[日本語] English
万見
- PDB-5u3j: Crystal Structure of DH511.1 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3j
タイトルCrystal Structure of DH511.1 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER Peptide
要素
  • DH511.1 Heavy Chain
  • DH511.1 Light Chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5UM1AII00645 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I.S. / Seaman, M.S. / Parks, R.J. / Marshall, D.J. / Anasti, K. / Yang, G. / Nie, X. / Tumba, N.L. / Wiehe, K. / Wagh, K. / Korber, B. / Kepler, T.B. / Munir Alam, S. / Morris, L. / Kamanga, G. / Cohen, M.S. / Bonsignori, M. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Kelsoe, G. / Gao, F. / Mascola, J.R. / Moody, M.A. / Saunders, K.O. / Liao, H.X. / Tomaras, G.D. / Georgiou, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: DH511.1 Heavy Chain
L: DH511.1 Light Chain
A: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4803
ポリマ－53,4803
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.092, 133.963, 179.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-314-

HOH

-
要素

#1: 抗体 DH511.1 Heavy Chain


分子量: 25314.432 Da / 分子数: 1 / 断片: Fragment of antigen binding / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Heavy Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH511.1 Light Chain


分子量: 23537.135 Da / 分子数: 1 / 断片: Fragment of antigen binding / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Light Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 4628.267 Da / 分子数: 1 / 断片: gp41 656-683 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: gp41 MPER Peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: V9QIE5*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→37.295 Å / Num. obs: 20466 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 66.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 1711 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U3P

5u3p


解像度: 2.74→37.3 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 998 4.88 %
Rwork0.229 --
obs0.231 20457 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3665 0 0 23 3688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4995139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2452228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.738-2.88230.39051220.33622454X-RAY DIFFRACTION88
2.8823-3.06280.31691700.29462774X-RAY DIFFRACTION100
3.0628-3.29910.30681290.26762784X-RAY DIFFRACTION100
3.2991-3.63090.30141550.24382799X-RAY DIFFRACTION100
3.6309-4.15570.28341430.22182829X-RAY DIFFRACTION100
4.1557-5.23340.21791400.18792843X-RAY DIFFRACTION100
5.2334-37.29840.23321390.21992976X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.50120.21311.3272.76470.13454.52060.1218-0.2082-0.0282-0.0761-0.07150.1221-0.07810.3004-0.07910.3335-0.0176-0.03880.51890.02580.3413-40.803258.575622.3182
21.7942-0.4954-0.05791.5469-0.5521.9596-0.0484-0.2905-0.1253-0.1950.19410.50190.0599-0.4422-0.19890.469-0.0553-0.17280.59250.06590.5655-48.78851.264713.8653
34.0197-1.97820.31326.7792-0.00251.59040.21370.0442-0.1018-0.3679-0.6173-0.53040.22420.2450.36610.5760.0285-0.01030.9570.20980.6328-17.203935.185136.5174
41.6338-0.3237-0.68022.50321.84281.40470.0875-0.05790.1426-0.76110.0452-1.20430.29360.6076-0.10610.62130.105-0.0431.02780.32160.9662-9.323832.6636.9955
52.3185-1.21530.63123.5517-1.08242.65110.38920.1963-0.4616-0.75060.20090.50591.0075-0.5252-0.33130.9778-0.0629-0.43950.5630.02390.5698-46.309436.915512.7
61.6491-1.22450.87222.6487-1.16912.34270.57910.2291-0.51-0.7962-0.37710.24640.6280.3351-0.04220.63590.0209-0.17530.62320.05390.5356-33.96733.494625.4193
71.38840.8646-1.85833.16092.13156.57540.1637-0.1793-0.8340.28340.2290.78440.2065-0.28920.03750.52280.1107-0.36080.61430.00391.1172-27.90724.106431.4429
83.854-0.2014-0.36353.60.08024.47860.5032-0.7867-0.3571-0.54590.01430.5887-0.15580.2088-0.13320.50080.0529-0.14340.73380.20090.6951-29.128626.98835.1216
92.35571.52150.75956.25153.28188.05130.2078-0.6919-0.82440.2816-0.17220.39580.603-0.1982-0.1110.42910.0611-0.1220.73740.21040.8281-27.172221.838945.8048
102.4009-2.1037-1.54878.1809-5.10887.89530.4346-0.1460.86250.0667-0.361-0.682-1.49821.47740.46530.792-0.0639-0.03240.89110.05110.3893-48.04372.94280.3479
112.80633.95320.03696.48912.39125.95220.16030.82931.43581.08580.46560.80130.3465-0.61760.15930.5515-0.0139-0.13811.02290.13070.6444-62.225259.30936.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'H' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'H' AND (RESID 115 THROUGH 176 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'H' AND (RESID 177 THROUGH 215 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'L' AND (RESID 1 THROUGH 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'L' AND (RESID 76 THROUGH 130 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'L' AND (RESID 131 THROUGH 145 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'L' AND (RESID 146 THROUGH 176 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'L' AND (RESID 177 THROUGH 213 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 659 THROUGH 671 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 672 THROUGH 684 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る