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万見
- PDB-5u3b: Pseudomonas aeruginosa LpxC in complex with NVS-LPXC-01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3b
タイトルPseudomonas aeruginosa LpxC in complex with NVS-LPXC-01
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE / LPXC / HYDROXYMATE / GRAM NEGATIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7TD / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sprague, E.R.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Design, Synthesis, and Properties of a Potent Inhibitor of Pseudomonas aeruginosa Deacetylase LpxC.
著者: Piizzi, G. / Parker, D.T. / Peng, Y. / Dobler, M. / Patnaik, A. / Wattanasin, S. / Liu, E. / Lenoir, F. / Nunez, J. / Kerrigan, J. / McKenney, D. / Osborne, C. / Yu, D. / Lanieri, L. / ...著者: Piizzi, G. / Parker, D.T. / Peng, Y. / Dobler, M. / Patnaik, A. / Wattanasin, S. / Liu, E. / Lenoir, F. / Nunez, J. / Kerrigan, J. / McKenney, D. / Osborne, C. / Yu, D. / Lanieri, L. / Bojkovic, J. / Dzink-Fox, J. / Lilly, M.D. / Sprague, E.R. / Lu, Y. / Wang, H. / Ranjitkar, S. / Xie, L. / Wang, B. / Glick, M. / Hamann, L.G. / Tommasi, R. / Yang, X. / Dean, C.R.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5728
ポリマ－66,3252
非ポリマー1,2466
水5,080282
1
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7864
ポリマ－33,1631
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7864
ポリマ－33,1631
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.826, 98.432, 165.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 33162.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxC, envA, PA4406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-7TD / N-[(2S)-3-amino-1-(hydroxyamino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-[(but-2-yn-1-yl)oxy]benzamide


分子量: 319.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes PH 7.0, 0.25M MgCl2, 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→82.59 Å / Num. obs: 40521 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.59 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge F obs: 0.019 / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 2863 / Num. possible: 534 / Num. unique obs: 532 / Rrim(I) all: 0.034 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→82.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9341 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149 / 詳細: Initial refinement with Phenix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 2026 5 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.1874 40520 99.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.07 Å2 / Biso mean: 28.74 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1796 Å20 Å20 Å2
2--3.6653 Å20 Å2
3----3.8449 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→82.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 78 282 4975
Biso mean--29.85 33.14 -
残基数----591
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1699SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes687HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4768HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion617SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5661SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4768HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6441HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.89
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 146 5 %
Rwork0.2165 2776 -
all0.2193 2922 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65260.2117-0.02760.76540.09570.6068-0.01780.0479-0.0319-0.0632-0.01350.00030.05070.01410.03130.01260.00880.00370.0017-0.00880.026415.5507-7.14518.465
20.4379-0.22-0.04250.7730.19370.5387-0.0042-0.0249-0.00860.0537-0.04140.0110.0080.00120.04560.0092-0.01430.00330.01850.00050.0257.47268.0865-21.0491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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