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万見
- PDB-5tr5: Solution structure of Serine 65 phosphorylated UBL domain from parkin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tr5
タイトルSolution structure of Serine 65 phosphorylated UBL domain from parkin
要素E3 ubiquitin-protein ligase parkin
キーワードLIGASE / phosphorylation / PINK1 / Parkinson's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / cellular response to L-glutamine / regulation of protein targeting to mitochondrion ...: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / cellular response to L-glutamine / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of exosomal secretion / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / response to curcumin / negative regulation of mitochondrial fusion / cellular response to hydrogen sulfide / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of protein linear polyubiquitination / Lewy body / host-mediated suppression of viral genome replication / protein K27-linked ubiquitination / RBR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of synaptic vesicle transport / positive regulation of mitophagy / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of necroptotic process / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of dendrite extension / mitochondrion localization / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / dopaminergic synapse / autophagy of mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to dopamine / positive regulation of protein localization to membrane / cellular response to toxic substance / mitochondrial fission / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / aggresome assembly / cellular response to L-glutamate / regulation of mitochondrion organization / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of JNK cascade / positive regulation of mitochondrial membrane potential / aggresome / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to corticosterone / positive regulation of mitochondrial fission / response to muscle activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / ubiquitin-specific protease binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / startle response / regulation of dopamine secretion / dopamine metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / cullin family protein binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of glucose metabolic process / protein K63-linked ubiquitination / regulation of protein ubiquitination / protein deubiquitination / cellular response to unfolded protein / protein monoubiquitination / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ubiquitin ligase complex / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / proteasomal protein catabolic process / phospholipase binding / mitophagy / protein autoubiquitination / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to manganese ion / ERAD pathway / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / tubulin binding / response to endoplasmic reticulum stress / Josephin domain DUBs / central nervous system development
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
データ登録者Aguirre, J.D. / Dunkerley, K.M. / Mercier, P. / Shaw, G.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-14606 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of phosphorylated UBL domain and insights into PINK1-orchestrated parkin activation.
著者: Aguirre, J.D. / Dunkerley, K.M. / Mercier, P. / Shaw, G.S.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年6月14日Group: Advisory / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9161
ポリマ－8,9161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5030 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 8916.063 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK2, PRKN / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O60260, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
135isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
144isotropic13D HNCA
154isotropic13D HN(CA)CB
164isotropic13D HNCO
194isotropic13D C(CO)NH
174isotropic13D (H)CCH-TOCSY
185isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1113isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1125isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1104isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution2300 uM [U-15N] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution3300 uM [U-13C] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O13C90% H2O/10% D2O
solution4400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O13C/15N90% H2O/10% D2O
solution5400 uM pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 100% D2OD20100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMpUBL[U-15N]2
25 mMHEPESnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
250 uMTCEPnatural abundance2
200 uMDSSnatural abundance2
300 uMimidazolenatural abundance2
300 uMpUBL[U-13C]3
25 mMHEPESnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
250 uMTCEPnatural abundance3
200 uMDSSnatural abundance3
300 uMimidazolenatural abundance3
400 uMpUBL[U-99% 13C; U-99% 15N]4
25 mMHEPESnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
250 uMTCEPnatural abundance4
200 uMDSSnatural abundance4
300 uMimidazolenatural abundance4
400 uMpUBLnatural abundance5
25 mMHEPESnatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
250 uMTCEPnatural abundance5
200 uMDSSnatural abundance5
300 uMimidazolenatural abundance5
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView8.2.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
VNMR3.2Variancollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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