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Yorodumi- PDB-5tza: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 2A WITH 3-{5-methyl-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tza | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 2A WITH 3-{5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl-1-[(naphthalene-2-yl)carbonyl]piperidine | ||||||
Components | cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase | ||||||
Keywords | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / regulation of mitochondrion organization / establishment of endothelial barrier / aorta development / cGMP-mediated signaling / ventricular septum development / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to cAMP / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Xu, R. / Aertgeerts, K. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2017 Title: Design and Synthesis of Novel and Selective Phosphodiesterase 2 (PDE2a) Inhibitors for the Treatment of Memory Disorders. Authors: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / ...Authors: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / Barido, R. / Warren, N. / Schmelzer, K. / Neul, D. / Lee, D. / Andersen, C.B. / Sebring, K. / Aertgeerts, K. / Zhou, X. / Tabatabaei, A. / Peters, M. / Breitenbucher, J.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tza.cif.gz | 577.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tza.ent.gz | 475.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tza.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tza_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tza_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 5tza_validation.xml.gz | 58.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5tza_validation.cif.gz | 87 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tza | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tz3C 5tzcC 5tzhC 5tzwC 5tzxC 5tzzC 5u00C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40168.051 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: catalytic domain, UNP residues 323-663 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDE2A / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5 References: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: Chemical | ChemComp-7OG / [( #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 / Details: 17-19% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 11, 2016 |
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→55.77 Å / Num. obs: 142086 / % possible obs: 61.6 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 17.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.42 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.056 / % possible all: 3 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→55.765 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 20.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.25 Å2 / Biso mean: 23.6972 Å2 / Biso min: 7.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→55.765 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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