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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u5q | ||||||
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タイトル | 12 Subunit RNA Polymerase II at Room Temperature collected using SFX | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / TRANSCRIPTION / Serial Femtosecond Crystallography | ||||||
機能・相同性 | ![]() RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / translesion synthesis / RNA polymerase II activity / translation initiation factor binding / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bushnell, D.A. / Oberthur, D. / Mariani, V. / Yefanov, O. / Tolstikova, A. / Barty, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Double-flow focused liquid injector for efficient serial femtosecond crystallography. 著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / ...著者: Oberthuer, D. / Knoska, J. / Wiedorn, M.O. / Beyerlein, K.R. / Bushnell, D.A. / Kovaleva, E.G. / Heymann, M. / Gumprecht, L. / Kirian, R.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Tolstikova, A. / Adriano, L. / Awel, S. / Barthelmess, M. / Dorner, K. / Xavier, P.L. / Yefanov, O. / James, D.R. / Nelson, G. / Wang, D. / Calvey, G. / Chen, Y. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Frielingsdorf, S. / Lenz, O. / Snell, E. / Robinson, P.J. / Sarler, B. / Belsak, G. / Macek, M. / Wilde, F. / Aquila, A. / Boutet, S. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Scheerer, P. / Lipscomb, J.D. / Weierstall, U. / Kornberg, R.D. / Spence, J.C. / Pollack, L. / Chapman, H.N. / Bajt, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 544.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 632.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 139 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 185.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Assembly confirmed by gel filtration |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16370 |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20433 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34087 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P27999 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422 |
-非ポリマー , 2種, 9分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / #14: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.18 % |
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結晶化 | 温度: 289.65 K / 手法: microdialysis / pH: 6.3 詳細: 21-22% PEG 400, 5% PEG 5%, 100 mM Ammonium Phosphate pH 6.3, 100 mM NaCl, 1 mM ZnCl2 and 10 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.15 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月26日 / 詳細: 90 150 nm2 FWHM (V H) with Kirkpatrick-Baez mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.55 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→40.611 Å / Num. obs: 123899 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 54.9 % / Biso Wilson estimate: 140.9 Å2 / Net I/σ(I): 2.41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.8→40.611 Å / SU ML: 0.75 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→40.611 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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