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- PDB-5tvf: Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvf
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodimer in complex with inhibitor CGP 40215
要素(S-adenosylmethionine decarboxylase ...) x 3
キーワードLYASE / AdoMetDC / CGP40215 / decarboxylase / allostery / pseudoenzyme / prozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / : / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CGQ / 1,4-DIAMINOBUTANE / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Phillips, M.A. / Volkov, O.A. / Chen, Z. / Tomchick, D.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R37AI034432 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI090599 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Relief of autoinhibition by conformational switch explains enzyme activation by a catalytically dead paralog.
著者: Volkov, O.A. / Kinch, L. / Ariagno, C. / Deng, X. / Zhong, S. / Grishin, N. / Tomchick, D.R. / Chen, Z. / Phillips, M.A.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
B: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
C: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
D: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
E: S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative
F: S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,90214
ポリマ－156,2806
非ポリマー1,6228
水4,684260
1
A: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
B: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
F: S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9517
ポリマ－78,1403
非ポリマー8114
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25500 Å2
手法PISA
2
C: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
D: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
E: S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9517
ポリマ－78,1403
非ポリマー8114
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12850 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.126, 96.306, 98.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
S-adenosylmethionine decarboxylase ... , 3種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain


分子量: 9754.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase
#2: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain


分子量: 32041.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase
#3: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme-like, putative


分子量: 36343.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.4470 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q587B3, adenosylmethionine decarboxylase

-
非ポリマー , 4種, 268分子

#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CGQ / 3-[C-[N'-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYLIDENIUM)-HYDRAZINO]-[[AMINOMETHYLIDENE]AMINIUM]-IMINOMETHYL]-BENZAMIDINIUM / CGP40215A / BIS[[3-(AMINOIMINOMETHYL)PHENYL]METHYLENE] CARBONIMIDIC DIHYDRAZIDE


分子量: 352.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N9
#6: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE


分子量: 88.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 17 % PEG 3350, 0.1 M BTP, pH 6.9, 0.3 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 57137 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2789 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TVM

