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- PDB-5u17: Structure of human MR1-DA-6-FP in complex with human MAIT A-F7 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u17
タイトルStructure of human MR1-DA-6-FP in complex with human MAIT A-F7 TCR
要素
  • (MAIT T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-diaminopteridine-6-carbaldehyde / ACETATE ION / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Keller, A.N. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE140100011 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)AF50 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Drugs and drug-like molecules can modulate the function of mucosal-associated invariant T cells.
著者: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, ...著者: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / Purcell, A.W. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: MAIT T-cell receptor alpha chain
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: MAIT T-cell receptor alpha chain
E: MAIT T-cell receptor beta chain
F: Beta-2-microglobulin
G: MAIT T-cell receptor beta chain
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,70924
ポリマ－187,3138
非ポリマー1,39616
水15,889882
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: MAIT T-cell receptor alpha chain
G: MAIT T-cell receptor beta chain
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,26111
ポリマ－93,6564
非ポリマー6057
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: MAIT T-cell receptor alpha chain
E: MAIT T-cell receptor beta chain
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,44813
ポリマ－93,6564
非ポリマー7929
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10230 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.288, 69.740, 142.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACFH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment: extracellular domain, residues 23-292 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95460
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769

-
MAIT T-cell receptor ... , 2種, 4分子 BDEG

#2: タンパク質 MAIT T-cell receptor alpha chain


分子量: 22650.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質 MAIT T-cell receptor beta chain


分子量: 27546.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV/TRAC / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 5種, 898分子

#5: 化合物 ChemComp-7WP / 2,4-diaminopteridine-6-carbaldehyde


分子量: 190.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N6O
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 % / Mosaicity: 0.51 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BTP, PEG 3350, NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.346 Å / Num. obs: 111804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 489218 / Scaling rejects: 97
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / CC1/2: 0.661 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L4T

