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- PDB-5tr0: Lipoxygenase-1 (soybean) L754A mutant at 293K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tr0
タイトルLipoxygenase-1 (soybean) L754A mutant at 293K
要素Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / lipoxygenase / hydrogen tunneling
機能・相同性
機能・相同性情報


linolenate 9R-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase, plant ...Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Poss, E.M. / Fraser, J.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM113432 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR022393-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM025765 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Biophysical Characterization of a Disabled Double Mutant of Soybean Lipoxygenase: The "Undoing" of Precise Substrate Positioning Relative to Metal Cofactor and an Identified Dynamical Network.
著者: Hu, S. / Offenbacher, A.R. / Thompson, E.M. / Gee, C.L. / Wilcoxen, J. / Carr, C.A.M. / Prigozhin, D.M. / Yang, V. / Alber, T. / Britt, R.D. / Fraser, J.S. / Klinman, J.P.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
B: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,0724
ポリマ－188,9602
非ポリマー1122
水12,412689
1
A: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5362
ポリマ－94,4801
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5362
ポリマ－94,4801
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.452, 92.652, 100.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1 / Lipoxygenase-1 / L-1


分子量: 94480.078 Da / 分子数: 2 / 変異: L754A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: LOX1.1, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08170, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Residue 160 is a glutamine, as per the obvious electron density at that position

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG-3350, Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.826561 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826561 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.65 Å / Num. obs: 142712 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 22.22 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.838 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.535 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.10pre_2104精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PZW

3pzw


解像度: 1.85→45.646 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1695 7248 5.08 %
Rwork0.1399 --
obs0.1414 142540 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.59 Å2 / Biso mean: 31.37 Å2 / Biso min: 10.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13069 0 2 699 13770
Biso mean--30.66 31.71 -
残基数----1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77130392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.40213755
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.8710.32572490.27964356460598
1.871-1.8930.31752450.268945064751100
1.893-1.91610.27052590.242544784737100
1.9161-1.94040.26982460.219344934739100
1.9404-1.96590.23152400.20644884728100
1.9659-1.99280.24132460.202944954741100
1.9928-2.02130.24912660.196244644730100
2.0213-2.05150.22182470.187745254772100
2.0515-2.08350.21242450.176244594704100
2.0835-2.11770.20012290.158945384767100
2.1177-2.15420.19982420.157945324774100
2.1542-2.19340.19012180.150844944712100
2.1934-2.23560.18682410.146845364777100
2.2356-2.28120.17652120.137845384750100
2.2812-2.33080.16921960.133445434739100
2.3308-2.3850.18582270.131944844711100
2.385-2.44470.16412230.138245584781100
2.4447-2.51080.17092420.135644934735100
2.5108-2.58460.16872560.139545114767100
2.5846-2.6680.20072680.143944464714100
2.668-2.76340.17672390.144245284767100
2.7634-2.8740.17082210.143545584779100
2.874-3.00480.18522220.143144964718100
3.0048-3.16320.16942600.146545304790100
3.1632-3.36130.17142930.134644814774100
3.3613-3.62070.14452430.118745134756100
3.6207-3.98490.12321930.103246074800100
3.9849-4.56110.10443080.093244824790100
4.5611-5.74470.12162560.100645424798100
5.7447-45.660.15272160.13794618483499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3308-0.08490.18910.13370.03720.15870.0937-0.1841-0.06670.0717-0.0571-0.12080.02090.0549-00.2391-0.0283-0.01160.29730.03620.3171152.009-43.666819.882
20.9813-0.2920.15240.0846-0.0780.11810.08830.1485-0.1809-0.0402-0.0433-0.12610.03590.0557-0.00160.1905-0.008-0.00680.1788-0.01530.2039135.7543-48.18645.9396
31.40030.12-0.01780.361-0.09150.27030.072-0.0070.02320.0365-0.0524-0.008-0.0238-0.0393-0.02270.1534-0.0188-0.0020.10910.00590.0685106.0921-41.789612.4085
40.89080.2173-0.03070.16920.06930.1279-0.0069-0.1510.00140.054-0.0281-0.1381-0.02130.058-0.00010.16060.0062-0.00450.17990.02220.2657145.4257-43.558765.949
50.9925-0.2285-0.10430.3899-0.00210.1666-0.014-0.0337-0.13410.04030.01210.02890.0019-0.06410.04060.15160.02690.00160.1472-0.00950.0959100.651-49.833160.9907
61.2199-0.1014-0.07080.3724-0.10660.2422-0.0154-0.06190.15620.03660.0098-0.0599-0.0475-0.0347-0.00480.14110.02810.00040.1089-0.01470.1179110.4132-37.818461.9726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 93 )A6 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 244 )A94 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 839 )A245 - 839
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 170 )B6 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 171 through 496 )B171 - 496
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 497 through 839 )B497 - 839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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