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- PDB-5txv: HslU P21 cell with 4 hexamers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txv
タイトルHslU P21 cell with 4 hexamers
要素ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
キーワードHYDROLASE / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding ...protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein HslU / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.086 Å
データ登録者Grant, R.A. / Chen, J. / Glynn, S.E. / Sauer, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI-16892 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Covalently linked HslU hexamers support a probabilistic mechanism that links ATP hydrolysis to protein unfolding and translocation.
著者: Baytshtok, V. / Chen, J. / Glynn, S.E. / Nager, A.R. / Grant, R.A. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
B: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
C: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
D: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
E: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
F: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
G: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
H: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
I: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
J: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
K: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
L: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
M: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
N: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
O: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
P: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
Q: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
R: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
S: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
T: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
U: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
V: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
W: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
X: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,198,93748
ポリマ－1,188,68424
非ポリマー10,25324
水00
1
A: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
B: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
C: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
D: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
E: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
F: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,73412
ポリマ－297,1716
非ポリマー2,5636
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25380 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area92210 Å2
手法PISA
2
G: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
H: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
I: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
J: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
K: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
L: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,73412
ポリマ－297,1716
非ポリマー2,5636
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26110 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area91630 Å2
手法PISA
3
M: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
N: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
O: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
P: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
Q: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
R: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,73412
ポリマ－297,1716
非ポリマー2,5636
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25750 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area89240 Å2
手法PISA
4
S: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
T: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
U: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
V: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
W: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
X: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,73412
ポリマ－297,1716
非ポリマー2,5636
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24580 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area88070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.497, 420.860, 176.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
ATP-dependent protease ATPase subunit HslU / Heat shock protein HslU / Unfoldase HslU


分子量: 49528.508 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hslU, htpI, b3931, JW3902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6H5
#2: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.8 26% (W/V) PEG3350 260 mM Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.086→50 Å / Num. obs: 18657 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 401.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/av σ(I): 15.538 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
7.1-7.224.50.6940.707192.6
7.22-7.354.50.6140.766199.1
7.35-7.494.60.480.848199
7.49-7.654.50.3690.924198.3
7.65-7.814.50.2920.945195.7
7.81-7.994.60.2380.957198.2
7.99-8.194.60.1970.9661100
8.19-8.414.70.1620.981199.9
8.41-8.664.50.1510.983199.8
8.66-8.944.70.1380.985199.9
8.94-9.254.60.1310.986199.8
9.25-9.624.50.1160.991199.7
9.62-10.064.70.1040.991100
10.06-10.584.60.0980.994199.8
10.58-11.244.60.0910.992199.9
11.24-12.094.50.0820.994199.8
12.09-13.294.50.080.994199.5
13.29-15.174.40.0870.993199.7
15.17-18.944.30.0650.994199.8
18.94-5040.0540.995197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HQY

