PDB-5u3n: Crystal Structure of DH511.12P Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u3n

タイトル

Crystal Structure of DH511.12P Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER Peptide

要素

DH511.12P Fab Heavy Chain
DH511.12P Fab Light Chain
gp41 MPER peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...

履歴

登録	2016年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / software Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u3n.cif.gz	284.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u3n.ent.gz	236.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u3jC 5u3kC 5u3lSC 5u3mC 5u3oC 5u3pC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pqy-d 5epm-2 6z7z-1 6s3d-2 5e08-d 6snc-2 3pp4-d 5u3k-1 1q7e-d 5ttf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
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HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

H: DH511.12P Fab Heavy Chain

L: DH511.12P Fab Light Chain

A: gp41 MPER peptide

52.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.658, 102.518, 193.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-390- HOH

#1: 抗体	DH511.12P Fab Heavy Chain 分子量: 25281.529 Da / 分子数: 1 / 断片: Fragment of antigen binding / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Heavy Chain / 細胞株 (発現宿主): 293 Embryonic Kidney Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	DH511.12P Fab Light Chain 分子量: 23794.516 Da / 分子数: 1 / 断片: Fragment of antigen binding / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Light Chain / 細胞株 (発現宿主): 293 Embryonic Kidney Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	gp41 MPER peptide 分子量: 3733.408 Da / 分子数: 1 / 断片: gp41 656-683 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: gp41 MPER Peptide 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q73372*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 4% Isopropanol, 3% PEG 3350, 0.75 M NH4SO4, 0.1 M C2H3NaO2 pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→35.167 Å / Num. obs: 43739 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 0.924 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 344034

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2-2.06	6.4	0.649	4216	0.797	1	99
2.06-2.13	7.3	0.556		0.861	1	99.8
2.13-2.2	8	0.438		0.918	1	99.9
2.2-2.29	8.2	0.371		0.948	1	100
2.29-2.39	8.3	0.296		0.959	1	100
2.39-2.52	8.3	0.232		0.976	1	100
2.52-2.68	8.3	0.184		0.984	1	100
2.68-2.88	8.2	0.138		0.989	1	100
2.88-3.17	8.2	0.102		0.994	1	100
3.17-3.63	8	0.076		0.996	1	100
3.63-4.58	7.8	0.059		0.997	1	100
4.58-50	7.6	0.047		0.998	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U3L

5u3l

解像度: 2→35.167 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	1678	3.84 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1835	43739	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.167 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3623	0	0	247	3870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.667	5157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.743	2227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	653

