PDB-5u2l: Crystal structure of the Hsp104 N-terminal domain from Candida al...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u2l

タイトル

Crystal structure of the Hsp104 N-terminal domain from Candida albicans

要素

Heat shock protein 104

キーワード

PROTEIN BINDING / Hsp104 / N-terminal domain / Candida albicans

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / single-species biofilm formation on inanimate substrate / TRC complex / cellular heat acclimation / protein folding in endoplasmic reticulum / stress granule disassembly / protein unfolding / nuclear periphery / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6555 Å

データ登録者

Wang, P. / Li, J. / Sha, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of Hsp104 N-terminal domains from Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans suggest the mechanism for the function of Hsp104 in dissolving prions.
著者: Wang, P. / Li, J. / Weaver, C. / Lucius, A. / Sha, B.

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u2l.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u2l.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u2uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b3q-d 6w42-d 5ziq-2 4l1u-6 4o1t-d 1lh5-d 5mdt-d 1ut0-1 1oj6-4 1ury-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein 104

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.242, 55.242, 109.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Heat shock protein 104 分子量: 18646.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: HSP104, orf19.6387, CaO19.13747 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5A376, UniProt: A0A1D8PTP9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Heat shock protein 104

分子量: 18646.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: HSP104, orf19.6387, CaO19.13747 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5A376, UniProt: A0A1D8PTP9*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% (w/v) PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6555→35.974 Å / Num. obs: 23417 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 16.1 % / Net I/σ(I): 59.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	v2.0	データ削減
HKL-2000	v2.0	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6555→35.974 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	1177	5.03 %
R_work	0.1704	-	-
obs	0.172	23417	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6555→35.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1206	0	0	237	1443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	1654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.372	473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6555-1.7309	0.2368	143	0.183	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7309-1.8221	0.2202	146	0.1794	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8221-1.9363	0.2059	146	0.1707	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9363-2.0858	0.2119	146	0.1724	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0858-2.2956	0.1729	147	0.1638	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2956-2.6277	0.2062	148	0.1706	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6277-3.3103	0.2273	149	0.1774	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3103-35.9828	0.1913	152	0.1653	2870	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3604	1.9286	-5.5318	1.6183	-2.4286	7.3032	-0.5949	1.1136	-0.2244	-0.3154	0.37	0.1917	0.5305	-0.9035	0.2667	0.1994	-0.0524	-0.0238	0.2659	-0.0202	0.1928	21.9501	7.7244	39.6965
2	5.4307	0.6312	-0.2296	1.1438	-0.0364	1.6491	0.0516	0.0248	0.0805	-0.0347	-0.0449	0.2917	-0.0837	-0.144	0.0002	0.1583	-0.0022	0.0117	0.1608	0.0179	0.2041	19.1454	8.524	49.346
3	5.6416	0.2125	0.0004	6.7102	-1.4336	7.3784	-0.1233	-0.0941	-0.626	-0.2217	-0.1957	-0.4801	0.4806	0.5561	0.1791	0.1828	0.0223	0.0571	0.1007	0.049	0.2296	36.4994	-0.3314	49.246
4	5.5097	-2.2805	0.6187	2.8989	-0.9922	0.7688	0.118	-0.0647	0.0481	-0.0494	-0.0626	-0.031	-0.0108	-0.034	-0.0567	0.241	-0.0002	0.0173	0.1522	0.0062	0.1973	24.2943	-0.9246	55.9728
5	8.4662	2.9032	0.9626	1.3624	1.2773	3.1534	-0.3331	0.7579	0.6496	-0.2509	0.0681	0.4645	-0.2428	-0.5468	0.2143	0.2108	0.0704	-0.0134	0.3148	0.0242	0.3706	8.5018	11.545	48.4116
6	2.7909	2.0901	-2.5182	2.4177	-1.5718	2.889	0.1064	0.1962	0.4736	0.0169	0.0304	0.4177	-0.1855	0.0174	-0.1819	0.2039	0.0027	0.0018	0.1465	0.0209	0.207	28.8557	20.8224	46.572
7	2.5123	0.3708	0.3285	1.9851	0.0731	2.0566	0.0469	-0.0846	-0.0891	0.0829	-0.0361	-0.0383	0.0417	0.2012	-0.0018	0.1207	0.0005	0.0006	0.1298	0.0155	0.1336	34.7499	11.0099	50.9658
8	7.0896	2.339	4.4991	2.5884	0.6726	6.8151	-0.0723	0.3424	-0.051	-0.1007	-0.0399	-0.1648	-0.0647	0.6427	0.1142	0.2369	-0.0259	0.0251	0.3435	0.0242	0.1666	40.0488	11.818	35.1438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 88 through 103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 104 through 145 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 146 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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