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- PDB-5txl: STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txl
タイトルSTRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DATP
要素
  • (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ...) x 2
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / RT / DNA / crosslink / N site complex / pyrophosphorolysis / P51 / P66 / TRANSFERASE / DRUG RESISTANCE / MUTATION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / telomerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...RNA-directed DNA polymerase activity / telomerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Das, K. / Martinez, S.M. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI027690 米国
引用
ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into HIV Reverse Transcriptase Mutations Q151M and Q151M Complex That Confer Multinucleoside Drug Resistance.
著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis For The Role Of The K65R Mutation In Hiv-1 Reverse Transcriptase Polymerization, Excision Antagonism, And Tenofovir Resistance.
著者: Das, K. / Bandwar, R.P. / White, K.L. / Feng, J.Y. / Sarafianos, S.G. / Tuske, S. / Tu, X. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hou, X. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Miller, M.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis Of Hiv-1 Resistance To Azt By Excision.
著者: Tu, X. / Das, K. / Han, Q. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Hou, X. / Frenkel, Y.V. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: High-Resolution Structures Of Hiv-1 Reverse Transcriptase/Tmc278 Complexes: Strategic Flexibility Explains Potency Against Resistance Mutations.
著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#4: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Roles Of Conformational And Positional Adaptability In Structure-Based Design Of Tmc125-R165335 (Etravirine) And Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly ...タイトル: Roles Of Conformational And Positional Adaptability In Structure-Based Design Of Tmc125-R165335 (Etravirine) And Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent And Effective Against Wild-Type And Drug-Resistant Hiv-1 Variants.
著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. ...著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwels, R. / De Bethune, M.P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
T: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,82022
ポリマ－261,6498
非ポリマー2,17114
水3,945219
1
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
T: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,98912
ポリマ－130,8254
非ポリマー1,1648
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15720 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area48360 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,83110
ポリマ－130,8254
非ポリマー1,0066
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15300 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.380, 133.846, 139.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT / Pr160Gag-Pol


分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 変異: Q258C, C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT / Pr160Gag-Pol


分子量: 51928.629 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP* CP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 8383.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG) P*CP*GP*CP*CP*GP)-3')


分子量: 6490.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
糖 , 1種, 2分子

#5: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE
PH範囲: 6.8 -7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 111859 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V4I

3v4i


解像度: 2.501→48.075 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 3349 3 %Random
Rwork0.1927 ---
obs0.1937 111811 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→48.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15824 1802 135 219 17980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89925389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84810742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5011-2.53690.29851220.3013897X-RAY DIFFRACTION85
2.5369-2.57470.32961430.29434282X-RAY DIFFRACTION93
2.5747-2.6150.33521230.28824359X-RAY DIFFRACTION97
2.615-2.65780.29141410.27084535X-RAY DIFFRACTION99
2.6578-2.70370.29291400.27984483X-RAY DIFFRACTION99
2.7037-2.75280.28061320.26964584X-RAY DIFFRACTION100
2.7528-2.80580.26911520.25554545X-RAY DIFFRACTION100
2.8058-2.8630.27831290.24194584X-RAY DIFFRACTION100
2.863-2.92530.27991560.23234563X-RAY DIFFRACTION100
2.9253-2.99330.26271380.22084552X-RAY DIFFRACTION100
2.9933-3.06820.23571450.22234580X-RAY DIFFRACTION100
3.0682-3.15110.27131370.23084561X-RAY DIFFRACTION100
3.1511-3.24380.24081470.2184587X-RAY DIFFRACTION100
3.2438-3.34850.26071480.21414561X-RAY DIFFRACTION100
3.3485-3.46810.23481340.20944583X-RAY DIFFRACTION100
3.4681-3.60690.2371440.19784574X-RAY DIFFRACTION100
3.6069-3.7710.23951460.1924583X-RAY DIFFRACTION100
3.771-3.96980.19311370.17894565X-RAY DIFFRACTION100
3.9698-4.21830.23211360.16654590X-RAY DIFFRACTION100
4.2183-4.54380.17241400.16034583X-RAY DIFFRACTION100
4.5438-5.00060.19311390.15484629X-RAY DIFFRACTION100
5.0006-5.72320.19571220.1714606X-RAY DIFFRACTION100
5.7232-7.20680.23441580.19484582X-RAY DIFFRACTION99
7.2068-48.08370.17211400.15334494X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0010.02990.01340.00650.01010.0140.1965-0.0110.0719-0.22260.03740.00320.0138-0.1408-01.1397-0.2811-0.02730.75910.15220.4735-13.42416.124818.7589
2-0.0031-0.01440.04630.05730.01210.00450.28640.25940.1724-0.22910.02830.0866-0.0187-0.0550.05121.8609-0.3377-0.21811.08230.45120.9688-14.432227.842121.5344
30.0744-0.03170.03220.0344-0.0573-0.00220.17870.09120.4743-0.236-0.0477-0.15970.12550.04930.01731.0303-0.3938-0.02240.55470.0980.3295-8.473320.773929.2812
40.0524-0.0302-0.0660.1658-0.05530.13440.21490.13920.5098-0.63960.2008-0.2935-0.24980.07510.32821.1306-0.47780.18660.64540.0440.62133.836321.723937.2898
50.12510.1113-0.00940.1936-0.13630.1951-0.0435-0.2350.0753-0.25880.2170.0196-0.5362-0.12990.04010.6468-0.21260.04690.127-0.04530.7626-20.598626.944756.8983
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70.0744-0.0808-0.05550.2420.09870.0650.0406-0.0224-0.0666-0.0018-0.04790.111-0.0890.1222-0.01760.2845-0.0743-0.05230.3185-0.13420.3541-16.29344.077569.0204
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270.1618-0.1710.2810.2431-0.24340.23240.1213-0.0659-0.1683-0.188-0.2034-0.03860.10510.0108-0.00010.31560.07170.00150.3653-0.01290.3766-12.1999-74.915650.3078
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290.0029-0.0017-00.0020.00350.00190.0627-0.00730.0020.12-0.02460.01240.04410.0221-00.9872-0.08-0.10350.9275-0.18160.5988-39.4004-55.4948-6.1853
300.00180.0064-0.0126-0.00820.02240.00710.4722-0.0286-0.0717-0.14860.01080.14520.2037-0.077401.0985-0.1352-0.06750.83130.07210.6436-32.2575-57.54813.9888
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320.00110.00080.00490.00210.00150.0013-0.05940.00110.0433-0.0309-0.07620.01330.0032-0.019-01.4233-0.10140.18041.0857-0.25851.3438-31.3531-87.492132.8668
33-0.00950.02210.0207-0.0196-0.02390.01240.19520.2115-0.1553-0.4297-0.20230.236-0.0860.051300.8739-0.0675-0.08010.485-0.02080.3718-33.0513-64.418520.3005
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 325 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 363 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 364 through 421 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 422 through 515 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 516 through 554 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 27 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 28 through 194 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 195 through 269 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 270 through 363 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 364 through 428 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'T' and (resid 702 through 706 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'T' and (resid 707 through 716 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'T' and (resid 717 through 721 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'T' and (resid 722 through 725 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'P' and (resid 803 through 812 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'P' and (resid 813 through 822 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid -1 through 325 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 326 through 554 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 4 through 59 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 60 through 99 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 100 through 194 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 195 through 269 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 270 through 363 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 364 through 428 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 702 through 706 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 707 through 716 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 717 through 725 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 803 through 807 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 808 through 818 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 819 through 822 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る