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- PDB-5tpy: Crystal structure of an exonuclease resistant RNA from Zika virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpy
タイトルCrystal structure of an exonuclease resistant RNA from Zika virus
要素RNA (71-MER)
キーワードRNA / Zika RNA exonuclease resistance
機能・相同性HEXANE-1,6-DIOL / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Akiyama, B.M. / Laurence, H.M. / Massey, A.R. / Costantino, D.A. / Xie, X. / Yang, Y. / Shi, P.-Y. / Nix, J.C. / Beckham, J.D. / Kieft, J.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Zika virus produces noncoding RNAs using a multi-pseudoknot structure that confounds a cellular exonuclease.
著者: Akiyama, B.M. / Laurence, H.M. / Massey, A.R. / Costantino, D.A. / Xie, X. / Yang, Y. / Shi, P.Y. / Nix, J.C. / Beckham, J.D. / Kieft, J.S.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1603
ポリマ－23,0181
非ポリマー1422
水18010
1
A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,64112
ポリマ－92,0714
非ポリマー5708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area41680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.679, 111.679, 90.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: RNA鎖 RNA (71-MER)


分子量: 23017.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MR766-NIID / 由来: (合成) Zika virus (ジカ熱ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 2.5 mM magnesium chloride, 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 (heated to 65 C for 3 minutes, cooled at room temperature, 0.5 mM spermidine added, centrifuged for 10 minutes at ...詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 2.5 mM magnesium chloride, 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 (heated to 65 C for 3 minutes, cooled at room temperature, 0.5 mM spermidine added, centrifuged for 10 minutes at 13000 x g) + 1 uL 50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 150 mM NaCl, 4 mM CaCl2, 0.6 mM spermine, 36% 1,6-hexanediol. Crystals were flash-frozen in the mother liquor using liquid nitrogen for x-ray diffraction.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0972 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.805→55.839 Å / Num. obs: 15501 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2499: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4pqv

4pqv


解像度: 2.805→55.839 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1532 9.88 %
Rwork0.1906 --
obs0.1933 15501 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.805→55.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1527 9 10 1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1032671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.49854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8046-2.89510.38661360.33051257X-RAY DIFFRACTION99
2.8951-2.99860.32521340.30221280X-RAY DIFFRACTION100
2.9986-3.11860.35621420.27671280X-RAY DIFFRACTION100
3.1186-3.26050.2341400.21611255X-RAY DIFFRACTION100
3.2605-3.43240.21911490.20231287X-RAY DIFFRACTION100
3.4324-3.64740.24691360.18951261X-RAY DIFFRACTION100
3.6474-3.9290.19921450.17121267X-RAY DIFFRACTION100
3.929-4.32420.15721380.15541280X-RAY DIFFRACTION100
4.3242-4.94960.18081410.1421273X-RAY DIFFRACTION100
4.9496-6.23470.18091360.15681279X-RAY DIFFRACTION100
6.2347-55.85050.22981350.21331250X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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