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- PDB-5ttw: Crystal Structure of EED in Complex with UNC4859 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ttw
タイトルCrystal Structure of EED in Complex with UNC4859
要素
  • Polycomb protein EED
  • UNC4859
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/INHIBITOR / WD40 / EED peptide inhibitor / TRANSCRIPTION REGULATOR-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / pronucleus / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / : ...regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / pronucleus / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / oligodendrocyte differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / enzyme activator activity / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / heterochromatin formation / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者The, J. / Barnash, K.D. / Brown, P.J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Frye, S.V. / James, L.I. / Arrowsmith, C.H.
引用ジャーナル: ACS Comb Sci / 年: 2017
タイトル: Discovery of Peptidomimetic Ligands of EED as Allosteric Inhibitors of PRC2.
著者: Barnash, K.D. / The, J. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Worley, B.M. / Li, F. / Stuckey, J.I. / Brown, P.J. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Frye, S.V. / James, L.I.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: UNC4859
C: Polycomb protein EED
D: UNC4859
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,17028
ポリマ－85,9784
非ポリマー19224
水10,683593
1
A: Polycomb protein EED
B: UNC4859
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08514
ポリマ－42,9892
非ポリマー9612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
2
C: Polycomb protein EED
D: UNC4859
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08514
ポリマ－42,9892
非ポリマー9612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.486, 56.212, 76.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus RIL / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド UNC4859


分子量: 632.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized to mimic the JARID2 peptide ligand of EED
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 22 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5
Temp details: set up at room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日 / 詳細: bent cylinders mirrors
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→85.1 Å / Num. obs: 74365 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 274004 / Scaling rejects: 0
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.74-1.773.41.4750.282195.6
9.04-85.13.50.0340.998199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3K26

3k26


解像度: 1.74→85.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.3 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Molecular replacement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 3762 5.1 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.1693 70602 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.09 Å2 / Biso mean: 22.301 Å2 / Biso min: 7.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.43 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→85.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5808 0 32 593 6433
Biso mean--29.56 33 -
残基数----733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.9288589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.056313127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1555794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80123.645299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.712151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2521540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1752.0793100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1752.0793101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1383.0933923
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 266 -
Rwork0.336 5054 -
all-5320 -
obs--97.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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