1hqy


解像度: 7.086→49.187 Å / SU ML: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1887 10.15 %
Rwork0.2737 --
obs0.276 18596 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 709.75 Å2 / Biso mean: 414.5644 Å2 / Biso min: 310.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 7.086→49.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数64241 0 648 0 64889
Biso mean--384.02 --
残基数----8177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00365658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61488682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05710438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.76325293
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
7.0859-7.27690.34371450.35741215136093
7.2769-7.49030.34041590.34711228138799
7.4903-7.73120.36341390.32471299143898
7.7312-8.00640.34721420.29741276141897
8.0064-8.32550.26011420.273212871429100
8.3255-8.70240.27991480.266713241472100
8.7024-9.15840.27731430.273212851428100
9.1584-9.72810.25791470.252513181465100
9.7281-10.47250.30591440.239812831427100
10.4725-11.51420.28511450.243612991444100
11.5142-13.15240.23521440.2341297144199
13.1524-16.46670.28941480.28451315146399
16.4667-49.18810.36791410.30581283142497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.59472.7447-4.5473-0.6667-1.48377.9294-0.6232-0.7268-0.93580.7399-0.3869-0.7540.76810.732605.22560.8492-0.00063.7236-0.32114.923528.0503-132.9368-13.5567
2-2.34820.32812.81615.93933.660613.9446-0.22830.12750.40910.89490.1353-0.46212.2509-0.9253-04.8106-0.5805-0.39244.64090.38934.411222.7093-128.584820.9312
31.40994.70750.38295.55282.78253.8404-0.1395-1.2374-0.0913-0.9989-0.89020.09940.2443-0.486803.61770.1432-0.04014.4168-0.48054.336717.1592-97.822832.4407
40.0889-2.27851.26755.9748-1.87177.0151-1.4613-0.62041.094-1.22890.07220.1074-1.7598-0.2954-03.44890.3662-0.34354.7395-0.31755.437510.8821-73.147512.1177
51.0023-0.6749-4.15151.0965-2.49252.9217-0.1544-0.94040.61170.78460.33220.0313-0.73580.6597-05.69910.5155-0.60124.7283-0.19924.559820.4481-76.0826-21.9944
67.669-2.49343.57629.917-0.07363.6326-0.8502-0.00280.4061-0.7068-0.0497-0.16940.65181.281403.62930.54790.03765.062-0.05623.280127.1235-105.7761-33.6014
7-0.0256-0.5303-6.56025.5811-0.937312.14480.37620.5396-0.80731.37710.627-0.57830.5075-0.4863-04.0346-0.0312-0.93234.2182-0.66394.9388-8.9234-68.7138-66.6807
80.64081.24594.05180.66213.10226.5660.3745-0.07970.61030.14720.2195-0.70440.5185-0.2749-04.01830.1060.16524.1987-0.5215.0361-5.3747-66.3387-102.4861
93.424-0.22191.2114.7159-1.39970.3329-0.32531.69230.253-2.06230.17820.1597-0.75620.011505.2812-0.19530.24464.8919-0.18154.1005-9.0219-38.4555-117.8038
102.8421-1.99522.0338.58144.20317.1992-0.79220.1110.7298-0.94330.16380.76720.3682-0.053304.52960.01450.69274.15870.12454.8483-13.1979-9.6278-100.2253
110.63234.8697-1.93235.68150.464312.306-0.3598-0.9749-0.30840.25780.9976-0.5405-1.6527-0.517803.33280.50710.12123.5062-0.37115.4273-22.9288-11.5702-68.9803
121.50752.6417-0.17942.67781.36993.91791.0823-0.19830.29510.2925-1.23070.53480.6511-0.848404.03810.2263-0.22884.094-0.23934.6017-20.522-43.0795-51.2088
130.64051.04211.56175.8262-0.3831.2461-0.18130.90780.5974-0.5901-0.30610.0018-0.65750.208505.4445-0.18670.6935.07450.48784.657-16.9241-125.9936-110.9881
14-0.4338-4.92341.0839-0.4762-1.17323.8406-1.1418-0.28760.13561.75410.10340.8729-1.1429-1.5969-06.7838-0.54610.4744.9953-0.74315.9655-22.9101-114.2127-81.3615
15-0.86260.6132-2.01572.2691-1.91258.66220.64-0.2556-0.5012-0.5953-0.50070.3427-1.24581.005304.5577-0.527-0.36163.9112-0.2325.1692-20.4754-134.064-52.2445
163.3283-1.81982.811912.15210.26932.8251-0.4649-0.7632-0.6134-2.04310.33250.6374-0.20410.165304.1698-0.4094-0.34564.07850.39434.8585-11.8384-165.993-55.5398
178.45810.2460.22034.39481.26764.6937-0.37631.5308-0.9036-1.7987-0.36580.00710.54270.36804.78460.056-0.33124.22560.31474.1279-12.1868-180.2239-88.713
186.3178-2.2663-0.25941.5072-1.36574.68420.27191.9375-0.06770.4621-0.45710.6530.157-0.0082-07.04580.58570.16773.9687-0.16354.3008-13.2592-160.4524-114.7622
195.4814-0.6835-1.56379.3523-4.54053.9195-1.3804-0.4091-0.5515-1.07410.8743-1.47011.24370.3094-06.47390.1823-0.05254.9541-1.18714.934925.7598-29.2463-1.1794
205.0669-5.4814-2.283411.89613.15128.2803-0.17471.3391-0.81570.68070.33140.06261.79510.663404.4652-0.7835-0.20284.9462-0.36484.891420.8567-9.096527.6237
210.9633-1.38190.166312.2875-1.70882.44690.1336-0.16530.5312-0.615-0.1557-0.20651.03790.0281-04.50330.41480.05234.6175-0.20973.842714.777122.664923.4263
224.0479-0.422-1.08637.45255.66888.9817-0.259-0.23041.5126-1.09930.9309-1.02710.8767-0.834505.1246-0.09060.38784.97060.14224.224513.888937.2417-9.4623
231.4955-0.46541.0362.54371.5827-1.63460.20551.2434-0.517-0.5745-0.1246-1.5443-0.3477-0.3002-04.955-0.58980.11867.7092-0.87624.143519.181318.8938-35.4231
242.7931-0.5884-1.76024.202-1.24872.6628-0.47510.8439-0.3429-0.29020.0601-0.4710.3288-0.8973-03.9498-0.486-0.03745.416-0.87224.542528.5885-15.5208-30.361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 450
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB4 - 450
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 450
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD2 - 450
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE4 - 450
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF2 - 450
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG2 - 450
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH2 - 450
9X-RAY DIFFRACTION9chain II2 - 450
10X-RAY DIFFRACTION10chain JJ3 - 450
11X-RAY DIFFRACTION11chain KK2 - 450
12X-RAY DIFFRACTION12chain LL2 - 450
13X-RAY DIFFRACTION13chain MM5 - 450
14X-RAY DIFFRACTION14chain NN3 - 450
15X-RAY DIFFRACTION15chain OO2 - 450
16X-RAY DIFFRACTION16chain PP2 - 450
17X-RAY DIFFRACTION17chain QQ3 - 450
18X-RAY DIFFRACTION18chain RR3 - 450
19X-RAY DIFFRACTION19chain SS2 - 450
20X-RAY DIFFRACTION20chain TT2 - 450
21X-RAY DIFFRACTION21chain UU2 - 450
22X-RAY DIFFRACTION22chain VV2 - 450
23X-RAY DIFFRACTION23chain WW2 - 450
24X-RAY DIFFRACTION24chain XX2 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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