PDB-5u4l: RTA-V1C7_G29R-high-salt

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u4l

タイトル

RTA-V1C7_G29R-high-salt

要素

Ricin
V1C7 VHH antibody G29R variant

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ricin A chain / VHH antibody / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Using homology modeling to interrogate binding affinity in neutralization of ricin toxin by a family of single domain antibodies.
著者: Bazzoli, A. / Vance, D.J. / Rudolph, M.J. / Rong, Y. / Angalakurthi, S.K. / Toth 4th., R.T. / Middaugh, C.R. / Volkin, D.B. / Weis, D.D. / Karanicolas, J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2016年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u4l.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u4l.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u4l_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u4l_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	5u4l_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5u4l_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u4l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5u4mC 2aaiS 4lgrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u4m-d 5x1h-2 1xp4-1 5x1h-3 2y0b-1 4bpu-2 5boz-4 3zle-10 5j56-d 3zle-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin

B: V1C7 VHH antibody G29R variant

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.970, 64.970, 215.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- CL
2	1	A-307- CL

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ricin 分子量: 30340.205 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 36-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	V1C7 VHH antibody G29R variant 分子量: 15142.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 1.6 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% glycerol, and 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19198 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 63.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.882 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 197913

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	9.6	2.793	903	0.651	0.937	2.949	1.341	100
2.54-2.59	9.9	2.474	955	0.709	0.818	2.608	1.369	100
2.59-2.64	10.3	2.124	933	0.754	0.686	2.233	1.416	100
2.64-2.69	10.4	1.844	952	0.794	0.593	1.938	1.477	100
2.69-2.75	10.6	1.497	918	0.855	0.475	1.571	1.504	100
2.75-2.82	10.6	1.181	967	0.899	0.375	1.24	1.512	100
2.82-2.89	10.6	0.961	930	0.944	0.305	1.009	1.583	100
2.89-2.96	10.5	0.756	975	0.962	0.241	0.794	1.62	100
2.96-3.05	10.6	0.561	898	0.976	0.179	0.59	1.662	100
3.05-3.15	10.6	0.413	960	0.986	0.132	0.434	1.619	100
3.15-3.26	10.7	0.293	955	0.995	0.093	0.308	1.693	100
3.26-3.39	10.7	0.215	952	0.994	0.069	0.226	1.725	100
3.39-3.55	10.7	0.163	966	0.995	0.052	0.171	1.865	100
3.55-3.73	10.7	0.121	939	0.998	0.039	0.127	2.01	99.9
3.73-3.97	10.5	0.092	957	0.998	0.03	0.097	2.223	100
3.97-4.27	10.4	0.078	980	0.998	0.025	0.082	2.566	99.9
4.27-4.7	9.9	0.067	982	0.999	0.023	0.071	2.922	100
4.7-5.38	9.7	0.064	987	0.998	0.022	0.068	3.185	99.9
5.38-6.78	9.9	0.052	999	0.998	0.017	0.055	2.428	100
6.78-50	9.3	0.033	1090	0.999	0.011	0.035	1.895	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AAI and 4LGR

2aai

4lgr

解像度: 2.5→49.898 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	949	4.97 %
R_work	0.2092	-	-
obs	0.2116	19094	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / B_sol: 57.94 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.18 Å² / B_iso mean: 92.28 Å² / B_iso min: 53.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.2234 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	10.2234 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-20.4467 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3026	0	24	24	3074
B_iso mean	-	-	104.34	69.34	-
残基数	-	-	-	-	386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	4234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.397	1125

