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万見
- PDB-5u4v: pseudoGTPase domain (pG1) of p190RhoGAP-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u4v
タイトルpseudoGTPase domain (pG1) of p190RhoGAP-B
要素Rho GTPase-activating protein 5
キーワードHYDROLASE / GTPase / pseudoGTPase / G domain / Rho / GAP / ARHGAP5 / ARHGAP35
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell migration / mammary gland development / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / regulation of cell size ...epithelial cell migration / mammary gland development / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / regulation of cell size / RHOB GTPase cycle / positive regulation of epithelial cell migration / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / SH2 domain binding / GTPase activator activity / cell adhesion / GTPase activity / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. / FF domain / FF domain ...Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GTPase-activating protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS085078 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM109487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114621 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102262 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018007 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100411 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: p190RhoGAP proteins contain pseudoGTPase domains.
著者: Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase-activating protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8441
ポリマ－19,8441
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.763, 40.763, 95.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Rho GTPase-activating protein 5 / Rho-type GTPase-activating protein 5 / p190-B


分子量: 19843.621 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 590-763 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGAP5, RHOGAP5 / プラスミド: pET32 modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13017
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 2.15 M sodium malonate pH 4.7 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 4908 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U4U

5u4u


解像度: 2.6→40.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 29.836 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.345 / ESU R Free: 0.352
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2736 240 5 %RANDOM
Rwork0.2441 ---
obs0.2456 4569 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.58 Å2 / Biso mean: 58.743 Å2 / Biso min: 24.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----3.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→40.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 0 5 1080
Biso mean---39.36 -
残基数----136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9711464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2935131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74225.3754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18215198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.198156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6263.339539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5624.991665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.753.482550
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 14 -
Rwork0.208 350 -
all-364 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.969-1.5224-1.555.1212-1.10890.62330.019-0.33810.0133-0.3509-0.0468-0.19110.12470.03640.02780.1934-0.0879-0.01060.21250.04160.135140.471731.165350.5839
26.4531-1.62623.39620.945-1.94289.9756-0.0651-0.1329-0.4427-0.01070.0235-0.19540.34140.84380.04150.05080.06770.03850.146-0.01550.270449.087934.156852.4232
33.291-0.306-3.23859.4880.51063.7038-0.0307-0.1695-0.6044-0.3657-0.38990.45470.53430.21960.42060.54540.0325-0.16680.1198-0.05940.225729.602326.346555.6874
46.9719-0.1173-1.92844.66050.8228.23590.0479-0.09930.7724-0.1352-0.06480.3327-0.0981-0.55610.01690.0502-0.05360.02380.1236-0.0680.134734.657838.379860.2447
54.1275-0.4413-1.18360.26871.15715.1410.13230.0327-0.2047-0.01580.0831-0.0398-0.03810.4231-0.21540.18310.02930.04150.14510.0440.33547.020828.743167.4547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A594 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2A610 - 657
3X-RAY DIFFRACTION3A658 - 691
4X-RAY DIFFRACTION4A692 - 753
5X-RAY DIFFRACTION5A754 - 761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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