PDB-5u2p: The crystal structure of Tp0737 from Treponema pallidum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u2p

タイトル

The crystal structure of Tp0737 from Treponema pallidum

要素

Sugar ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / ligand-binding protein

機能・相同性

BROMIDE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Functional clues from the crystal structure of an orphan periplasmic ligand-binding protein from Treponema pallidum.
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u2p.cif.gz	232 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u2p.ent.gz	189.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u2p_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u2p_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	5u2p_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5u2p_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dtt-2 2evi-d 3h6s-2 4u2j-1 4m8q-1 3ek8-d 3ldf-d 3vse-1 4k8b-d 3sg2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.925, 55.925, 237.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-616- HOH

#1: タンパク質	Sugar ABC transporter substrate-binding protein 分子量: 47718.188 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-436 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ) 遺伝子: A8P32_03680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B3KAD9
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaBr 0.1 M Bis-Tris Propane 20% PEK 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→37.539 Å / Num. obs: 43052 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / R_merge(I) obs: 0.365

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→37.539 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	2171	5.04 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1832	43049	97.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→37.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2969	0	7	213	3189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	4177
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.694	1106
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7595-1.7978	0.2897	134	0.2459	2425	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7978-1.8396	0.2888	147	0.2192	2466	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8396-1.8856	0.2457	133	0.2105	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8856-1.9366	0.2462	138	0.2025	2565	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9366-1.9936	0.2179	145	0.1922	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9936-2.0579	0.2335	133	0.191	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0579-2.1314	0.1932	138	0.1835	2529	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1314-2.2168	0.2217	141	0.1745	2546	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2168-2.3176	0.2251	134	0.1785	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3176-2.4398	0.2291	125	0.1782	2565	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4398-2.5926	0.2599	109	0.18	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5926-2.7928	0.23	149	0.1818	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7928-3.0737	0.2028	130	0.1894	2551	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0737-3.5182	0.2333	153	0.1894	2577	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5182-4.4314	0.1965	132	0.1647	2591	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4314-37.547	0.2141	130	0.1718	2639	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.669	0.1604	0.1519	0.3261	-0.0386	0.1714	0.1403	-0.0704	-0.459	0.1444	-0.2873	0.5188	0.1219	-0.1137	-0.0006	0.2984	0.0003	0.054	0.2884	-0.0162	0.3987	-17.6121	23.6324	60.2904
2	0.7238	-0.4025	0.0857	1.0069	-0.1338	0.2493	0.2254	0.1184	0.1233	-0.2503	-0.2175	-0.2179	-0.0296	0.055	-0.0123	0.2256	0.0674	0.0755	0.186	0.0612	0.1963	11.0269	17.6402	54.4153
3	0.3065	-0.3554	-0.0181	0.8119	-0.1711	0.5675	0.0654	0.0556	0.0732	-0.0789	-0.1013	-0.1286	0.0706	0.1158	0.0001	0.184	0.0355	0.05	0.1481	0.0295	0.1736	10.4921	10.0947	62.646
4	0.5867	-0.6078	-0.0895	1.3267	-0.4601	0.0094	0.1015	-0.0667	0.0108	-0.0716	-0.1417	-0.0751	0.1086	-0.0266	-0.0602	0.2597	0.1027	0.0421	0.1177	0.0258	0.1578	6.4847	18.0159	57.4276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 221 through 299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 300 through 399 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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