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- PDB-5u55: Psf4 in complex with Mn2+ and (S)-2-HPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u55
タイトルPsf4 in complex with Mn2+ and (S)-2-HPP
要素(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fosfomycin / Epoxidase / Oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (S)-2-HYDROXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PO1 GM077596 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Two Late-Stage Enzymes Involved in Fosfomycin Biosynthesis in Pseudomonads.
著者: Olivares, P. / Ulrich, E.C. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
B: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
C: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
D: (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,16412
ポリマ－85,3844
非ポリマー7808
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14570 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.290, 111.005, 128.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA5 - 1895 - 189
21TYRTYRBB5 - 1895 - 189
12TYRTYRAA5 - 1895 - 189
22TYRTYRCC5 - 1895 - 189
13TYRTYRAA5 - 1895 - 189
23TYRTYRDD5 - 1895 - 189
14GLYGLYBB5 - 1905 - 190
24GLYGLYCC5 - 1905 - 190
15GLYGLYBB5 - 1905 - 190
25GLYGLYDD5 - 1905 - 190
16GLYGLYCC5 - 1905 - 190
26GLYGLYDD5 - 1905 - 190

NCSアンサンブル:
ID
6
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質
(S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / Hydroxypropylphosphonate epoxidase / Ps-hppE


分子量: 21345.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: hppE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JN69, (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-S0H / (S)-2-HYDROXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / [(S)-2-ヒドロキシプロピル]ホスホン酸


分子量: 140.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3350 0.1 M potassium citrate 12 mg/mL Psf4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→84.11 Å / Num. obs: 30592 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.46 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.728 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→84.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.392 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.609 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25304 1488 4.9 %RANDOM
Rwork0.20469 ---
obs0.20701 29047 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→84.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5891 0 36 228 6155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9498225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.215313106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6085749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8724.012324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.553151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3841549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8714.6322987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.874.6322986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9426.9443730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9426.9443731
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0715.0343077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.075.0343078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.497.3764493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.07836.4236709
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.07536.4166667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A108030.07
12B108030.07
21A108480.07
22C108480.07
31A106470.09
32D106470.09
41B108810.07
42C108810.07
51B105780.09
52D105780.09
61C105770.09
62D105770.09
LS精密化 シェル解像度: 2.447→2.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 97 -
Rwork0.32 2096 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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