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- PDB-5tqi: Crystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tqi
タイトルCrystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans
要素Pyridoxal kinase PdxY
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / pyridoxal kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal kinase PdxY / Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxal kinase PdxY
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans
著者: Levin, E.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal kinase PdxY
B: Pyridoxal kinase PdxY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5474
ポリマ－64,4762
非ポリマー712
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.970, 42.490, 90.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxal kinase PdxY / PL kinase


分子量: 32237.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: pdxK, pdxY, BMULJ_01107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KDL9, pyridoxal kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, B3: 20% PEG 6000, 100 mM BICINE; BumuA.00129.a.B1.PS37843 at 18.12 mg/ml; cryo: 20% EG, 2 steps; tray 270818b3, puck fsu3-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.9 Å / Num. obs: 91157 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.73 % / Biso Wilson estimate: 12.04 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.27
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.540.4922.820.807198.8
1.54-1.580.4243.310.844198.8
1.58-1.630.3444.010.892199.6
1.63-1.680.2944.60.915199.4
1.68-1.730.2435.530.939199.2
1.73-1.790.26.440.957199.5
1.79-1.860.1637.680.97199.5
1.86-1.940.1378.80.981199.5
1.94-2.020.10610.910.987199.7
2.02-2.120.08513.070.991199.4
2.12-2.240.07714.230.992199.6
2.24-2.370.06815.710.993199.6
2.37-2.540.05917.740.995199.4
2.54-2.740.05419.440.995199.4
2.74-30.04821.460.996199.4
3-3.350.04523.040.995199.3
3.35-3.870.04523.930.996199.5
3.87-4.740.04826.160.994198.9
4.74-6.710.05125.880.994198.9
6.710.04924.720.995194.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→40.826 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 2073 2.27 %
Rwork0.1377 --
obs0.1386 91127 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.09 Å2 / Biso mean: 16.9738 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→40.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4369 0 2 677 5048
Biso mean--24.35 30.28 -
残基数----575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7966329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3851686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53490.24231440.16975838598299
1.5349-1.57330.23341290.16295900602999
1.5733-1.61580.21291540.149158666020100
1.6158-1.66340.21711550.14495864601999
1.6634-1.7170.20261270.14035910603799
1.717-1.77840.19711410.137859166057100
1.7784-1.84960.19451160.132659716087100
1.8496-1.93380.17081220.132859336055100
1.9338-2.03580.17321330.131159436076100
2.0358-2.16330.18721360.130359356071100
2.1633-2.33030.17421450.128159536098100
2.3303-2.56480.20961470.138259226069100
2.5648-2.93580.16211710.13559576128100
2.9358-3.69840.13931370.136160176154100
3.6984-40.84120.15721160.14026129624598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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