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- PDB-5tqi: Crystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tqi | ||||||
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Title | Crystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans | ||||||
![]() | Pyridoxal kinase PdxY | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / pyridoxal kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a pyridoxal kinase from Burkholderia multivorans Authors: Levin, E.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 246.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 196.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 417.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 417.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32237.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 17616 / 249 / Gene: pdxK, pdxY, BMULJ_01107 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.5 % / Mosaicity: 0.22 ° |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: RigakuReagents JCSG+ screen, B3: 20% PEG 6000, 100 mM BICINE; BumuA.00129.a.B1.PS37843 at 18.12 mg/ml; cryo: 20% EG, 2 steps; tray 270818b3, puck fsu3-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→44.9 Å / Num. obs: 91157 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.73 % / Biso Wilson estimate: 12.04 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.09 Å2 / Biso mean: 16.9738 Å2 / Biso min: 5.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→40.826 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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