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- PDB-5ts9: Crystal structure of Chorismate mutase from Burkholderia phymatum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ts9
タイトルCrystal structure of Chorismate mutase from Burkholderia phymatum
要素Chorismate mutase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Chorismate mutase / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, periplasmic / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II ...Chorismate mutase, periplasmic / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of chorismate mutase from Burkholderia phymatum.
著者: Asojo, O.A. / Subramanian, S. / Abendroth, J. / Exley, I. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Myler, P.J.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate mutase
B: Chorismate mutase
C: Chorismate mutase
D: Chorismate mutase
E: Chorismate mutase
F: Chorismate mutase
G: Chorismate mutase
H: Chorismate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4018
ポリマ－150,4018
非ポリマー00
水23,1311284
1
A: Chorismate mutase
B: Chorismate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6002
ポリマ－37,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14430 Å2
2
C: Chorismate mutase
D: Chorismate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6002
ポリマ－37,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14420 Å2
3
E: Chorismate mutase
F: Chorismate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6002
ポリマ－37,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14610 Å2
4
G: Chorismate mutase
H: Chorismate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6002
ポリマ－37,6002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14480 Å2
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13050 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area53270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.590, 151.120, 73.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Chorismate mutase


分子量: 18800.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア)
株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: Bphy_7813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JYH9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / Mosaicity: 0.206 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Microlytic MCSG 1 screen D5: 200mM Ammonium formate pH 6.6, 20% PEG 3350; BuphA.00160.b.B2.PS37873 at 22.4mg/ml; cryo: 10% EG; tray 272085d5, puck LQB7-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 98259 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.25 % / Biso Wilson estimate: 17.66 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.95-20.5193.010.808199.7
2-2.060.3993.880.896199.5
2.06-2.120.354.340.906199.7
2.12-2.180.2785.320.933199.7
2.18-2.250.2096.740.963199.8
2.25-2.330.1847.660.967199.8
2.33-2.420.1568.610.979199.8
2.42-2.520.13110.080.982199.7
2.52-2.630.11811.150.985199.8
2.63-2.760.10312.40.989199.9
2.76-2.910.09313.640.99199.6
2.91-3.080.08314.840.993199.7
3.08-3.30.07217.040.994199.8
3.3-3.560.05920.430.995199.6
3.56-3.90.05122.820.996199.8
3.9-4.360.04625.190.997199.7
4.36-5.030.04525.360.9961100
5.03-6.170.0522.960.997199.9
6.17-8.720.04525.910.997199.7
8.720.03928.910.997198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4oj7, chain A

4oj7
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.95→47.879 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 2017 2.05 %0
Rwork0.1556 ---
obs0.1566 98234 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.52 Å2 / Biso mean: 21.5348 Å2 / Biso min: 4.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→47.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9644 0 0 1295 10939
Biso mean---30.59 -
残基数----1295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92314152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9166533
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.99880.26021320.199168426974100
1.9988-2.05280.2731690.186367896958100
2.0528-2.11320.25711410.186568767017100
2.1132-2.18150.21371290.165968887017100
2.1815-2.25940.2051510.149568547005100
2.2594-2.34990.18891250.149168716996100
2.3499-2.45680.24071240.153168897013100
2.4568-2.58630.2182980.148969207018100
2.5863-2.74840.19871690.155668537022100
2.7484-2.96060.2021350.165668787013100
2.9606-3.25840.21491800.171268437023100
3.2584-3.72980.20661510.149768947045100
3.7298-4.69850.17891440.128668857029100
4.6985-47.89370.17241690.15046935710499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5381-0.20750.36051.47820.5592.1338-0.04150.2156-0.0668-0.2658-0.0085-0.09630.0251-0.03330.02310.1752-0.01710.01860.1953-0.04230.129658.827445.814-2.0796
20.68020.3078-0.24620.98340.45180.9537-0.00180.0829-0.03510.0451-0.0025-0.0070.0154-0.07840.01680.10910.0058-0.00840.1184-0.00890.105251.397856.364615.8313
30.9365-0.1133-0.05870.817-0.10710.4072-0.03450.04120.0488-0.0421-0.0002-0.0671-0.05590.05210.04330.1138-0.0142-0.00390.1016-0.00530.134429.910750.525831.2238
41.9114-0.03210.25531.1009-0.35380.6492-0.0338-0.1817-0.0070.12470.0157-0.07420.0136-0.00720.01790.11880.00110.00340.0989-0.01580.108525.204533.596744.4871
51.0665-0.0593-0.25120.89080.1850.4726-0.0382-0.10120.02960.11020.050.0538-0.01420.0058-0.00510.11240.0050.00440.10740.00740.11954.789516.866544.1908
61.0148-0.3776-0.14220.85820.25130.6356-0.01760.0612-0.0449-0.0575-0.01010.0860.0719-0.06250.03640.1157-0.0221-0.00450.11380.00240.13640.24090.164730.7643
70.91940.2953-0.08960.9661-0.31360.8325-0.04270.0494-0.00990.01510.02490.01270.01920.04210.02660.11460.002-0.00460.1110.00520.0957-21.3442-5.537915.3864
81.84960.2489-0.37641.1642-0.14340.96-0.08830.33570.124-0.2440.0740.0131-0.0668-0.070.01180.1857-0.0262-0.0170.19740.04250.1084-29.04945.2305-2.3875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 181 )A18 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 21 through 181)B21 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 20 through 180 )C20 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 20 through 180 )D20 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 20 through 180 )E20 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 19 through 181 )F19 - 181
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 21 through 181 )G21 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 19 through 181 )H19 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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