5tvm


解像度: 2.42→32.376 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 1674 3 %Random selection
Rwork0.217 ---
obs0.2181 55801 98.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→32.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10224 0 114 260 10598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47614356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1616227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.49120.34071280.29714119X-RAY DIFFRACTION91
2.4912-2.57160.32031370.2814467X-RAY DIFFRACTION98
2.5716-2.66340.36181400.2724501X-RAY DIFFRACTION99
2.6634-2.770.28361400.25084526X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.8960.27911400.24654537X-RAY DIFFRACTION99
2.896-3.04860.28751400.24434526X-RAY DIFFRACTION100
3.0486-3.23940.27511410.23414538X-RAY DIFFRACTION100
3.2394-3.48930.25921410.21974559X-RAY DIFFRACTION100
3.4893-3.83990.26131410.19844555X-RAY DIFFRACTION100
3.8399-4.39440.23961410.18644571X-RAY DIFFRACTION100
4.3944-5.5320.18831420.17224593X-RAY DIFFRACTION100
5.532-32.37870.211430.20074635X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6371.4317-3.73775.8379-3.58043.348-0.09910.5028-0.2291-0.904-0.4134-0.44220.45280.19490.40150.38380.07130.06230.2738-0.01450.2089-27.640530.8356-13.2483
27.8276-1.29852.02455.39452.60242.19170.52150.53920.833-0.8257-0.40630.0042-0.66581.3465-0.11470.4350.06390.28190.41370.10190.4629-13.358530.9638-16.4981
33.0156-1.08650.4524.0782-1.04915.7636-0.212-0.2419-0.60930.21350.112-0.90940.68240.13430.10450.2046-0.0064-0.02820.30070.09150.5037-8.945117.315911.8347
45.59581.9337-0.10515.02081.79426.11120.0580.223-0.1091-0.31820.2195-1.47340.35590.7412-0.35960.09490.0628-0.04390.4430.07650.658-0.081421.96245.9586
52.43380.304-1.40132.1981-0.44620.9930.23380.09340.293-0.0840.0775-0.4591-0.30760.4339-0.21750.11660.00980.02990.31160.00820.41-9.50623.22885.9379
62.3619-0.9186-0.04673.6928-1.1133.6429-0.10260.0804-0.4391-0.024-0.2273-0.33290.2610.06120.28290.1447-0.05340.05170.196-0.0040.2685-17.480920.07642.3186
72.3333-0.98240.18578.6221-3.02042.81140.0295-0.0484-0.3253-0.27680.0957-0.00120.44610.0218-0.05540.1084-0.06370.01940.1846-0.01220.1618-27.528421.64142.7959
82.1404-0.43960.65871.97090.88341.16240.0227-0.04260.04410.0414-0.0615-0.3449-0.20030.28470.07570.1154-0.03720.03130.20010.02730.226-15.567934.05842.5528
93.73330.65761.32251.7802-0.58521.2824-0.12510.52170.5203-0.5909-0.2147-0.9949-0.25180.79420.13390.2105-0.08680.11710.54560.12440.92215.450334.0457-2.7205
101.7233-0.5850.02643.0329-0.16820.0054-0.02590.39780.69930.1357-0.0872-1.15010.12250.37060.28650.1079-0.09910.11820.44030.11610.4839-4.931934.0684-0.373
113.18220.1692-0.15851.2270.45832.3252-0.0814-0.23270.58940.20440.0285-0.4884-0.40370.234-0.00250.2245-0.0517-0.05480.1918-0.02990.4227-17.131244.02186.3092
127.352-0.64162.74253.1663-3.85617.5934-0.1404-0.22310.19550.5866-0.21920.0759-1.0436-0.15080.37510.3461-0.0433-0.03820.2508-0.04690.1491-24.30418.6437-31.4324
137.1194-2.4013-0.55144.81-2.89042.40590.3269-0.9829-0.44960.7363-0.5558-0.58921.0952-0.25690.14050.8216-0.2009-0.25690.4198-0.01440.2273-16.74853.2064-19.4699
144.2705-0.3576-1.1644.2816-0.83743.9278-0.1556-0.8125-0.00480.6936-0.21-0.28730.35021.02150.22540.2529-0.0215-0.12590.32530.07390.326-6.477911.2868-31.8573
151.32240.4188-1.50682.13151.16633.0463-0.0730.66840.2155-0.8372-0.0758-0.996-0.54420.0894-0.15060.5602-0.2340.14770.97170.43280.60455.921922.6914-58.6814
163.632-2.724-0.72122.7129-1.53077.5401-0.505-0.37060.52410.62710.1394-1.2377-1.13950.630.01640.4413-0.1344-0.1160.29930.18140.93756.432824.7998-41.2228
173.3827-0.30883.12525.34041.65095.957-0.1237-0.370.49530.25290.0277-0.7861-0.70640.41520.04110.2296-0.0393-0.15360.46620.13950.60319.359816.4746-37.5784
182.44080.62250.5042.7563-1.2774.8504-0.0531-0.2818-0.11680.2307-0.2963-0.53110.05931.04940.35240.2479-0.0196-0.08320.31780.13950.38240.719615.3953-41.2151
192.6580.66980.55463.5671-0.83961.6972-0.15120.1960.3939-0.0647-0.0736-0.1946-0.34330.08530.16820.33140.024-0.0550.23420.05920.229-11.128518.0959-42.48
202.4638-0.28560.48181.920.91962.3403-0.08510.41490.2605-0.5876-0.1374-0.42440.19210.62330.20830.44080.02790.0240.33360.09180.2346-10.55429.7186-50.0377
212.96210.37841.09881.7556-0.37122.27650.1606-0.1792-0.4140.3256-0.176-0.60040.13090.47210.0870.30740.0491-0.11060.37030.18760.46885.60922.8888-30.214
223.4114-0.60790.97913.254-0.58442.18420.1380.5212-0.6183-0.4843-0.225-0.70780.73190.49640.05190.35370.12030.03420.3624-0.01040.5088-2.8481-5.9646-45.3441
233.21930.4572-0.58610.99261.20791.9044-0.0620.168-0.49550.02090.0372-0.49150.3264-0.1563-0.09840.23280.0308-0.04460.21890.04090.2535-12.7197-3.8924-44.7016
242.7462.39372.24112.11691.93561.77270.0742-0.36630.66370.479-0.36980.4005-0.4431-0.18990.27450.5929-0.04910.04990.4176-0.08040.388-28.543714.6842-26.684
252.2781-0.1008-0.10193.5998-0.52281.99390.0851-0.1293-0.0564-0.4734-0.13760.29210.2211-0.3243-0.03330.2522-0.0074-0.07690.2158-0.07820.218-41.5961-10.2215-43.1361
