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- PDB-5tqm: Cinnamoyl-CoA Reductase 1 from Sorghum bicolor in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tqm
タイトルCinnamoyl-CoA Reductase 1 from Sorghum bicolor in complex with NADP+
要素Cinnamoyl-CoA Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cinnamoyl-CoA reductase / CCR
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sattler, S.A. / Kang, C.H.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Cinnamoyl-CoA Reductases.
著者: Sattler, S.A. / Walker, A.M. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cinnamoyl-CoA Reductase
B: Cinnamoyl-CoA Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1928
ポリマ－82,2132
非ポリマー1,9796
水00
1
A: Cinnamoyl-CoA Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0964
ポリマ－41,1061
非ポリマー9903
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cinnamoyl-CoA Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0964
ポリマ－41,1061
非ポリマー9903
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.231, 72.231, 123.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Cinnamoyl-CoA Reductase


分子量: 41106.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_007G141200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5YLL4
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-tris pH (6.5), 25% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 19803 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 24.234
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.511 / Num. unique obs: 953 / Rsym value: 0.767 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R1S

4r1s


解像度: 2.9→41.018 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 1533 9.77 %
Rwork0.2229 --
obs0.228 15697 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 124 0 4920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7086940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.951834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9004-2.9940.48151440.34111279X-RAY DIFFRACTION98
2.994-3.1010.34881360.27061299X-RAY DIFFRACTION99
3.101-3.22510.29231410.28871260X-RAY DIFFRACTION98
3.2251-3.37180.35361360.26711288X-RAY DIFFRACTION98
3.3718-3.54940.34091310.25831280X-RAY DIFFRACTION99
3.5494-3.77170.25781370.23541332X-RAY DIFFRACTION99
3.7717-4.06270.34241370.23911281X-RAY DIFFRACTION98
4.0627-4.47110.30141400.22451272X-RAY DIFFRACTION99
4.4711-5.1170.27691410.17571293X-RAY DIFFRACTION99
5.117-6.44280.23451410.21631284X-RAY DIFFRACTION100
6.4428-41.02240.20121490.18381296X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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