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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tsz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium vivax CelTOS | ||||||
![]() | Pv cell-traversal protein | ||||||
![]() | CELL INVASION / membrane disruption / pore / malaria / traversal | ||||||
機能・相同性 | Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell traversal protein of ookinetes and sporozoites![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tolia, N.H. / Jimah, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Malaria parasite CelTOS targets the inner leaflet of cell membranes for pore-dependent disruption. 著者: Jimah, J.R. / Salinas, N.D. / Sala-Rabanal, M. / Jones, N.G. / Sibley, L.D. / Nichols, C.G. / Schlesinger, P.H. / Tolia, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18687.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pvCelTOS / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.6 M Ammonium dihydrogen phosphate, 0.08 M Tris pH 8.5 and 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年9月18日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 18263 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.86 |
反射 シェル | 最高解像度: 3 Å / Rsym value: 0.899 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.002→19.762 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.002→19.762 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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