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9999-2.0588	0.3232	135	0.2502	3371	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0588-2.1252	0.2788	138	0.2326	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1252-2.2012	0.2676	138	0.2153	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2012-2.2893	0.2404	139	0.2098	3494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2893-2.3935	0.2187	140	0.2041	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3935-2.5196	0.2543	137	0.2078	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.6774	0.2857	140	0.2152	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6774-2.8841	0.2638	140	0.2082	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8841-3.1741	0.2278	141	0.1972	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1741-3.633	0.2119	140	0.1755	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.633-4.5757	0.1849	142	0.1421	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5757-35.1724	0.2298	148	0.1704	3695	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9257	-0.3244	-4.2666	1.165	0.4813	9.5012	-0.2397	-0.1164	-0.07	-0.2502	0.177	0.0485	0.4412	-0.5055	-0.1674	0.3873	-0.0795	-0.0245	0.4703	0.0421	0.5326	66.0074	107.8965	218.1333
2	5.2403	0.3329	-3.7341	1.7235	-0.0248	5.822	-0.255	-0.3276	-0.3302	-0.3818	0.1009	-0.0783	0.1779	0.5292	0.1479	0.2967	0.015	0.0321	0.3944	0.0464	0.3724	77.5769	109.154	212.5691
3	4.7652	3.0929	1.5511	4.7519	1.7676	4.1996	-0.4136	-0.4816	-0.5922	-0.3676	0.0246	-0.3369	0.2752	0.8981	0.0888	0.3065	0.0711	0.0751	0.526	0.1561	0.4712	78.1955	104.008	217.6164
4	1.813	-0.0661	-3.3023	6.4312	3.0029	7.3082	-0.3664	-0.5284	0.0671	-0.0404	0.3116	-0.2437	-0.0182	0.8784	0.0294	0.2565	0.0648	0.0169	0.5055	0.0468	0.4292	73.251	106.4181	222.8984
5	0.2226	-0.3501	0.1076	0.5446	-0.1711	0.0546	-0.0073	-0.541	0.1395	-0.2372	0.2868	-0.1996	-0.0146	0.85	-0.2197	0.4145	-0.1463	0.112	0.7038	-0.1344	0.4822	86.5653	116.9705	205.661
6	6.5645	-0.1087	-6.6375	1.1413	-0.6942	7.2905	0.2239	-0.3525	0.3055	-0.2173	0.1215	0.0868	-0.1977	0.3666	-0.2308	0.2866	-0.0875	-0.0036	0.3278	-0.0374	0.3262	74.5614	115.3701	212.2181
7	2.9216	-3.0754	-1.5078	3.3931	2.0747	2.3053	-0.2458	-0.0935	-0.2846	0.1358	0.1177	0.2902	0.1916	0.1578	0.1647	0.2827	-0.0109	0.0546	0.3613	0.0208	0.4563	54.0883	117.9466	238.2211
8	6.8733	-3.5932	0.9566	4.8576	0.5046	6.9357	-0.038	-0.4698	0.5069	0.1323	0.0859	0.1339	-0.9883	-0.1914	-0.0651	0.4124	-0.0226	0.0793	0.3812	-0.0484	0.5045	50.2452	134.9961	236.6928
9	4.822	-2.6683	0.5036	7.1899	-1.0359	3.4867	-0.1313	0.0749	0.1173	-0.0469	0.0142	0.0181	-0.2433	-0.074	0.1247	0.3031	-0.0181	0.0294	0.325	-0.0037	0.3336	50.4441	128.0276	230.3106
10	6.3349	-3.512	-3.9927	3.6163	4.4446	5.4969	0.4527	0.5171	-0.2054	-0.3312	-0.672	0.0565	-0.1419	-0.4344	0.3178	0.2678	-0.0201	-0.0324	0.357	-0.018	0.4655	42.6492	124.6198	232.2134
11	5.8884	-3.6482	-1.9534	9.0164	3.8895	6.0106	-0.147	-0.5482	0.1603	0.334	0.0788	0.1777	-0.1919	0.0024	0.1415	0.2128	0.0103	0.0196	0.4185	-0.0276	0.4791	42.7498	127.4198	238.7291
12	5.6779	-2.3956	0.1525	3.1077	-1.538	5.5659	0.2938	-0.702	0.8037	0.4977	0.2516	-0.2893	-1.4267	0.5134	-0.3332	0.8819	-0.2023	0.1764	0.5074	-0.1309	0.5634	76.4912	136.2089	213.3068
13	1.9125	-0.865	0.0249	4.4882	1.0661	2.8661	0.4284	-0.2079	0.1367	-0.0339	-0.0215	-0.1616	-0.5933	0.5818	-0.1093	0.5318	-0.1788	0.1196	0.3943	-0.0822	0.3264	78.3953	127.7345	209.2365
14	6.0262	0.3156	-1.0945	2.9728	0.4505	0.91	0.2644	0.6389	0.3762	-0.5635	-0.0202	-0.4292	-0.8571	0.2011	0.4302	0.8102	-0.1419	0.1575	0.4153	0.0209	0.3574	79.4642	128.702	200.6246
15	5.6462	-1.7491	-1.2544	3.2938	-0.7394	2.6646	0.3615	-0.2214	0.2623	-0.3028	0.0527	-0.2063	-0.9305	0.3732	-0.2572	0.6197	-0.2082	0.1115	0.4123	-0.1027	0.3591	77.6272	128.4478	210.4646
16	2.6589	-0.822	-2.1643	0.657	1.2871	2.7101	0.2881	-0.0358	0.4579	-0.6689	0.2383	-0.633	-0.3481	-0.0531	-0.3254	0.7926	-0.0483	0.1111	0.2762	-0.0044	0.43	63.3933	142.1374	217.1465
17	4.7728	0.3776	0.4773	8.4466	-4.7495	8.6921	0.2558	-0.3502	0.0026	0.3192	-0.0475	0.3509	0.1704	-0.4858	-0.4001	0.2502	-0.0137	0.0628	0.3245	-0.0562	0.324	53.2629	132.0312	243.93
18	0.5356	-0.2632	1.157	3.6843	-4.1787	8.0116	-0.0559	-0.1817	0.1369	-0.3384	0.1029	-0.0278	0.1361	-0.0778	-0.0201	0.346	0.0224	0.0738	0.2972	-0.0377	0.4598	62.6015	137.8257	233.2632
19	6.1484	0.1281	7.4187	0.9556	-0.1979	9.0774	0.2044	0.0523	0.0253	-0.0177	0.072	-0.4319	0.3525	0.6303	-0.1972	0.2935	-0.0025	0.0599	0.3353	0.0092	0.4751	67.574	133.6239	240.068
20	4.7401	-5.3982	4.9881	6.3638	-5.6374	5.2577	0.2895	0.3577	0.1993	-1.5315	0.1506	0.7685	0.31	-0.6469	-0.4663	0.598	-0.0313	-0.0605	0.4031	0.0587	0.5107	56.3999	136.9583	218.8791
21	1.4297	0.6292	0.8541	3.9601	-1.7907	5.2091	0.1315	-0.2244	0.0236	0.0798	-0.1549	-0.2431	-0.0069	-0.2242	0.0831	0.2191	0.0322	0.0498	0.35	-0.034	0.4428	63.1763	137.4764	242.2435
22	7.4032	6.758	-6.4505	7.4704	-7.9391	9.1761	0.7672	-0.8692	0.4638	1.1003	-0.5299	0.6124	-1.6951	-0.2441	-0.5629	0.437	0.0994	0.0867	0.5752	-0.0924	0.6042	57.7664	142.3571	246.653
23	6.033	2.786	3.7241	9.8759	5.0256	8.0061	0.2536	0.0139	0.2138	-1.0763	-0.0737	1.0775	-0.3252	-0.3503	-0.2525	0.4221	0.0351	0.0628	0.441	-0.0055	0.4034	83.0182	96.9425	193.2625
24	5.758	2.1197	-1.3284	7.2882	-3.8446	2.0364	0.1446	-1.3382	-0.0132	-0.1055	-0.1457	-0.1781	0.446	1.1712	0.1419	0.336	0.0605	0.1426	0.7129	-0.0257	0.3571	95.5528	110.0241	199.5822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 18 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 60 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 76 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 88 through 100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 101 through 111 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 112 through 124 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 125 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 146 through 190 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 191 through 203 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 204 through 215 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 1 through 18 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 19 through 48 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 49 through 69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 70 through 101 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 102 through 113 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 114 through 128 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 129 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 151 through 163 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'L' and (resid 164 through 174 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'L' and (resid 175 through 204 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'L' and (resid 205 through 213 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 662 through 671 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 672 through 684 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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