PDB-5tro: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dimerization and Tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tro

タイトル

1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dimerization and Transpeptidase domains (residues 39-608) of Penicillin-Binding Protein 1 from Staphylococcus aureus.

要素

Penicillin-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Dimerization Domain / Transpeptidase Domain / Penicillin-Binding Protein 1

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dimerization and Transpeptidase domains (residues 39-608) of Penicillin-Binding Protein 1 from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5tro_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	5tro_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	5tro_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tro	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6zq8-d 4bx8-d 2hj9-d 1nlf-d 2nu6-d 2nu8-d 2nu7-d 1jll-d 4l39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1

B: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.843, 72.202, 86.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1129- HOH
2	1	B-1037- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 64810.695 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-608 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 10.8 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen: JCSG+ (A5), 0.2M Magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月20日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 98204 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.793 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 6.435 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20946	4950	5 %	RANDOM
R_work	0.17935	-	-	-
obs	0.18088	93238	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	-1.07 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7959	0	2	615	8576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	8235
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.972	11082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	18300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.139	5.019	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.828	25.147	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.411	15	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.696	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.021	9393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.066	2.183	4097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.065	2.182	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.739	3.264	5134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.739	3.265	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.183	2.354	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.183	2.355	4139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.941	3.45	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.186	26.606	9378
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.028	26.134	9255
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	344	-
R_work	0.305	6462	-
obs	-	-	93.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.198	1.1036	1.0745	1.6676	1.5462	3.0262	0.1096	-0.199	-0.1599	0.3284	0.0121	-0.1505	0.2557	0.219	-0.1218	0.1567	-0.0276	-0.0924	0.2281	0.0517	0.2588	22.5054	-19.7864	19.7495
2	7.5616	-1.9813	-2.7196	7.9629	3.9565	11.7119	-0.1414	0.0953	-0.2695	0.6052	0.314	-0.5316	0.0087	0.7035	-0.1726	0.1138	-0.0928	-0.1245	0.3689	0.0218	0.2289	42.9178	-8.9842	36.7008
3	7.605	1.4702	1.0818	5.8302	2.4875	2.8671	-0.0207	0.5065	-0.6327	-0.1558	0.2808	-0.6905	-0.1438	0.5441	-0.2601	0.0959	-0.0827	-0.0562	0.3615	-0.0346	0.1761	38.3684	-11.1223	28.6511
4	0.7383	0.0081	-0.1381	0.6748	0.2132	1.4878	0.0455	0.0816	-0.0564	-0.0678	-0.0331	-0.0953	-0.1064	0.0878	-0.0124	0.0267	-0.0091	-0.0399	0.0504	0.0219	0.1963	22.0343	-22.7282	-7.0164
5	0.9923	0.2747	-0.1619	0.8798	0.4145	1.987	0.0337	0.3299	-0.0019	-0.2801	0.0061	0.0053	-0.1841	-0.051	-0.0398	0.1198	0.0359	-0.0463	0.1572	0.0072	0.1408	16.2091	-22.6076	-26.8744
6	0.8933	0.0414	-0.2921	0.3124	0.1538	2.1251	0.0473	0.0951	-0.1941	-0.0587	-0.0125	-0.009	0.1479	-0.0865	-0.0348	0.0516	-0.0011	-0.0739	0.0458	-0.0281	0.232	13.0107	-34.2109	-12.4896
7	1.7174	0.3194	-0.0729	1.4251	-0.1705	1.7254	0.0497	0.2496	-0.2167	-0.151	-0.0093	-0.1204	0.1087	0.2564	-0.0404	0.0322	0.0192	-0.0263	0.1025	-0.0319	0.1913	28.7003	-29.9356	-15.4398
8	3.4636	-1.3985	-1.4152	0.7163	0.6115	0.9829	0.1493	0.3043	0.2363	-0.1772	0.0186	-0.0636	-0.207	0.0665	-0.168	0.1868	-0.1084	0.0317	0.2348	0.0128	0.3055	33.3261	1.0439	-12.7735
9	4.1979	0.5057	-0.0799	6.2186	0.575	1.9785	-0.0342	-0.0965	-0.1038	0.0807	0.0608	-0.2897	0.1197	0.0088	-0.0266	0.0092	-0.0107	0.0032	0.1201	-0.0668	0.1516	52.1452	-8.9517	-10.6073
10	7.0674	-1.8015	0.4821	2.7977	0.3361	1.9619	-0.2098	0.0616	0.5502	0.0824	0.0564	-0.2196	-0.0526	-0.1871	0.1534	0.0339	-0.0321	0.0203	0.0833	-0.05	0.1598	44.1735	0.0806	-12.0507
11	1.3681	-0.0491	-0.3685	0.858	0.2764	1.4569	0.0648	-0.2008	0.2613	0.1798	-0.0894	-0.1187	-0.0528	0.1255	0.0246	0.1655	-0.0814	-0.0523	0.0661	-0.019	0.2825	17.5821	6.8941	14.0613
12	1.4637	-0.1587	-0.6545	0.8942	-0.0363	2.6387	0.0654	-0.3826	0.2783	0.3301	-0.1072	0.0008	-0.1406	0.0769	0.0418	0.227	-0.1093	-0.0013	0.1506	-0.1067	0.2773	5.3024	8.4329	24.5963
13	1.9073	-0.5722	-1.0549	0.8492	0.4873	2.2787	0.2209	-0.4931	0.6513	0.2612	-0.0585	-0.0598	-0.4308	-0.0374	-0.1624	0.4719	-0.1474	-0.0154	0.2439	-0.2198	0.5544	8.9834	19.9453	26.415
14	2.4726	-0.2977	-0.1975	1.3404	-0.5205	1.9978	0.0774	-0.615	0.5659	0.3128	-0.0837	-0.1067	-0.2458	0.1449	0.0062	0.3026	-0.1373	-0.0721	0.2041	-0.1366	0.3819	20.8469	15.019	24.7513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	120 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	353 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	439 - 511
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	512 - 590
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	61 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	99 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	136 - 166
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	167 - 348
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	349 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	467 - 521
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	522 - 589

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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