PDB-5u5d: Psf4 in complex with Mn2+ and (R)-2-HPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u5d

タイトル

Psf4 in complex with Mn2+ and (R)-2-HPP

要素

(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fosfomycin / Epoxidase / Oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Two Late-Stage Enzymes Involved in Fosfomycin Biosynthesis in Pseudomonads.
著者: Olivares, P. / Ulrich, E.C. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u5d.cif.gz	160.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u5d.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u55C 5u57C 5u58C 5u5gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u57-d 5u55-d 6rn1-d 4ap9-d 2xgs-d 5yvl-d 5eta-d 4h4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

B: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

C: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

D: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase

ヘテロ分子

86 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.464, 111.287, 128.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	4 - 190	4 - 190
2	1	ARG	ARG	B	B	4 - 190	4 - 190
1	2	ARG	ARG	A	A	4 - 190	4 - 190
2	2	ARG	ARG	C	C	4 - 190	4 - 190
1	3	LEU	LEU	A	A	6 - 190	6 - 190
2	3	LEU	LEU	D	D	6 - 190	6 - 190
1	4	ARG	ARG	B	B	4 - 190	4 - 190
2	4	ARG	ARG	C	C	4 - 190	4 - 190
1	5	LEU	LEU	B	B	6 - 190	6 - 190
2	5	LEU	LEU	D	D	6 - 190	6 - 190
1	6	LEU	LEU	C	C	6 - 190	6 - 190
2	6	LEU	LEU	D	D	6 - 190	6 - 190

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / Hydroxypropylphosphonate epoxidase / Ps-hppE 分子量: 21345.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) 遺伝子: hppE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JN69, (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-TB6 / [(2R)-2-hydroxypropyl]phosphonic acid / [(R)-2-ヒドロキシプロピル]ホスホン酸分子量: 140.075 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350 0.2 M Ammonium Citrate 10 mg/mL Psf4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月9日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→84.12 Å / Num. obs: 28174 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.49→2.498 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.994 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.687 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→84.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 10.057 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25003	1363	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20376	-	-	-
obs	0.20605	26750	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.298 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.49→84.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5864	0	27	188	6079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.948	8144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	3	13028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.255	5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.544	23.844	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.012	15	997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.967	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.163	4.822	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.163	4.822	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.524	7.224	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.523	7.224	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.477	5.24	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.478	5.239	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.162	7.678	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.978	37.972	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.996	37.978	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10542	0.09
1	2	B	10542	0.09
2	1	A	9930	0.13
2	2	C	9930	0.13
3	1	A	9729	0.13
3	2	D	9729	0.13
4	1	B	9888	0.14
4	2	C	9888	0.14
5	1	B	9538	0.13
5	2	D	9538	0.13
6	1	C	9343	0.15
6	2	D	9343	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	95	-
R_work	0.27	1941	-
obs	-	-	99.95 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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