PDB-5tsq: Crystal structure of IUnH from Leishmania braziliensis in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tsq

タイトル

Crystal structure of IUnH from Leishmania braziliensis in complex with D-Ribose

要素

IUnH

キーワード

HYDROLASE / IUnH / Leishmania braziliensis / D-Ribose

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania braziliensis braziliensis (ブラジルリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Bachega, J.F.R. / Timmers, L.F.S.M. / Dalberto, P.F. / Martinelli, L. / Pinto, A.F.M. / Basso, L.A. / Norberto de Souza, O. / Santos, D.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of IUnH from Leishmania braziliensis in complex with D-Ribose
著者: Bachega, J.F.R. / Timmers, L.F.S.M. / Dalberto, P.F. / Martinelli, L. / Pinto, A.F.M. / Basso, L.A. / Norberto de Souza, O. / Santos, D.S.

履歴

登録	2016年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tsq.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tsq.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ezrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mas-1 6n0b-d 3t8j-1 2mas-d 3bpf-d 5mj7-1 5i2c-d 4i04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IUnH

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IUnH

ヘテロ分子

A: IUnH

ヘテロ分子

A: IUnH

ヘテロ分子

A: IUnH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.660, 94.080, 123.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- HOH
2	1	A-564- HOH
3	1	A-702- HOH

#1: タンパク質

IUnH

分子量: 34248.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania braziliensis braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
遺伝子: LBRM_18_1610 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4H9Q9, purine nucleosidase

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-BDR / beta-D-ribofuranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / BETA-D-RIBOFURANOSYL / β-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5 and 45% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→74.754 Å / Num. obs: 64501 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 4.421 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.53-1.61	2.3	0.431	0.7	1	90.8
1.61-1.71	3.2	0.305	1	1	99.3
1.71-1.83	3.7	0.229	1.4	1	99.7
1.83-1.98	4.6	0.149	3	1	100
1.98-2.16	5.1	0.164	2.9	1	99.9
2.16-2.42	5.2	0.144	3.6	1	100
2.42-2.79	5.2	0.129	4.4	1	100
2.79-3.42	5.3	0.098	6.3	1	100
3.42-4.84	5.5	0.047	10.9	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.547

	最高解像度	最低解像度
Rotation	21.66 Å	1.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP	11.2.08	位相決定
PHENIX	1.11rc2_2531	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOSFLM	7.1.1	データ削減
MOLREP	11.2.08	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EZR

1ezr

解像度: 1.53→21.655 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1685	3226	5.03 %
R_work	0.1534	-	-
obs	0.1542	64118	97.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.82 Å² / B_iso mean: 24.5624 Å² / B_iso min: 8.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.53→21.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2398	0	11	278	2687
B_iso mean	-	-	19.36	38.51	-
残基数	-	-	-	-	312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	3395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.71	2085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.5528	0.288	114	0.2719	2144	X-RAY DIFFRACTION	80
1.5528-1.5771	0.2635	116	0.2603	2339	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5771-1.6029	0.2502	132	0.238	2602	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6029-1.6306	0.2205	159	0.2148	2580	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6306-1.6602	0.2201	144	0.2019	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6602-1.6921	0.1842	127	0.1865	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6921-1.7267	0.2243	145	0.1897	2605	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7267-1.7642	0.1853	152	0.1745	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7642-1.8052	0.1518	140	0.1569	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8052-1.8503	0.2159	114	0.1506	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8503-1.9003	0.153	141	0.1505	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9003-1.9562	0.1948	140	0.1564	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9562-2.0193	0.1395	128	0.1421	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0193-2.0914	0.1491	140	0.1479	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0914-2.1751	0.1688	140	0.1443	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.274	0.1706	157	0.1439	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3937	0.1608	151	0.1458	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5435	0.1938	141	0.1527	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5435-2.7395	0.1892	155	0.1478	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7395-3.0145	0.1406	145	0.1395	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0145-3.4492	0.1333	166	0.1382	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4492-4.3399	0.1396	154	0.1262	2755	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.773	-0.1201	0.474	2.1816	-0.4615	2.1367	0.0201	-0.1124	-0.1602	0.1627	0.0159	-0.1112	0.3416	0.1336	-0.0085	0.22	0.0368	-0.0445	0.1458	0.026	0.1253	9.2658	18.5909	19.3089
2	1.4407	-0.3974	0.3365	1.8613	-0.2258	1.7565	0.0559	-0.0197	-0.1557	0.0482	-0.0397	-0.251	0.3674	0.2391	-0.0295	0.2076	0.048	-0.0383	0.144	0.0137	0.1359	8.4994	18.7098	12.3121
3	0.6815	-0.2257	0.1141	1.1849	-0.1883	1.3419	-0.0232	-0.1096	-0.0483	0.1247	0.0379	-0.0384	0.0818	-0.0275	-0.0356	0.1265	0.0005	-0.0175	0.1225	0.0196	0.0732	1.9521	29.5563	17.9416
4	2.1179	-0.8368	0.0744	2.9305	-0.2902	1.5824	-0.0055	-0.1101	0.2762	0.1534	-0.0468	-0.4982	-0.1226	0.4235	0.3332	0.2934	0.0472	-0.1469	0.3528	0.0303	0.2555	20.3847	29.0456	27.0063
5	0.7969	-0.2386	0.275	1.8172	-0.7036	1.4688	-0.0156	-0.231	-0.053	0.2904	0.0852	0.0547	0.023	-0.1049	-0.0341	0.1848	0.003	-0.0001	0.173	0.0127	0.0755	-0.4138	32.7068	24.62

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 56 )	A	2 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 129 )	A	57 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 212 )	A	130 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 233 )	A	213 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 234 through 313 )	A	234 - 313

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