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万見
- PDB-5tv0: crystal structure and light induced structural changes in orange ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tv0
タイトルcrystal structure and light induced structural changes in orange carotenoid protein bound with 3 'OH echinenone
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードCarotenoid binding protein / Photoprotection / photoreceptor / Dynamic crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
orange carotenoid protein, domain 2 / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily ...orange carotenoid protein, domain 2 / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.648 Å
データ登録者Yang, X. / Bandara, S. / Ren, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY024363 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Photoactivation mechanism of a carotenoid-based photoreceptor.
著者: Bandara, S. / Ren, Z. / Lu, L. / Zeng, X. / Shin, H. / Zhao, K.H. / Yang, X.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1723
ポリマ－35,5131
非ポリマー6592
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.720, 82.720, 88.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein / OCP


分子量: 35513.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 参照: UniProt: P74102
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone / 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 4.5), 16% PEG 8000, 2% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41139 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 25.06
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2 % / Num. measured obs: 1933 / Rpim(I) all: 0.039 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MG1

3mg1


解像度: 1.648→41.36 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 2075 5.04 %
Rwork0.1752 --
obs0.1764 41133 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.648→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 48 199 2589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.823365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8921482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6481-1.68640.31031110.26132432X-RAY DIFFRACTION91
1.6864-1.72860.26281430.22842539X-RAY DIFFRACTION96
1.7286-1.77530.21231500.21042620X-RAY DIFFRACTION99
1.7753-1.82760.24971300.20182637X-RAY DIFFRACTION99
1.8276-1.88650.21151770.18682609X-RAY DIFFRACTION99
1.8865-1.9540.20121560.17272593X-RAY DIFFRACTION98
1.954-2.03220.18721220.16352632X-RAY DIFFRACTION99
2.0322-2.12470.19431210.1652676X-RAY DIFFRACTION98
2.1247-2.23670.19271510.16962624X-RAY DIFFRACTION98
2.2367-2.37680.18931590.17662588X-RAY DIFFRACTION98
2.3768-2.56030.19021420.17922623X-RAY DIFFRACTION98
2.5603-2.81790.24551240.18252622X-RAY DIFFRACTION97
2.8179-3.22550.21051230.1842628X-RAY DIFFRACTION96
3.2255-4.06330.17541260.16352622X-RAY DIFFRACTION95
4.0633-41.3730.18351400.16062613X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41980.0437-0.04720.28170.00950.4006-0.0886-0.0195-0.0945-0.0540.03280.02540.022-0.15090.0280.2311-0.029-0.00630.2705-0.00160.2242-18.1626-16.1305-13.5594
21.163-0.0998-0.35880.70070.14351.1135-0.10890.0147-0.0825-0.09970.05440.07190.0827-0.2260.04230.1607-0.0135-0.02680.16590.01220.1584-17.9016-15.321-13.9668
31.0139-0.5518-1.12621.09680.93782.0234-0.0706-0.13620.0535-0.02540.0792-0.0174-0.1031-0.04160.00150.14360.0014-0.02440.2572-0.03780.1826-20.674-11.4998-12.5896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 501:699 )A501 - 699
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 2:312 )A2 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 402:402 )A402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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