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Yorodumi- PDB-5trd: Structure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophil... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5trd | ||||||
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Title | Structure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophilum determined in complex with CTP and its cognate DNA operator | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / ribflavin kinase / MarR type regulatory domain / winged-helix-turn-helix domain / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CTP-dependent riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / phosphorylation / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Rodionova, I.A. / Li, X. / Osterman, A.L. / Rodionov, D.A. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Structure of RbkR (Riboflavin Kinase) from Thermoplasma acidophilum determined in complex with CTP and its cognate DNA operator Authors: Vetting, M.W. / Rodionova, I.A. / Li, X. / Osterman, A.L. / Rodionov, D.A. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5trd.cif.gz | 242.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5trd.ent.gz | 189.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5trd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5trd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5trd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5trd_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5trd_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ctaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 26245.066 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Riboflavin Kinase and Regulator Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: ribK, Ta1064 / Plasmid: pET23 derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9HJA6, CTP-dependent riboflavin kinase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules GH
#2: DNA chain | Mass: 5811.812 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) |
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#3: DNA chain | Mass: 5833.807 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) |
-Non-polymers , 3 types, 399 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: Crystallization conditions consisted of 0.5 ?L of protein (25 mg ml-1, 1.25 mM ds-DNA, 5 mM CTP) combined with 0.5 ?L of reservoir (0.1M phosphate citrate pH 4.2, 40% ethanol, 5% (w/v) PEG1000) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2015 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→95.04 Å / Num. obs: 50639 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 182052 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CTA Resolution: 1.85→49.983 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.48 Å2 / Biso mean: 34.0523 Å2 / Biso min: 12.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→49.983 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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