4l4t


解像度: 2.15→45.346 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 5604 5.01 %
Rwork0.1799 --
obs0.1822 111764 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.27 Å2 / Biso mean: 40.8296 Å2 / Biso min: 17.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→45.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12770 0 91 882 13743
Biso mean--44.76 40.61 -
残基数----1602
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3290.0864-0.07262.69730.50881.81920.0402-0.13620.0132-0.0552-0.0851-0.1865-0.02180.0090.05570.16680.01960.0250.23640.0470.23547.394323.1641252.2361
20.79060.3864-0.44870.5894-0.11680.96220.01480.0120.0069-0.0256-0.0564-0.0192-0.095-0.08520.03710.25160.065-0.03430.25190.01560.25717.391824.4386238.3686
32.5112-0.30120.17562.8281-0.74122.5040.03130.3337-0.2545-0.2822-0.05850.00850.27970.06070.02970.32390.0027-0.00660.193-0.0190.347821.869933.0396222.613
42.3434-0.3362-1.02480.4428-0.32142.9337-0.03720.06560.02370.01690.00050.05490.0876-0.31220.03940.21810.0256-0.01730.3552-0.0630.2581-26.362723.4848255.1962
52.11030.1006-1.56020.8648-0.15281.74880.05320.06940.06910.12420.02170.24670.1319-0.4234-0.08910.28870.003-0.0210.5342-0.06430.354-40.603923.2356269.5519
64.2129-0.216-0.0792.85490.15654.40520.03320.18840.60040.09090.13430.3371-0.1005-0.5714-0.12880.373-0.00410.0620.5320.00230.489-51.842325.4424275.8324
71.91720.21730.15341.6842-0.28911.3805-0.0129-0.05760.19730.10380.05020.0116-0.0122-0.0423-0.0360.21880.04610.0120.2277-0.0190.2291-43.856540.7549186.8849
80.3623-0.71120.36441.7206-0.64091.29110.2215-0.0368-0.15110.161-0.0456-0.24260.19420.0121-0.17040.23760.03550.01240.2487-0.01750.221-40.309632.8898181.0216
91.342-0.18650.36581.3392-0.13122.4332-0.08150.36190.5876-0.22380.04230.1024-0.45360.28430.03240.2916-0.1019-0.04970.53060.15510.5148-65.239841.9169159.3213
102.6517-1.50221.7230.9978-0.91411.16070.0122-0.0348-0.03450.02430.0151-0.0550.03850.0115-0.03790.3470.0454-0.03670.2377-0.03320.2725-16.899618.6961194.271
113.1437-0.457-0.55521.20750.27543.85060.03380.0899-0.32650.48170.0150.01050.3687-0.1785-0.01580.49010.0086-0.05070.2027-0.03140.32171.26196.6867216.2384
126.31890.90870.89974.15491.39464.28310.06830.1539-0.46520.5881-0.04-0.11470.7823-0.0079-0.03290.5130.0061-0.0580.2626-0.06470.39647.0772-2.0784211.8421
131.7217-0.55750.50622.0643-1.6051.9404-0.0608-0.4480.11550.55550.0173-0.0694-0.3301-0.2820.04150.47090.0697-0.05940.3692-0.04760.2388-30.90428.7682212.551
142.9679-0.2031-2.56635.0890.60442.25010.07460.13310.1359-0.4036-0.01610.0816-0.08940.0252-0.03460.41440.038-0.07870.2459-0.02930.2948-26.662533.4902199.608
154.7929-0.86751.30571.8706-0.24813.44860.24890.3447-0.4442-0.43960.08240.26980.7738-0.7802-0.31560.4885-0.0616-0.06570.40890.04790.3157-22.807415.7807227.098
162.66190.7105-0.80141.34920.60071.30690.23470.0015-0.10530.0779-0.1403-0.0307-0.2414-0.0519-0.11290.42510.0611-0.03550.21970.00510.25811.011615.654221.0913
173.0561-0.1545-1.48972.5764-0.45344.0078-0.12980.79630.0406-0.26660.15060.36340.1181-0.8751-0.00870.40510.0702-0.03920.3427-0.040.257-8.895814.0507218.9311
182.2744-0.1493-1.13360.4957-0.39480.98840.2471-0.06430.31750.1697-0.0696-0.124-0.3491-0.091-0.16070.44690.058-0.04040.2284-0.05180.27664.446120.4724221.4914
193.20720.6446-1.51250.9547-0.15941.92410.22260.04490.05450.1026-0.1011-0.0104-0.2027-0.1609-0.09780.37680.038-0.04870.2813-0.05650.2396-12.205920.8724233.152
200.3639-0.5101-0.10091.79680.341.9894-0.185-0.30090.0492-0.4709-0.03820.3404-0.1261-0.51920.19640.26150.0339-0.06770.45820.09230.6874-67.528648.9543175.5749
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240.1013-0.39690.31946.24862.1083.41050.1995-0.2191-0.16450.73690.00770.77440.2574-0.2241-0.17740.33070.13110.0731.0140.12180.7219-70.473946.0061189.7376
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312.6188-0.4843-0.75272.72181.5943.95780.1862-0.05970.13160.1204-0.0289-0.41410.18660.2596-0.13250.22250.05030.01080.2668-0.0230.2491-12.788222.5184271.5456
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362.44520.349-0.03022.4468-0.29072.5891-0.0299-0.0490.15540.2115-0.1464-0.444-0.42630.23080.09840.2389-0.0107-0.01060.20420.05060.288929.655429.9339240.4126
375.09193.0328-0.66755.1357-0.59662.49260.0456-0.5894-0.22050.5069-0.1044-0.4026-0.08330.30920.07960.28110.0146-0.03290.31160.00870.281633.582525.5008250.5686
387.32190.7331.39875.4232-0.0425.4864-0.0759-0.52750.45880.83830.22540.0172-0.35520.5115-0.12430.43830.01090.00270.3977-0.00940.31824.771731.0798251.6342
395.48953.1664-0.13824.6095-0.87721.9465-0.2049-0.10760.25360.07610.0507-0.1073-0.11790.28290.15490.28640.037-0.00270.2550.02780.270829.097730.3534243.6639
403.59491.3983-0.61563.54990.31032.1126-0.13160.0710.0348-0.0072-0.0457-0.3636-0.22730.38290.14610.25710.0193-0.02460.28570.08210.345836.048523.3461243.5215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 114 )A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 205 )A115 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 206 through 269 )A206 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 91 )B1 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 92 through 135 )B92 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 136 through 199 )B136 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 133 )C0 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 134 through 182 )C134 - 182
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 183 through 269 )C183 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 120 )D1 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 121 through 185 )D121 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 186 through 200 )D186 - 200
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1 through 94 )E1 - 94
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 95 through 109 )E95 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 110 through 124 )E110 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 125 through 162 )E125 - 162
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 163 through 188 )E163 - 188
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 189 through 215 )E189 - 215
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 216 through 244 )E216 - 244
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1 through 19 )F1 - 19
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 20 through 30 )F20 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 31 through 41 )F31 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 42 through 46 )F42 - 46
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 47 through 51 )F47 - 51
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 52 through 61 )F52 - 61
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 62 through 71 )F62 - 71
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 72 through 77 )F72 - 77
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 78 through 90 )F78 - 90
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 91 through 97 )F91 - 97
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 3 through 73 )G3 - 73
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 74 through 109 )G74 - 109
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 110 through 124 )G110 - 124
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 125 through 203 )G125 - 203
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 204 through 225 )G204 - 225
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 226 through 243 )G226 - 243
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 1 through 30 )H1 - 30
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 31 through 46 )H31 - 46
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 47 through 56 )H47 - 56
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 57 through 77 )H57 - 77
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 78 through 99 )H78 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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