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- PDB-5two: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma ligand binding d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5two
タイトルPeroxisome proliferator-activated receptor gamma ligand binding domain in complex with a novel selectively PPAR gamma-modulating ligand VSP-51
要素
  • PRO-SER-LEU-LEU-LYS-LYS-LEU-LEU-LEU-ALA-PRO
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / lignad binding domain / selective PPAR gamma ligand / VSP-51 / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / temperature homeostasis / lncRNA binding / response to muscle activity / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / response to starvation / lipid homeostasis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / fatty acid oxidation / R-SMAD binding / response to dietary excess / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / adipose tissue development / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear retinoid X receptor binding / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / digestion / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of miRNA transcription / peptide binding / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor binding / respiratory electron transport chain / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7MV / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.927 Å
データ登録者Yi, W. / Shi, J. / Zhao, G. / Zhou, X.E. / Suino-Powell, K. / Melcher, K. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Youth Innovation Promotion Association CAS, the Shanghai Municipal Natural Science Foundation15ZR1447800 中国
the Chinese Postdoctoral Science Foundation2014M560363 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Identification of a novel selective PPAR gamma ligand with a unique binding mode and improved therapeutic profile in vitro.
著者: Yi, W. / Shi, J. / Zhao, G. / Zhou, X.E. / Suino-Powell, K. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: PRO-SER-LEU-LEU-LYS-LYS-LEU-LEU-LEU-ALA-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0823
ポリマ－32,6892
非ポリマー3931
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.893, 88.504, 122.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-695-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31094.135 Da / 分子数: 1 / 断片: lignad binding domain (UNP residues 234-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド PRO-SER-LEU-LEU-LYS-LYS-LEU-LEU-LEU-ALA-PRO


分子量: 1594.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) / 参照: UniProt: Q9UBK2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-7MV / N-benzyl-1-[(4-chloro-3-fluorophenyl)methyl]-1H-indole-5-carboxamide


分子量: 392.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H18ClFN2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M of tri-sodium citrate (pH 5.5), 20% w/v PEG 3350
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 23586 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.792 / Rrim(I) all: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U9Q

3u9q


解像度: 1.927→37.672 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1584 6.72 %
Rwork0.2087 --
obs0.2107 23586 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.927→37.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2243 0 28 124 2395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1433116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.737880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9272-1.96650.3525710.30171221X-RAY DIFFRACTION93
1.9665-2.00930.3812920.29171267X-RAY DIFFRACTION100
2.0093-2.0560.27850.25261275X-RAY DIFFRACTION100
2.056-2.10740.2553870.22791317X-RAY DIFFRACTION100
2.1074-2.16440.2475910.24661259X-RAY DIFFRACTION100
2.1644-2.22810.2793800.23451301X-RAY DIFFRACTION100
2.2281-2.30.28651020.23221290X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.38220.298900.2241292X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.47750.2548910.23081286X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.59030.26121010.23731288X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.72680.2513980.23311278X-RAY DIFFRACTION100
2.7268-2.89760.27031110.21721291X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.12120.2835850.2351299X-RAY DIFFRACTION100
3.1212-3.43510.23291170.22551289X-RAY DIFFRACTION100
3.4351-3.93170.2219880.18471320X-RAY DIFFRACTION100
3.9317-4.95180.1928900.16681343X-RAY DIFFRACTION100
4.9518-37.6790.18131050.17731386X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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