PDB-5tw9: 1.50 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Fragment (residues ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tw9

タイトル

1.50 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Fragment (residues 322-384) of Iron Uptake System Component EfeO from Yersinia pestis.

要素

Iron uptake system component EfeO

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / iron uptake system component EfeO / Lipid-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.50 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Fragment (residues 322-384) of Iron Uptake System Component EfeO from Yersinia pestis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3zqy-d 4i45-d 1lo7-d 5vde-2 2ggp-d 5vdf-1 1zuk-d 1lo9-d 1cmz-d 2ykz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91016

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-IDP91016

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リンク

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登録構造単位

A: Iron uptake system component EfeO

B: Iron uptake system component EfeO

C: Iron uptake system component EfeO

D: Iron uptake system component EfeO

E: Iron uptake system component EfeO

F: Iron uptake system component EfeO

ヘテロ分子

44.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Iron uptake system component EfeO

B: Iron uptake system component EfeO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Iron uptake system component EfeO

D: Iron uptake system component EfeO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Iron uptake system component EfeO

F: Iron uptake system component EfeO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	34.037, 64.001, 173.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron uptake system component EfeO 分子量: 6993.880 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: efeO, YPO1855, y2451, YP_1538 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q0WFT9
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 14.1 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: PACT (E3), 0.2M Sodium iodide, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月28日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 62217 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 43.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / CC_1/2: 0.933 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.657 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2025	3112	5 %	RANDOM
R_work	0.17293	-	-	-
obs	0.17442	58666	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→29.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2928	0	33	409	3370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	2.003	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	3	7457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.834	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.312	25.287	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.654	15	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.435	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.025	0.02	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.927	1.366	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.921	1.364	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.6	2.026	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.601	2.028	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.171	1.546	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.171	1.546	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.872	2.256	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.772	21.459	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.573	20.764	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.991	3	2
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.019	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	19.256	5	13

