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- PDB-5txr: Structure of ALAS from S. cerevisiae non-covalently bound to PLP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txr
タイトルStructure of ALAS from S. cerevisiae non-covalently bound to PLP cofactor
要素5-aminolevulinate synthase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Heme biosynthesis / 5-aminolevulinic acid / Pyridoxal 5-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of organelle assembly / Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole biosynthesis, 5-aminolevulinic acid synthase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brown, B.L. / Grant, R.A. / Kardon, J.R. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Burroughs Wellcome Fund1015092 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund for Medical Research61-1529 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI-16892 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F32DK095726 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of the Mitochondrial Aminolevulinic Acid Synthase, a Key Heme Biosynthetic Enzyme.
著者: Brown, B.L. / Kardon, J.R. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial
A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,02616
ポリマ－107,9402
非ポリマー1,08614
水13,962775
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.613, 64.878, 95.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase


分子量: 53970.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-548 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase

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非ポリマー , 5種, 789分子

#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 73470 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 15.27 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 13.24
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. measured obs: 3684 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: R. capsulatus ALAS

解像度: 1.9→22.727 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1721 1919 2.72 %
Rwork0.1416 --
obs0.1424 70459 92.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7415 0 69 780 8264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67310377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6822817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8969-1.94430.24271300.20484483X-RAY DIFFRACTION86
1.9443-1.99680.20371310.18514724X-RAY DIFFRACTION90
1.9968-2.05560.20461360.16454762X-RAY DIFFRACTION91
2.0556-2.12190.18381320.15564832X-RAY DIFFRACTION92
2.1219-2.19760.18951350.14884892X-RAY DIFFRACTION93
2.1976-2.28550.16941360.13664890X-RAY DIFFRACTION93
2.2855-2.38950.18931400.13264951X-RAY DIFFRACTION93
2.3895-2.51530.16351380.13524977X-RAY DIFFRACTION94
2.5153-2.67260.17751390.13764958X-RAY DIFFRACTION94
2.6726-2.87860.16571400.13744994X-RAY DIFFRACTION94
2.8786-3.16760.16611400.13925021X-RAY DIFFRACTION95
3.1676-3.62440.18031420.13685046X-RAY DIFFRACTION95
3.6244-4.56030.12751410.11955005X-RAY DIFFRACTION94
4.5603-22.72870.16651390.14335005X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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