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- PDB-5twk: Crystal Structure of RlmH in Complex with Sinefungin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5twk
タイトルCrystal Structure of RlmH in Complex with Sinefungin
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Sinefungin / RNA methyltransferase / SPOUT / pseudouridine / helix 69 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosome binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koh, C.S. / Madireddy, R. / Beane, T.J. / Zamore, P.D. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106105 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM62862 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Small methyltransferase RlmH assembles a composite active site to methylate a ribosomal pseudouridine.
著者: Koh, C.S. / Madireddy, R. / Beane, T.J. / Zamore, P.D. / Korostelev, A.A.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6988
ポリマ－73,1724
非ポリマー1,5264
水3,783210
1
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3494
ポリマ－36,5862
非ポリマー7632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
2
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3494
ポリマ－36,5862
非ポリマー7632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.370, 37.950, 121.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H / 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA ...23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase RlmH


分子量: 18293.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rlmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7MFQ9, UniProt: P0A8I8*PLUS, 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-bicine buffer (pH 8.5), 0.09 M NaF, 0.09 M NaBr, 0.09 M NaI, 20% v/v PEG 550 MME, 10% w/v PEG 20,000 in the presence of 2 mM Sinefungin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.1 Å / Num. obs: 34496 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06791 / Net I/σ(I): 17.66
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 3405 / % possible all: 93.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NS5

1ns5


解像度: 2.1→39.084 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1725 5 %
Rwork0.1833 --
obs0.1861 34486 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4960 0 108 210 5278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2747080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9732048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16180.31981320.26432480X-RAY DIFFRACTION92
2.1618-2.23150.35751440.2442757X-RAY DIFFRACTION100
2.2315-2.31130.32721410.23682677X-RAY DIFFRACTION100
2.3113-2.40380.22431420.2122748X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.51320.30331440.20632719X-RAY DIFFRACTION100
2.5132-2.64570.30271470.19682730X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.81140.26031430.19282720X-RAY DIFFRACTION100
2.8114-3.02840.25291430.18792731X-RAY DIFFRACTION100
3.0284-3.3330.2311440.18542769X-RAY DIFFRACTION100
3.333-3.81490.2361440.17082773X-RAY DIFFRACTION100
3.8149-4.8050.17621500.14942794X-RAY DIFFRACTION100
4.805-39.09080.23051510.1782863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9671-0.53780.81971.902-0.71823.41180.21871.2142-0.1102-0.3323-0.3811-0.20370.43961.07770.15110.55240.14510.00470.62790.02280.34051.93379.6399-55.3345
23.4416-1.05340.67172.9857-0.80364.7754-0.0038-0.3443-0.16270.13940.09750.1306-0.0075-0.4717-0.02730.2984-0.03030.00810.20620.05260.2439-10.756612.8687-33.2091
34.1951-0.2159-0.43732.89970.03682.70640.03380.63630.0113-0.2348-0.106-0.32570.10070.51170.0460.34950.03620.03730.4070.05560.282224.0968-6.3883-26.96
43.48770.18150.30162.55850.82964.2708-0.0539-0.73740.0230.0998-0.0549-0.11060.10810.12690.08410.2730.0268-0.01880.340.00920.243815.9401-7.2617-3.0538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid -1 through 155 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid -1 through 155)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -1 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 155 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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