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	237	-
R_work	0.207	4266	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1683	1.3435	2.2476	2.1915	2.9464	6.428	-0.0079	0.0026	0.0151	-0.0401	-0.0411	0.1212	-0.2493	-0.0382	0.049	0.0365	0.0107	0.0107	0.0074	0.0005	0.0305	3.058	37.2393	80.9764
2	3.4066	1.5327	-0.2627	6.8094	-2.0463	4.6079	-0.0318	0.124	0.054	-0.067	0.1202	0.3337	0.3101	-0.2706	-0.0884	0.0321	-0.0099	-0.0154	0.0327	-0.0179	0.0581	-3.8053	22.4637	71.3545
3	0.6214	0.3505	1.1217	0.4236	1.2895	9.313	0.0502	0.0213	-0.0392	0.0344	-0.0146	-0.0247	0.0533	0.3178	-0.0356	0.0223	0.0037	0.0077	0.0298	0.0046	0.0343	10.4814	33.4636	82.7785
4	1.322	0.0298	-0.5317	3.8329	4.8952	8.2151	0.0172	0.0172	-0.0455	0.0751	-0.1081	0.0901	0.0672	-0.268	0.0909	0.0234	0.0008	0.0188	0.012	0.0009	0.0184	-1.4669	28.6213	88.5641
5	3.4244	-2.4472	1.8275	3.6265	-1.6471	1.0866	-0.065	0.0421	0.1798	0.3399	-0.0353	0.1043	-0.191	-0.0139	0.1002	0.3116	0.0181	0.0102	0.1418	-0.0205	0.172	0.8848	44.9998	99.406
6	0.5324	-0.3931	-2.0611	1.1298	2.2367	8.9408	0.0039	-0.1078	-0.0114	0.0304	0.042	-0.0265	0.0812	0.4256	-0.0459	0.0276	0.0062	-0.0005	0.0282	-0.0023	0.024	6.6306	27.7882	90.8861
7	1.0834	-0.8348	-1.7577	2.7562	3.0632	7.5002	-0.0207	-0.0124	-0.0459	0.0926	-0.0427	0.0667	-0.1935	-0.1524	0.0634	0.0341	0.0119	-0.0069	0.0848	0.0133	0.0338	-4.6374	42.5276	53.6729
8	5.5945	-1.5127	1.9738	2.7892	-0.554	3.1317	0.1792	0.262	-0.4811	-0.0696	-0.1106	-0.1977	0.2336	0.3992	-0.0686	0.0229	0.0092	-0.0033	0.1383	-0.0106	0.1032	5.4107	33.6861	39.5236
9	0.1188	-0.2598	-0.4538	1.3242	2.5275	11.4093	-0.0597	0.0114	0.0105	0.034	0.0848	-0.0536	-0.3911	0.2883	-0.0252	0.0739	-0.0234	-0.0222	0.0609	0.0013	0.0438	1.7232	49.2953	55.105
10	2.5846	-0.9745	-0.892	6.3655	-0.7077	11.4114	-0.2362	0.0941	-0.3584	-0.1508	0.0083	-0.4387	0.466	0.321	0.2279	0.0427	0.0086	0.0544	0.1067	-0.0134	0.1226	7.7995	33.9265	53.5336
11	1.7842	-0.8975	0.3366	0.8735	0.8244	4.3907	-0.1385	0.0571	0.0431	-0.0293	-0.043	0.0643	-0.5032	-0.2198	0.1816	0.0967	0.0514	-0.0121	0.0464	0.0066	0.0473	-2.1727	42.4544	70.349
12	2.3268	0.056	-0.4904	1.1783	-0.2033	11.165	-0.0051	0.0914	0.0367	0.149	0.0069	-0.0165	-0.3068	0.1987	-0.0018	0.0286	-0.0164	-0.0062	0.0647	0.007	0.0308	8.689	44.5924	51.7021
13	1.4069	-0.2951	-1.1903	2.4164	3.5709	6.9587	0.0189	0.0693	0.0238	0.0209	-0.1031	0.0783	-0.0891	-0.1846	0.0842	0.0195	0.0162	-0.0049	0.0379	-0.0035	0.0316	4.5612	10.2521	56.0078
14	8.5973	-1.6125	1.6813	3.5833	0.0465	3.7373	0.2323	0.4493	-0.5139	-0.0405	-0.2178	-0.1354	0.4318	0.3406	-0.0145	0.0552	0.0556	0.0012	0.1284	-0.0377	0.0826	15.3332	-1.1389	43.0867
15	0.5789	-0.1935	-0.1125	0.6314	2.1279	8.1166	-0.0591	0.112	0.1463	-0.0269	0.0612	-0.0598	-0.2678	0.2239	-0.0021	0.0512	0.0038	-0.0191	0.0742	0.0003	0.0623	11.0575	15.5814	54.3565
16	4.8675	-0.0223	-3.007	5.1835	-0.8672	11.2199	-0.1756	0.1553	-0.2615	-0.0372	0.0046	-0.2102	0.3812	0.2754	0.171	0.0221	0.0152	0.0021	0.0352	-0.0147	0.0458	16.6584	1.2362	55.8568
17	2.1224	-0.8388	0.0689	1.4599	0.2684	1.1064	-0.097	-0.1079	-0.0019	0.1453	0.0747	0.0985	0.0043	-0.0975	0.0222	0.0678	0.0268	-0.0069	0.0329	0.0041	0.0269	7.5695	9.8929	72.4386
18	3.8928	-0.0889	0.3778	2.5869	-0.9297	11.3992	0.0158	0.2738	0.1874	0.1156	-0.094	-0.0582	-0.3233	0.0972	0.0783	0.014	0.0019	-0.0021	0.0458	0.0182	0.0459	17.9567	12.1036	52.6349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	322 - 343
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	344 - 354
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	355 - 384
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	322 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	341 - 355
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	356 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	322 - 341
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	342 - 359
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	360 - 384
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	322 - 330
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	331 - 366
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	367 - 384
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	322 - 341
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	342 - 354
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	355 - 383
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	322 - 330
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	331 - 369
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	370 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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