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- PDB-5ts8: Z. MAYS CK2 KINASE ALPHA SUBUNIT IN COMPLEX WITH THE ATP-COMPETIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ts8
タイトルZ. MAYS CK2 KINASE ALPHA SUBUNIT IN COMPLEX WITH THE ATP-COMPETITIVE INHIBITOR 5,6-DIBROMOBENZOTRIAZOLE
要素Protein kinase CK2 catalytic subunit CK2 alpha-3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CK2 / CASEIN KINASE 2 / INHIBITOR / BROMO-BENZOTRIAZOLE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / HALOGEN BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity ...protein kinase CK2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6-DIBROMOBENZOTRIAZOLE / ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / FORMIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Casein kinase II subunit alpha / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Winiewska, M. / Kucinska, K. / Czapinska, H. / Piasecka, A. / Bochtler, M. / Poznanski, J.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
NCN2012/07/B/ST4/01334 ポーランド
European Union283570
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURAL AND THERMODYNAMIC ANALYSIS OF 5,6-DIBROMOBENZOTRIAZOLE BINDING TO CASEIN KINASE 2 ALPHA
著者: Winiewska, M. / Kucinska, K. / Czapinska, H. / Piasecka, A. / Bochtler, M. / Poznanski, J.
#1: ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2015
タイトル: Thermodynamics parameters for binding of halogenated benzotriazole inhibitors of human protein kinase CK2alpha.
著者: Winiewska, M. / Kucinska, K. / Makowska, M. / Poznanski, J. / Shugar, D.
#2: ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2015
タイトル: Thermodynamic parameters for binding of some halogenated inhibitors of human protein kinase CK2.
著者: Winiewska, M. / Makowska, M. / Maj, P. / Wielechowska, M. / Bretner, M. / Poznanski, J. / Shugar, D.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase CK2 catalytic subunit CK2 alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,49111
ポリマ－40,4361
非ポリマー1,05510
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.311, 59.726, 105.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein kinase CK2 catalytic subunit CK2 alpha-3


分子量: 40436.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FQF5, UniProt: P28523*PLUS

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非ポリマー , 9種, 463分子

#2: 化合物 ChemComp-7M0 / 5,6-DIBROMOBENZOTRIAZOLE / DIBROMO-2-BENZOTRIAZOLE / 5,6-ジブロモ-1H-ベンゾトリアゾ-ル


分子量: 276.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3Br2N3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ACTIVE FORM OF THE PROTEIN KINASE CK2 IS HETEROTETRAMERIC AND COMPOSED OF TWO ALPHA SUBUNITS ...THE ACTIVE FORM OF THE PROTEIN KINASE CK2 IS HETEROTETRAMERIC AND COMPOSED OF TWO ALPHA SUBUNITS AND TWO BETA SUBUNITS. THE CRYSTAL STRUCTURE COMPRISES ONE ALPHA SUBUNIT ONLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5 (1M Sodium HEPES; MOPS), 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20K; 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate ...詳細: pH 7.5 (1M Sodium HEPES; MOPS), 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20K; 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→51.96 Å / Num. obs: 60461 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.23 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.19
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 2.78 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
WARPモデル構築
REFMAC5.8.0103精密化
ARP/wARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RLK

4rlk


解像度: 1.45→51.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.551 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.065
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS HAS BEEN USED AND U VALUES GENERATED WITH TLS CONTRIBUTION ADDED. DIFFERENCE DENSITY NEXT TO THE OH OXYGEN ATOM OF TYR257 AND TYR26 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS HAS BEEN USED AND U VALUES GENERATED WITH TLS CONTRIBUTION ADDED. DIFFERENCE DENSITY NEXT TO THE OH OXYGEN ATOM OF TYR257 AND TYR26 MIGHT INDICATE THE X-RAY RADIATION INDUCED HYDROPEROXIDE FORMATION. THE COMPLICATED COMPOSITION OF THE CRYSTALLIZATION BUFFER PRECLUDED UNAMBIGUOUS IDENTIFICATION OF THE LIGANDS. IN SOME CASES MIXTURES OF DIFFERENT COMPOUNDS ARE POSSIBLE EG TARTRATE, OXAMATE, ACETATE (AND DMSO), IN OTHER CASES THE LIGAND IDENTITY COULD NOT BE GUESSED AND THE DIFFERENCE DENSITY COULD AT BEST BE MODELLED AS A SET OF DISORDERED WATER MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16945 2923 4.8 %RANDOM
Rwork0.14888 ---
obs0.14989 57482 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→51.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 0 60 453 3287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.9664729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9723.0017610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4255437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19924.034176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20615636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4181525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3171.8411607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3171.8411607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2092.7482082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2082.7522083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5322.0961853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5312.0961853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5893.0412645
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.96415.9544411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.48914.974156
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.449→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 183 -
Rwork0.337 3952 -
obs--92.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1582 Å / Origin y: 13.1883 Å / Origin z: 27.5611 Å
111213212223313233
T0.004 Å2-0.0032 Å2-0.0024 Å2-0.0086 Å2-0.0034 Å2--0.0082 Å2
L0.2781 °20.0317 °20.0458 °2-0.2046 °20.0765 °2--0.0403 °2
S0.0112 Å °-0.035 Å °0.0007 Å °-0.0086 Å °-0.0188 Å °0.0273 Å °-0.0056 Å °-0.006 Å °0.0076 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 338
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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