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- PDB-5tsy: Structure of the glycoside hydrolase domain of PelA variant E218A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tsy
タイトルStructure of the glycoside hydrolase domain of PelA variant E218A from Pseudomonas aeruginosa
要素PelA
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


deacetylase activity / extracellular polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP029570 / Hypothetical protein TM1410-related / Glycoside-hydrolase family GH114, TIM-barrel domain / Glycoside-hydrolase family GH114 / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Baker, P. / Pfoh, R. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)43998 カナダ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microbial glycoside hydrolases display cross-kingdom activity against bacterial and fungal biofilms
著者: Snarr, B.D. / Baker, P. / Bamford, N.C. / Sato, Y. / Alnabelseya, N. / Lui, H. / Gravelad, F.N. / Ostapska, H. / Baistrocchi, S.R. / Cerone, R.P. / Robinson, H. / Filler, S.G. / Howell, P.L. / Sheppard, D.C.
#1: ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Exopolysaccharide biosynthetic glycoside hydrolases can be utilized to disrupt and prevent Pseudomonas aeruginosa biofilms.
著者: Baker, P. / Hill, P.J. / Snarr, B.D. / Alnabelseya, N. / Pestrak, M.J. / Lee, M.J. / Jennings, L.K. / Tam, J. / Melnyk, R.A. / Parsek, M.R. / Sheppard, D.C. / Wozniak, D.J. / Howell, P.L.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PelA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5171
ポリマ－30,5171
非ポリマー00
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.421, 84.098, 47.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-582-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PelA


分子量: 30517.219 Da / 分子数: 1 / 変異: E218A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pelA, PA3064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZE4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5 and 30% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21165 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. measured obs: 2946 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TCB

5tcb


解像度: 1.9→19.359 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1066 5.05 %
Rwork0.1839 --
obs0.1861 21127 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 0 201 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8362725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.98640.29191220.22092464X-RAY DIFFRACTION100
1.9864-2.0910.23341350.20422450X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.22180.25911340.19452483X-RAY DIFFRACTION100
2.2218-2.39310.221420.18992471X-RAY DIFFRACTION100
2.3931-2.63340.27471230.1962498X-RAY DIFFRACTION100
2.6334-3.01320.25031300.19492514X-RAY DIFFRACTION100
3.0132-3.79170.22691350.17272527X-RAY DIFFRACTION100
3.7917-19.35950.1861450.15752654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0947-0.78150.8391.52690.3523.1150.09410.0352-0.1529-0.1402-0.00490.06640.14370.0566-0.0590.04890.0037-0.00680.05830.00220.095746.314318.6394-1.2644
25.38461.9424-0.52885.91730.55175.235-0.1283-0.3286-0.3530.263-0.10970.69590.4593-0.67880.14960.1881-0.01610.01180.21080.01560.188144.777215.646125.145
30.8658-0.649-1.41690.90730.58623.2287-0.0368-0.0502-0.0620.04610.02950.040.08830.00380.02110.0255-0.0185-0.01710.09670.00090.10452.746217.216115.3864
42.8939-0.5782-2.7361.42261.66253.67050.1987-0.13690.0940.00340.1561-0.2163-0.06190.3796-0.19470.08180.0134-0.01480.1885-0.0090.088958.951223.583523.0022
51.5057-0.31990.81292.38310.11451.6916-0.1788-0.2050.260.1410.09840.0393-0.2981-0.02040.04830.1243-0.01430.00390.0986-0.01440.102449.279833.852512.5156
62.80920.01960.55341.73680.08951.5007-0.1334-0.10250.1972-0.11920.01250.0477-0.2858-0.17210.07510.10590.0202-0.01460.0696-0.01170.098240.624933.95480.9636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 135 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 169 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 170 through 190 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 251 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 252 through 300 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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