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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tt6 | ||||||
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タイトル | T4 RNA Ligase 1 (K99M) | ||||||
要素 | T4 RNA ligase 1 | ||||||
キーワード | LIGASE / metal catalysis / covalent nucleotidyltransferase / lysyl-AMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail fiber assembly / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / RNA repair / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.187 Å | ||||||
データ登録者 | Goldgur, Y. / Unciuleac, M.-C. / Shuman, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Two-metal versus one-metal mechanisms of lysine adenylylation by ATP-dependent and NAD(+)-dependent polynucleotide ligases. 著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tt6.cif.gz | 175.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tt6.ent.gz | 136.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tt6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tt6_validation.pdf.gz | 784.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tt6_full_validation.pdf.gz | 789.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tt6_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tt6_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46040.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00971, RNA ligase (ATP) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 16% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19235 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1310 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 69.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2C5U 解像度: 2.187→48.507 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.187→48.507 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.9946 Å / Origin y: 13.0258 Å / Origin z: 24.33 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |