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Yorodumi- PDB-5tvf: Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5tvf | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodimer in complex with inhibitor CGP 40215 | |||||||||
Components | (S-adenosylmethionine decarboxylase ...) x 3 | |||||||||
Keywords | LYASE / AdoMetDC / CGP40215 / decarboxylase / allostery / pseudoenzyme / prozyme | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationspermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / lyase activity / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.42 Å | |||||||||
Authors | Phillips, M.A. / Volkov, O.A. / Chen, Z. / Tomchick, D.R. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2016Title: Relief of autoinhibition by conformational switch explains enzyme activation by a catalytically dead paralog. Authors: Volkov, O.A. / Kinch, L. / Ariagno, C. / Deng, X. / Zhong, S. / Grishin, N. / Tomchick, D.R. / Chen, Z. / Phillips, M.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5tvf.cif.gz | 746.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5tvf.ent.gz | 633.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5tvf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5tvf_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5tvf_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5tvf_validation.xml.gz | 48.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5tvf_validation.cif.gz | 66.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5tvmSC ![]() 5tvoC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-S-adenosylmethionine decarboxylase ... , 3 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 9754.132 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase #2: Protein | Mass: 32041.992 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase #3: Protein | Mass: 36343.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4470 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q587B3, adenosylmethionine decarboxylase |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 268 molecules 






| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PUT / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | POSTTRANSL |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % / Description: plate |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 / Details: 17 % PEG 3350, 0.1 M BTP, pH 6.9, 0.3 M NaCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97934 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2015 |
| Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.42→50 Å / Num. obs: 57137 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.42→2.46 Å / Redundancy: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2789 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 98.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5TVM Resolution: 2.42→32.376 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.79 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.42→32.376 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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