PDB-6fm3: Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) structure with ADP at 1.9 A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fm3

タイトル

Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) structure with ADP at 1.9 Angstrom resolution

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 2 / 6-diaminopurine / phage phiVC8 / Synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-amino-2'-deoxyadenylo-succinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio phage phiVC8 (ファージ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sleiman, D. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Kaminski, P.A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with ATP0, dGMP, Magnesium at 2.3 Angstrom resolution
著者: Sleiman, D. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Kaminski, P.A.

履歴

登録	2018年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fm3.cif.gz	142.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fm3.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fko 6flf 6fm1 6fmo
類似構造データ	5guc-d 1wiw-d 2b7b-d 5bkc-d 5the-1 2rgo-3 5bkd-d 7ao5-d 5the-4 2xam-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.780, 58.200, 71.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase 分子量: 40392.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio phage phiVC8 (ファージ) / 遺伝子: phiVC8_p27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FFN6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M NaCl 12%w/v PEG 6K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.32 Å / Num. obs: 24769 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.59 % / B_iso Wilson estimate: 41.98 Å² / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.95→48.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU R_free Blow DPI: 0.174 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.166

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1238	5 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	24754	94.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.9786 Å²	0 Å²	-1.0621 Å²
2-	-	-7.9768 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.9983 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→48.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2357	0	28	357	2742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	2434	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	3304	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		833	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		62	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		363	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2434	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.98
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		318	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3893	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.04 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.7427	141	4.99 %
R_work	0.5627	2686	-
all	0.5713	2827	-
obs	-	-	88.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.3624 Å / Origin y: -11.4532 Å / Origin z: 21.3026 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0531 Å²	0.0089 Å²	-0.0055 Å²	-	-0.1326 Å²	0.0178 Å²	-	-	-0.0061 Å²
L	1.0978 °²	-0.2266 °²	-0.1797 °²	-	0.3713 °²	0.1481 °²	-	-	1.0633 °²
S	0.0183 Å °	0.1427 Å °	0.0834 Å °	-0.0264 Å °	-0.0281 Å °	-0.0148 Å °	-0.0444 Å °	-0.0596 Å °	0.0098 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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