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- PDB-5tyt: Crystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tyt
タイトルCrystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-terminal peptide
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ-RhoGEF / CXCR2
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Chemokine receptors bind chemokines ...interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Chemokine receptors bind chemokines / regulation of small GTPase mediated signal transduction / dendritic cell chemotaxis / NRAGE signals death through JNK / RHOB GTPase cycle / establishment of cell polarity / RHOC GTPase cycle / Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular defense response / striated muscle contraction / neutrophil chemotaxis / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / secretory granule membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of cell growth / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / receptor internalization / mitotic spindle / chemotaxis / microtubule cytoskeleton / G alpha (12/13) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / actin cytoskeleton organization / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 2 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / CXC chemokine receptor 1/2 / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS domain / RGS domain profile. ...CXC chemokine receptor 2 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / CXC chemokine receptor 1/2 / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / : / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 11 / C-X-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Spellmon, N. / Holcomb, J. / Niu, A. / Choudhary, V. / Sun, X. / Brunzelle, J. / Li, C. / Yang, Z.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of PDZ-mediated chemokine receptor CXCR2 scaffolding by guanine nucleotide exchange factor PDZ-RhoGEF.
著者: Spellmon, N. / Holcomb, J. / Niu, A. / Choudhary, V. / Sun, X. / Zhang, Y. / Wan, J. / Doughan, M. / Hayden, S. / Hachem, F. / Brunzelle, J. / Li, C. / Yang, Z.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.classification
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
D: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4244
ポリマ－37,4244
非ポリマー00
水23413
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7122
ポリマ－18,7122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera

D: Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7122
ポリマ－18,7122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.739, 66.633, 168.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Rho guanine nucleotide exchange factor 11, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera / PDZ-RhoGEF / CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R ...PDZ-RhoGEF / CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R B / IL-8 receptor type 2


分子量: 9355.930 Da / 分子数: 4
断片: Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF11, KIAA0380, CXCR2, IL8RB / プラスミド: pCDF-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15085, UniProt: P25025
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % / 解説: diamond-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG8000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.398→84.22 Å / Num. obs: 13997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.398→2.439 Å / Rmerge(I) obs: 0.738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5E6P

5e6p


解像度: 2.398→43.734 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 694 4.97 %
Rwork0.2065 13259 -
obs0.2081 13953 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.64 Å2 / Biso mean: 64.8974 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.398→43.734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2597 0 0 13 2610
Biso mean---51.51 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2743539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.515963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3976-2.58270.35331450.30262574271999
2.5827-2.84260.33021480.281426142762100
2.8426-3.25380.31321230.248626582781100
3.2538-4.0990.271570.207426442801100
4.099-43.74160.16591210.16822769289099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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