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- PDB-5tzn: Structure of the viral immunoevasin m12 (Smith) bound to the natu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzn
タイトルStructure of the viral immunoevasin m12 (Smith) bound to the natural killer cell receptor NKR-P1B (B6)
要素
  • Glycoprotein family protein m12
  • Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / C-type lectin-like domain / immonoglobulin like domain / CELL INVASION / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / signaling receptor activity / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immune evasion protein / Immune evasion protein / : / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...Immune evasion protein / Immune evasion protein / : / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Glycoprotein family protein m12 / Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Berry, R. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: A Viral Immunoevasin Controls Innate Immunity by Targeting the Prototypical Natural Killer Cell Receptor Family.
著者: Aguilar, O.A. / Berry, R. / Rahim, M.M. / Reichel, J.J. / Popovic, B. / Tanaka, M. / Fu, Z. / Balaji, G.R. / Lau, T.N. / Tu, M.M. / Kirkham, C.L. / Mahmoud, A.B. / Mesci, A. / Krmpotic, A. / ...著者: Aguilar, O.A. / Berry, R. / Rahim, M.M. / Reichel, J.J. / Popovic, B. / Tanaka, M. / Fu, Z. / Balaji, G.R. / Lau, T.N. / Tu, M.M. / Kirkham, C.L. / Mahmoud, A.B. / Mesci, A. / Krmpotic, A. / Allan, D.S. / Makrigiannis, A.P. / Jonjic, S. / Rossjohn, J. / Carlyle, J.R.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
F: Glycoprotein family protein m12
G: Glycoprotein family protein m12
W: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,91112
ポリマ－73,6974
非ポリマー3,2148
水61334
1
A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
F: Glycoprotein family protein m12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1926
ポリマ－36,8492
非ポリマー1,3434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Glycoprotein family protein m12
W: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7196
ポリマ－36,8492
非ポリマー1,8714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.276, 61.912, 66.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AWFG

#1: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B / CD161 antigen-like family member B / Inhibitory receptor NKR-P1B / Lymphocyte antigen 55d / Ly-55d ...CD161 antigen-like family member B / Inhibitory receptor NKR-P1B / Lymphocyte antigen 55d / Ly-55d / NKR-P1D / Natural killer cell surface protein NKR-P1B allele B6


分子量: 15631.460 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 89-2215 / 変異: C118G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klrb1b, Klrb1d, Ly55d, Nkrp1b, Nkrp1d / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99JB4
#2: タンパク質 Glycoprotein family protein m12


分子量: 21217.166 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 61-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: m12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3XDJ6

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b3-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 36分子

#7: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 41 % PEG400 0.1M Bis/Tris ph 6.3 0.4M sodium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.8 Å / Num. obs: 19331 / Biso Wilson estimate: 54.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2863 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M9Z, 4PN6

3m9z

4pn6


解像度: 2.6→44.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9059 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8618 / SU R Cruickshank DPI: 0.702 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.633 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 982 5.08 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.207 19331 94.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.656 Å20 Å20.2636 Å2
2---0.1424 Å20 Å2
3---2.7984 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.341 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3980 0 197 34 4211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084293HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.135871HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1948SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes614HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4293HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion646SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4576SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 150 5.37 %
Rwork0.2173 2641 -
all0.2193 2791 -
obs--94.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5846-0.4304-0.61621.26260.2692.263-0.0708-0.4442-0.10780.35680.02090.0008-0.2515-0.04840.0499-0.05710.0342-0.06930.0226-0.0205-0.0905-27.52543.319478.6743
21.8083-0.45610.09292.97430.13241.1090.00970.02520.1420.03010.0235-0.0358-0.2335-0.107-0.0333-0.13540.0149-0.007-0.07250.0293-0.0643-36.402442.927656.0472
30.890.922-0.25772.50040.53660.71210.1633-0.049-0.25280.1647-0.0639-0.2720.22810.0854-0.0994-0.10990.0187-0.0655-0.09250.04090.0044-35.124110.652456.3403
42.68121.28420.4422.74850.21383.91430.02540.3795-0.0602-0.32240.01690.2143-0.03910.025-0.0423-0.11840.02480.0328-0.0956-0.0597-0.0292-34.647511.848732.2939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ F|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ W|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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