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- PDB-5trd: Structure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5trd
タイトルStructure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophilum determined in complex with CTP and its cognate DNA operator
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
  • Riboflavin kinase
キーワードTRANSFERASE/DNA / ribflavin kinase / MarR type regulatory domain / winged-helix-turn-helix domain / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP-dependent riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / phosphorylation / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Riboflavin kinase domain, CTP-dependent / Riboflavin kinase, CTP-dependent / Domain of unknown function DUF120 / Riboflavin kinase-like / Riboflavin kinase domain superfamily / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Riboflavin kinase domain, CTP-dependent / Riboflavin kinase, CTP-dependent / Domain of unknown function DUF120 / Riboflavin kinase-like / Riboflavin kinase domain superfamily / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Riboflavin kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Rodionova, I.A. / Li, X. / Osterman, A.L. / Rodionov, D.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophilum determined in complex with CTP and its cognate DNA operator
著者: Vetting, M.W. / Rodionova, I.A. / Li, X. / Osterman, A.L. / Rodionov, D.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin kinase
B: Riboflavin kinase
G: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1488
ポリマ－64,1364
非ポリマー1,0124
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.411, 95.040, 61.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Riboflavin kinase / RFK / CTP-dependent riboflavin kinase / CTP:riboflavin 5'-phosphotransferase / Flavokinase


分子量: 26245.066 Da / 分子数: 2 / 断片: Riboflavin Kinase and Regulator / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: ribK, Ta1064 / プラスミド: pET23 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HJA6, CTP-dependent riboflavin kinase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 5811.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 5833.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermoplasma acidophilum (好酸性)

-
非ポリマー , 3種, 399分子

#4: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Crystallization conditions consisted of 0.5 ?L of protein (25 mg ml-1, 1.25 mM ds-DNA, 5 mM CTP) combined with 0.5 ?L of reservoir (0.1M phosphate citrate pH 4.2, 40% ethanol, 5% (w/v) PEG1000)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→95.04 Å / Num. obs: 50639 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 182052 / Scaling rejects: 2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.892.80.6030.687178.9
9.06-95.043.30.0260.998177.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CTA

3cta


解像度: 1.85→49.983 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2578 5.09 %
Rwork0.1742 --
obs0.1764 50605 96.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.48 Å2 / Biso mean: 34.0523 Å2 / Biso min: 12.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→49.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3469 776 60 395 4700
Biso mean--24.89 38.59 -
残基数----472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9496212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8832568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.88560.3157920.25612195228778
1.8856-1.92410.28261390.24142386252588
1.9241-1.96590.32971360.23592665280197
1.9659-2.01160.24371520.21752687283998
2.0116-2.0620.24481420.20222709285198
2.062-2.11770.24741540.19892689284398
2.1177-2.180.25931380.19132732287099
2.18-2.25040.22811440.18342718286299
2.2504-2.33080.24521640.18942690285499
2.3308-2.42410.24591510.17662732288399
2.4241-2.53450.22351490.17572714286399
2.5345-2.66810.2331440.18572724286899
2.6681-2.83520.23111400.18352735287599
2.8352-3.05410.21681620.18912733289599
3.0541-3.36140.19961520.17212713286599
3.3614-3.84760.21271410.15482767290899
3.8476-4.8470.17641450.13822746289199
4.847-50.0010.16881330.15552692282595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6763-1.5155-0.43774.1697-1.15815.97630.03990.35040.124-0.0148-0.0162-0.15150.40890.1656-0.03010.2050.0785-0.0160.17330.00630.15298.8146-9.424922.548
21.1545-0.7830.15081.2352-0.37421.1195-0.0280.0076-0.2120.162-0.0595-0.05440.31250.23070.07830.2640.0548-0.00950.23060.01260.197512.0963-11.532826.94
31.26980.9096-2.15540.6512-1.52463.61410.01910.16110.0424-0.0506-0.04660.11940.1975-0.28530.03660.2174-0.0130.02150.27380.01870.194-10.74140.909628.4276
41.45250.1051-0.88041.4835-0.04282.08830.0326-0.01380.11630.08740.01480.09470.011-0.0099-0.0420.11930.00230.0090.15160.00260.1359-9.1376.916240.6738
52.49841.04220.59942.2211-0.49411.9560.028-0.34370.33480.2527-0.0354-0.0206-0.3276-0.0446-0.0040.2279-0.00260.02470.1834-0.04330.226411.876713.626415.6879
61.06320.0049-0.30440.8485-0.10171.1420.056-0.02060.1469-0.0373-0.0149-0.1044-0.01950.0278-0.03470.14340.0209-0.01260.1627-0.01380.184212.32059.20419.356
71.2557-0.7471.54830.4773-0.90691.88820.157-0.21880.0354-0.1160.01460.20670.2092-0.2658-0.17320.228-0.0131-0.02160.25620.03510.2095-10.5916-0.14428.5722
82.557-0.6872-0.3742.96370.2322.10580.02830.192-0.1773-0.34850.0004-0.34640.2126-0.1507-0.01670.2634-0.0394-0.00860.19320.01130.2902-6.674-14.6591-8.6087
91.5220.6690.57711.89990.12481.5767-0.0515-0.0685-0.0768-0.1260.0206-0.0038-0.0231-0.01140.02950.1635-0.0082-0.00780.14960.01170.1604-5.8199-5.9005-1.189
101.5488-0.15330.01172.5514-0.38511.6609-0.0866-0.29670.1136-0.1744-0.06640.308-0.0389-0.29540.15680.15970.0527-0.04930.2724-0.00670.2422-18.822-3.079-2.3377
116.7349-0.30281.37854.5383-1.30534.63790.3412-0.15440.51660.5773-0.6369-0.1894-0.40740.26040.15040.2569-0.06230.02760.2484-0.0330.465726.497321.117411.5352
123.35310.1310.54362.6613-2.1762.7750.1917-0.6971-0.46390.3015-0.379-0.59190.07950.580.22210.24520.0763-0.11380.71280.25430.903937.41458.210117.0127
131.6125-0.02560.25252.7276-0.57151.9675-0.1464-0.4603-0.56990.0235-0.0331-0.02530.1330.46340.19170.38270.18260.06620.58080.1310.49331.6187-15.178923.6306
144.36291.6745-1.48492.7449-2.11652.55430.106-0.05360.1436-0.4863-0.3615-0.47080.17440.62880.23410.50210.17160.02080.51450.1230.504731.1132-16.088325.0311
151.98230.6758-0.42233.784-0.81172.74720.2194-0.24910.66230.3405-0.5279-0.702-0.01610.82460.2490.3809-0.0216-0.1520.44020.04570.686632.616912.670515.7649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 21 )A5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 86 )A22 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 100 )A87 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 101 through 223 )A101 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 38 )B7 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 86 )B39 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 87 through 100 )B87 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 101 through 123 )B101 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 197 )B124 - 197
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 198 through 221 )B198 - 221
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 1 through 5 )G1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 6 through 10 )G6 - 10
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 11 through 19 )G11 - 19
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 1 through 10 )H1 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 11 through 19 )H11 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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