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4973-2.629	0.4128	134	0.3383	2477	2611	98
2.629-2.7937	0.3993	132	0.3192	2543	2675	100
2.7937-3.0094	0.359	159	0.2966	2533	2692	100
3.0094-3.3122	0.3025	154	0.2527	2562	2716	100
3.3122-3.7913	0.2567	116	0.2186	2612	2728	100
3.7913-4.776	0.2328	119	0.1623	2638	2757	100
4.776-49.9082	0.2063	135	0.1859	2780	2915	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9467	1.2617	0.8248	6.0648	-2.4473	2.0529	0.152	-0.6761	0.4156	1.2648	-0.0847	0.8118	-1.2195	-0.7147	-0.1302	1.7082	0.6146	0.0816	0.5426	-0.1438	0.6644	32.9573	25.8084	49.3942
2	4.3564	2.81	4.5306	4.2401	0.398	7.3602	0.1942	-1.6389	0.3628	-0.2693	-0.0501	0.5205	-0.2263	-1.0614	-0.1669	1.1283	0.1918	0.1775	1.102	0.0081	0.6625	33.4013	13.4459	63.8094
3	3.9424	1.2965	0.3396	0.6899	-0.0001	2.2094	-0.3627	-0.4893	-0.2416	-0.1268	0.4176	0.2499	-0.5983	-1.2283	-0.0302	1.2451	0.3146	0.0966	0.5564	0.0465	0.5354	30.0933	13.5461	43.7285
4	7.0524	0.5736	0.6088	4.824	0.0971	3.1583	0.4708	-0.6449	-0.8684	0.4822	-0.3201	0.0161	-0.1554	-0.5951	-0.1267	1.1672	0.0064	0.1355	0.362	0.0301	0.4838	35.3766	6.8576	42.5343
5	0.5105	0.2061	0.3857	5.9264	1.168	0.7896	-0.7363	0.0728	0.0323	-0.8281	0.4052	0.1927	-1.352	-0.4031	0.2952	1.4553	0.1475	-0.0015	0.2533	-0.0187	0.5839	37.1329	15.3154	34.8321
6	3.2847	-0.4684	0.5394	0.5695	0.3046	1.3789	-0.5733	-0.2773	-0.0545	-0.2729	0.1759	-0.2806	-0.2855	0.1602	0.3364	1.4708	0.1118	0.0542	0.4088	-0.0319	0.5282	51.2132	17.8364	54.5296
7	6.4174	4.8118	1.6485	5.7335	1.4889	0.4542	0.0484	-1.2815	0.1775	0.7358	-0.3595	0.2657	0.4077	-0.2322	0.3079	1.6994	0.1438	0.2626	0.4377	0.0112	0.5649	43.208	14.8726	62.8116
8	7.6613	-1.5857	0.9561	2.237	-0.6379	1.5749	-0.4413	1.6659	0.2206	-0.331	0.2002	0.1961	-0.3678	-1.0501	0.3443	1.282	-0.0071	-0.2547	1.0217	-0.1019	0.4965	34.9518	24.7366	10.976
9	4.043	-0.2323	-3.8574	3.7769	3.3268	6.187	0.4141	1.4848	1.0322	-0.4216	-0.7114	-0.8304	-0.8544	-0.182	0.3327	1.2165	0.0334	-0.0943	0.7707	0.2775	0.8586	47.7163	27.3123	7.2699
10	7.5068	-3.8123	0.7765	3.5499	1.0311	3.2734	-0.5027	0.083	0.0191	0.4816	0.1509	0.2267	0.6681	-0.2857	0.3917	1.3589	-0.1096	-0.1985	0.6226	-0.0308	0.6163	34.4023	25.8841	18.3937
11	9.2211	0.6855	1.7376	4.3774	5.7463	7.6165	0.3782	0.8631	-1.2695	1.1313	-0.2972	0.3819	0.9645	1.0137	0.0037	1.1472	-0.1073	-0.032	0.6708	-0.1315	0.6726	44.2558	13.0875	13.5792
12	8.7592	-2.9836	2.2925	2.2161	1.97	6.966	-0.8783	1.0039	0.443	1.6224	0.2801	0.1534	-0.0927	1.1143	0.1676	1.4672	-0.208	-0.2383	0.438	0.1206	0.7941	48.6649	24.4814	21.4333
13	4.6683	-6.1348	-1.9281	8.3782	1.343	4.8417	-0.3318	0.301	1.6453	-0.2842	0.5461	-0.8776	-1.6134	-0.6833	-0.0113	1.45	-0.0282	-0.2932	0.6865	0.1016	0.7209	42.4186	31.5227	14.6445
14	9.1442	-0.3047	1.3631	2.3347	-0.47	5.115	-0.6762	1.7261	-0.2876	0.9286	0.5116	-0.4636	0.1276	1.0403	0.1741	1.1027	0.0802	-0.0754	0.7124	-0.1519	0.6015	46.7837	19.0577	10.7901
15	5.2317	1.1266	-2.521	4.8996	1.1566	6.0866	0.8221	-0.0208	-0.3157	0.5419	-0.0161	-0.0349	-0.574	-0.1074	0.083	1.8806	0.2545	0.1134	0.4363	0.0074	0.6095	40.897	17.2491	24.9355
16	3.0418	-1.7992	1.8849	2.1391	0.1121	2.5676	-0.5611	0.5617	-0.9448	0.2123	0.551	0.0033	0.5147	0.231	-0.0699	1.2522	-0.0108	-0.008	0.6659	-0.0847	0.6702	35.1901	16.792	16.9249
17	0.1653	0.2591	1.0558	5.7939	0.1538	7.1403	-0.492	0.3243	-0.017	0.2543	-0.4686	0.0912	0.3021	-0.4756	1.0571	1.2504	0.0119	-0.0118	1.1881	-0.1538	0.5923	49.893	19.4613	0.5506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:32)	A	5 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 33:56)	A	33 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 57:97)	A	57 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 98:140)	A	98 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 141:174)	A	141 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 175:248)	A	175 - 248
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 249:259)	A	249 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq -2:12)	B	-2 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 13:24)	B	13 - 24
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 25:42)	B	25 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 43:54)	B	43 - 54
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 55:77)	B	55 - 77
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 78:87)	B	78 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 88:104)	B	88 - 104
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 105:111)	B	105 - 111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 112:121)	B	112 - 121
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 122:128)	B	122 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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