264.24330.99521.76235.4568-0.77163.8820.0809-0.0405-0.2287-0.23150.37790.7204-0.1942-0.6558-0.26270.2298-0.0578-0.01030.4376-0.05110.4949-52.9966-4.1679-43.5103
272.96411.2644-0.01295.172-0.74081.75620.08010.10.1570.1237-0.22590.67720.0049-0.15180.14820.25030.0206-0.01230.2235-0.07360.2574-45.0822-4.9335-43.1697
283.22461.6994-0.65892.6038-0.40062.34630.03510.120.4020.15820.02060.2007-0.2905-0.0677-0.05750.27390.0161-0.02580.1709-0.03410.1613-31.45533.1115-40.8158
293.99410.9553-0.01112.5171-0.55145.32640.35450.0206-0.9054-0.5972-0.06470.23211.18210.1457-0.30160.3638-0.0245-0.07130.2848-0.02780.3056-30.4046-13.2386-47.1373
306.82760.7354-0.18978.3768-15.3926-0.1680.36420.2793-0.01760.07620.14440.1822-0.27290.08260.3852-0.0031-0.09550.3366-0.00990.1802-40.8821-3.5558-58.705
312.2668-0.86960.94663.2942-0.58713.0715-0.35980.64790.0138-1.27880.0403-0.550.75920.0840.13880.728-0.04640.01690.4259-0.03420.1766-29.5283-2.4807-62.29
322.3906-0.20360.78393.0611-2.00164.4862-0.1170.66710.0662-0.51720.1950.1349-0.240.1849-0.02140.37880.0108-0.00280.37960.02040.1475-23.0645-0.0307-55.6688
332.8751-3.1-0.3683.96311.36361.27620.00530.2303-0.333-0.7851-0.31760.23210.13910.45260.35910.5950.06930.02920.4502-0.00850.3471-30.368824.1665-19.0963
343.05080.06060.49653.8067-0.90081.60250.13610.19980.1255-0.54390.00130.43480.1903-0.2191-0.09360.1675-0.036-0.02890.2583-0.01110.1704-54.159145.8961-11.4591
352.797-0.68230.2865.3691-1.50612.6950.05210.0404-0.0539-0.366-0.00890.41790.2138-0.1266-0.03420.1784-0.0255-0.02980.1713-0.01650.1642-52.033843.7162-10.6558
362.3646-1.48260.54442.6888-0.44841.66550.1269-0.0445-0.3314-0.3723-0.05960.27210.3165-0.0693-0.04750.1883-0.0141-0.00390.1387-0.01270.1499-38.657335.6148-7.397
372.42540.1034-1.26111.1411-0.44423.68970.3036-0.03090.74910.5641-0.02120.3213-0.8597-0.1631-0.23670.23770.02950.04760.15420.02090.3883-40.166252.186-1.1891
383.9167-0.47750.49342.9126-2.28557.4362-0.243-0.524-0.33970.59570.16310.4242-0.2987-0.440.05180.27680.02920.1260.32190.01850.2545-53.708942.43057.8788
392.1223-0.4509-1.54921.3662-2.1986.10010.0809-0.34780.20361.16110.11140.1892-0.73360.0046-0.04770.38950.03510.02970.2849-0.010.1729-41.918441.455611.6221
405.22052.5049-2.00935.2998-2.17214.5959-0.0355-0.60750.07280.42730.16660.12240.0260.0977-0.07590.20250.01590.01610.1862-0.00370.1107-36.580639.43739.1677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 85 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 87 through 104 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 105 through 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 146 through 166 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 167 through 207 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 208 through 247 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 248 through 276 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 277 through 356 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 5 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 19 through 23 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 24 through 38 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 39 through 48 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 49 through 65 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 66 through 85 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 87 through 104 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 105 through 166 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 167 through 189 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 190 through 276 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 277 through 330 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 331 through 356 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 4 through 35 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 36 through 55 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 56 through 76 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 77 through 119 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 120 through 181 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 182 through 203 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 204 through 258 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 259 through 299 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 300 through 325 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 4 through 35 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 36 through 76 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 77 through 119 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 120 through 181 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 182 through 203 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 204 through 270 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 271 through 299 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 300 through 324 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る