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Yorodumi- PDB-5ts9: Crystal structure of Chorismate mutase from Burkholderia phymatum -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ts9 | ||||||
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Title | Crystal structure of Chorismate mutase from Burkholderia phymatum | ||||||
Components | Chorismate mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / SSGCID / Chorismate mutase / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Paraburkholderia phymatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2018 Title: Crystal structure of chorismate mutase from Burkholderia phymatum. Authors: Asojo, O.A. / Subramanian, S. / Abendroth, J. / Exley, I. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ts9.cif.gz | 522.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ts9.ent.gz | 428.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ts9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5ts9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5ts9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4oj7 S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18800.152 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (bacteria) Strain: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / Gene: Bphy_7813 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B2JYH9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % / Mosaicity: 0.206 ° |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 Details: Microlytic MCSG 1 screen D5: 200mM Ammonium formate pH 6.6, 20% PEG 3350; BuphA.00160.b.B2.PS37873 at 22.4mg/ml; cryo: 10% EG; tray 272085d5, puck LQB7-3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond[111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 98259 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.25 % / Biso Wilson estimate: 17.66 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4oj7, chain A 4oj7 Resolution: 1.95→47.879 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.52 Å2 / Biso mean: 21.5348 Å2 / Biso min: 4.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→47.879 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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