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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5trr
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis proteasome in complex with N,C-capped dipeptide PKS2169
要素
  • Proteasome subunit alpha
  • Proteasome subunit beta
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / N / C-capped dipeptides / Mycobacterium tuberculosis / proteasome inhibitors / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-diethyl-N~2~-(3-phenylpropanoyl)-L-asparaginyl-N-[(naphthalen-1-yl)methyl]-L-alaninamide / Chem-7HY / Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Hsu, H.-C. / Fan, H. / Singh, P.K. / Wang, R. / Sukenick, G. / Nathan, C. / Lin, G. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI070285 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Species-Selective Binding of N,C-Capped Dipeptides to the Mycobacterium tuberculosis Proteasome.
著者: Hsu, H.C. / Singh, P.K. / Fan, H. / Wang, R. / Sukenick, G. / Nathan, C. / Lin, G. / Li, H.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.version
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年8月12日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome subunit alpha
P: Proteasome subunit alpha
Q: Proteasome subunit alpha
R: Proteasome subunit alpha
S: Proteasome subunit alpha
T: Proteasome subunit alpha
U: Proteasome subunit alpha
V: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
X: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,87742
ポリマ－717,44728
非ポリマー7,42914
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area84940 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area217950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.297, 197.700, 165.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha / 20S proteasome alpha subunit / Proteasome core protein PrcA


分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 10-248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcA, MRA_2124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U4D5, UniProt: P9WHU1*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome subunit beta / 20S proteasome beta subunit / Proteasome core protein PrcB


分子量: 25274.264 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 58-291 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcB, MRA_2125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U4D6, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#3: 化合物
ChemComp-7HY / N,N-diethyl-N~2~-(3-phenylpropanoyl)-L-asparaginyl-N-[(naphthalen-1-yl)methyl]-L-alaninamide


タイプ: Non-polymer / クラス: 阻害剤 / 分子量: 530.658 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H38N4O4
参照: N,N-diethyl-N~2~-(3-phenylpropanoyl)-L-asparaginyl-N-[(naphthalen-1-yl)methyl]-L-alaninamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 60 mM sodium citrate (pH 6.2) and 14% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.2473073393 Å / Num. obs: 131508 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 73.5256458866 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.775 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HFA

3hfa


解像度: 3.103→47.247 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 6512 4.95 %
Rwork0.1705 --
obs0.1725 131472 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.103→47.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46311 0 546 62 46919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00747557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77264329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.75428379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.103-3.13820.29651070.26772424X-RAY DIFFRACTION56
3.1382-3.17510.33391740.25083623X-RAY DIFFRACTION83
3.1751-3.21390.33331660.24743740X-RAY DIFFRACTION88
3.2139-3.25450.30221990.23113929X-RAY DIFFRACTION91
3.2545-3.29730.28931900.23464025X-RAY DIFFRACTION94
3.2973-3.34250.26782320.23074187X-RAY DIFFRACTION98
3.3425-3.39020.29352570.2214175X-RAY DIFFRACTION99
3.3902-3.44080.25922320.21554297X-RAY DIFFRACTION99
3.4408-3.49460.242020.20654235X-RAY DIFFRACTION100
3.4946-3.55190.23982150.20414299X-RAY DIFFRACTION100
3.5519-3.61310.24422440.20854280X-RAY DIFFRACTION100
3.6131-3.67880.25062360.2154248X-RAY DIFFRACTION100
3.6788-3.74950.24322150.20134315X-RAY DIFFRACTION100
3.7495-3.8260.23262100.19054280X-RAY DIFFRACTION100
3.826-3.90910.24471820.17914315X-RAY DIFFRACTION100
3.9091-40.22512050.17144375X-RAY DIFFRACTION100
4-4.10.22472410.17124242X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.21080.19852520.16564273X-RAY DIFFRACTION100
4.2108-4.33460.20832570.16264288X-RAY DIFFRACTION100
4.3346-4.47440.20392490.1554259X-RAY DIFFRACTION100
4.4744-4.63420.19472410.15524288X-RAY DIFFRACTION100
4.6342-4.81960.19052260.14384279X-RAY DIFFRACTION100
4.8196-5.03870.17212330.14274298X-RAY DIFFRACTION100
5.0387-5.3040.17662150.14394301X-RAY DIFFRACTION100
5.304-5.63580.1992430.15584296X-RAY DIFFRACTION100
5.6358-6.07020.22422350.16884309X-RAY DIFFRACTION100
6.0702-6.67950.20422150.1694322X-RAY DIFFRACTION100
6.6795-7.64250.15692040.13044340X-RAY DIFFRACTION100
7.6425-9.61540.12742170.10994344X-RAY DIFFRACTION100
9.6154-47.25280.18022180.16324374X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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