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- PDB-5ttz: Crystal structure of Grp94 bound to isoform-selective inhibitor m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ttz
タイトルCrystal structure of Grp94 bound to isoform-selective inhibitor methyl 2-(2-(1-(4-bromobenzyl)-1H-imidazol-2-yl)ethyl)-3-chloro-4,6-dihydroxybenzoate
要素Endoplasmin
キーワードCHAPERONE / INHIBITOR / BnIm Scaffold / ATP Binding Site / CHAPERONE - INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / melanosome ...Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / response to heat / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7KY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Endoplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.707 Å
データ登録者Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY021205 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Isoform-selective Hsp90 inhibition rescues model of hereditary open-angle glaucoma.
著者: Stothert, A.R. / Suntharalingam, A. / Tang, X. / Crowley, V.M. / Mishra, S.J. / Webster, J.M. / Nordhues, B.A. / Huard, D.J.E. / Passaglia, C.L. / Lieberman, R.L. / Blagg, B.S.J. / Blair, L.J. ...著者: Stothert, A.R. / Suntharalingam, A. / Tang, X. / Crowley, V.M. / Mishra, S.J. / Webster, J.M. / Nordhues, B.A. / Huard, D.J.E. / Passaglia, C.L. / Lieberman, R.L. / Blagg, B.S.J. / Blair, L.J. / Koren, J. / Dickey, C.A.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmin
B: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1128
ポリマ－52,3752
非ポリマー1,7366
水66737
1
A: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7593
ポリマ－26,1881
非ポリマー5722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3525
ポリマ－26,1881
非ポリマー1,1654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.237, 84.420, 95.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1


分子量: 26187.615 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 69-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41148

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非ポリマー , 6種, 43分子

#2: 化合物 ChemComp-7KY / methyl 2-(2-{1-[(4-bromophenyl)methyl]-1H-imidazol-2-yl}ethyl)-3-chloro-4,6-dihydroxybenzoate


分子量: 465.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18BrClN2O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 30 mg/mL in 0.1 M Tris pH 7.5 was mixed 1:1 with mother liquor comprised of 35% PEG400, 0.1 M Tris pH 7.5, and 80 mM MgCl2. Crystals were harvested and soaked in mother liquor ...詳細: Protein at 30 mg/mL in 0.1 M Tris pH 7.5 was mixed 1:1 with mother liquor comprised of 35% PEG400, 0.1 M Tris pH 7.5, and 80 mM MgCl2. Crystals were harvested and soaked in mother liquor containing 20 mM inhibitor. A layer of glycerol was then added through which crystals were harvested and cryo-cooled in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.707→47.74 Å / Num. obs: 217928 / % possible obs: 97.71 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 22.11
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.663

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GFD

2gfd


解像度: 2.707→47.736 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 1453 10 %
Rwork0.1992 --
obs0.2076 14528 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.707→47.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 110 37 3454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2724648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5881260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7069-2.80370.37171210.26931101X-RAY DIFFRACTION83
2.8037-2.91590.37771370.26241227X-RAY DIFFRACTION94
2.9159-3.04860.32711450.23331301X-RAY DIFFRACTION98
3.0486-3.20930.32061450.21671307X-RAY DIFFRACTION100
3.2093-3.41030.29581480.18591336X-RAY DIFFRACTION100
3.4103-3.67350.25281490.191337X-RAY DIFFRACTION100
3.6735-4.0430.28871470.17921323X-RAY DIFFRACTION100
4.043-4.62760.27161500.15991353X-RAY DIFFRACTION100
4.6276-5.82870.25821510.18751356X-RAY DIFFRACTION100
5.8287-47.74390.25961600.22241434X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88410.89451.53872.17950.58773.83170.14820.0202-0.02350.0922-0.15020.0130.1951-0.12410.03360.21450.04930.06160.2937-0.03610.3515-121.7322120.510941.0608
22.04880.21851.08883.7311-0.40212.86250.16650.0776-0.2042-0.0935-0.0752-0.11920.35920.3793-0.07260.2278-0.00590.00950.3559-0.07260.3903-124.2626116.599441.5478
33.39270.49791.41781.8464-0.22462.9970.10770.17420.0077-0.04260.0180.02190.1290.0767-0.15680.25420.07110.05710.3053-0.0260.3584-121.2098160.973944.0482
42.9803-0.20571.2973.1975-0.69642.88830.01590.0926-0.0438-0.2396-0.0522-0.17310.23810.25780.05260.22280.03080.01990.329-0.06410.3308-124.0572159.240944.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 74:160)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 161:337)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 74:144)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 145:337)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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