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- PDB-5ttb: Solution structure of apo ArCP from yersiniabactin synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ttb
タイトルSolution structure of apo ArCP from yersiniabactin synthetase
要素Siderophore yersiniabactin
キーワードLIGASE / apo carrier protein / nonribosomal peptide synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Condensation domain / Condensation domain / ACP-like / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. ...Condensation domain / Condensation domain / ACP-like / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Siderophore yersiniabactin
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Frueh, D.P. / Goodrich, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104257 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Molecular impact of covalent modifications on nonribosomal peptide synthetase carrier protein communication.
著者: Goodrich, A.C. / Meyers, D.J. / Frueh, D.P.
履歴
登録2016年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore yersiniabactin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7711
ポリマ－9,7711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4520 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest CYANA target function
代表モデルモデル #1lowest energy structure

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要素

#1: タンパク質 Siderophore yersiniabactin


分子量: 9771.064 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 14-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: irp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2UWU4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
233isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D 1H-15N NOESY
253isotropic13D 1H-13C NOESY
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D HNCA
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D H(CCCO)NH
1102isotropic13D HN(CA)CO
2113isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
2123isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.25 mM [U-99% 15N] apo-ArCP, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] apo-ArCP, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution30.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] apo-ArCP, 100% D2O15N_13C_d2o_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMapo-ArCP[U-99% 15N]1
0.25 mMapo-ArCP[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.25 mMapo-ArCP[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細Ionic strength unitsLabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1150 mM NaCl 1 mM MgCl2 0.5 mM TCEP 50 mM ACES 90% H2O/10% D2ONot definedH2O_Buffer6.81 atm298 K
2150 mM NaCl 1 mM MgCl2 0.5 mM TCEP 50 mM ACES 100% D2ONot definedD2O_Buffer6.4 pD1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest CYANA target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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