-0.078327.45719.37324.0938
30.9962-1.3227-0.58262.02510.05591.8713-0.0428-0.1496-0.02390.31560.0370.20280.3303-0.05340.00580.0491-0.04480.0204-0.02420.0361-0.089617.199955.937713.788
42.24650.9095-0.52971.95140.62361.2057-0.0390.068-0.0204-0.6807-0.07320.2994-0.4436-0.16750.11220.1510.0274-0.0648-0.07760.0133-0.132117.27927.322511.7321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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