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- PDB-5tpm: 2.8 Angstrom Crystal Structure of the C-terminal Dimerization Dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpm
タイトル2.8 Angstrom Crystal Structure of the C-terminal Dimerization Domain of Transcriptional Regulator PdhR from Escherichia coli.
要素Pyruvate dehydrogenase complex repressor
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate dehydrogenase complex repressor / Pyruvate dehydrogenase complex repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.8 Angstrom Crystal Structure of the C-terminal Dimerization Domain of Transcriptional Regulator PdhR from Escherichia coli.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
B: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
C: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
D: Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8504
ポリマ－74,8504
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
B: Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4252
ポリマ－37,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
D: Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4252
ポリマ－37,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.397, 95.347, 70.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A96 - 235
2010B96 - 235
1020A96 - 246
2020C96 - 246
1030A96 - 234
2030D96 - 234
1040B96 - 235
2040C96 - 235
1050B96 - 234
2050D96 - 234
1060C96 - 234
2060D96 - 234

NCSアンサンブル:
ID
6
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量: 18712.539 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 99-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: pdhR, c0140 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: P0ACM0, UniProt: P0ACL9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 15.0 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M NH4Formate, 20% (w/v) PEG3350;Cryo: paratone.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 19376 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.913 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 47.746 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25674 919 4.8 %RANDOM
Rwork0.22211 ---
obs0.22377 18146 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 72.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.86 Å20 Å2-7.14 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3---2.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4750 0 0 60 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9716508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.942310697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.4125586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.23322.959267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.00715839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1471564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.025491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9166.0342350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9126.0332349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7349.0472931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7339.0482932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4966.6372477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4966.6392478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8839.7493577
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.61373.9095554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.57273.9145551
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A90180.12
12B90180.12
21A97500.11
22C97500.11
31A88840.13
32D88840.13
41B90360.12
42C90360.12
51B92520.09
52D92520.09
61C89120.13
62D89120.13
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 78 -
Rwork0.401 1280 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5732-0.3682-0.03660.2790.16160.26020.05950.08860.05210.0156-0.02420.0217-0.0135-0.0522-0.03520.0596-0.00490.00860.05170.0060.06719.872659.03447.2555
20.93370.1740.70846.20333.05844.39430.0048-0.2511-0.06750.49740.02940.20880.30220.0169-0.03420.0442-0.0020.01840.13490.00230.019711.69660.129555.1463
30.48340.17010.02063.57430.70590.1896-0.0455-0.01110.0124-0.02240.0648-0.0327-0.01010.0743-0.01930.06920-0.01470.0838-0.00110.055422.031361.987654.8156
41.36232.00510.67763.16960.80450.5436-0.08980.01210.2436-0.0906-0.04180.2967-0.09570.01910.13170.02290.0087-0.00230.07410.04290.119810.592370.291647.0261
54.41092.70210.99431.95610.40560.36250.01620.04510.0410.02160.04110.1221-0.00680.0085-0.05730.059-0.01250.00560.0922-0.01070.042334.692881.486348.5114
60.1413-0.08610.63070.0656-0.49093.68330.06210.10330.0214-0.0110.01460.0150.0764-0.0177-0.07670.03630.05870.08430.4146-0.01730.303617.776651.760234.2975
70.85290.93980.4882.4920.8790.6343-0.0190.0272-0.0340.04320.055-0.0920.05440.0586-0.0360.02960.00930.01710.0687-0.01540.05931.827144.806526.1968
80.71180.53730.01194.07712.24664.2267-0.06820.0086-0.20430.20990.0729-0.09940.12160.0709-0.00470.02750.01380.02570.05290.00810.061723.070944.64834.3221
93.98671.65442.52733.6162.84233.46010.11130.10020.2341-0.2317-0.15360.0290.02920.20140.04230.09210.02550.02890.1571-0.00720.077124.258652.537921.7983
103.91481.3940.18691.12790.42691.16530.02350.06910.0539-0.0748-0.05810.00890.0114-0.03730.03450.0512-0.00580.00550.0724-0.00880.045711.634248.673624.1086
114.4452-0.1062-3.17931.86770.61072.9817-0.1006-0.174-0.213-0.0459-0.12930.40430.0927-0.03250.22980.0071-0.0018-0.00680.0439-0.01360.098820.126835.875262.816
120.6391-0.59530.63742.57210.50331.2360.0915-0.0296-0.1250.0239-0.06480.32550.1507-0.0829-0.02670.0342-0.0430.00220.0858-0.01020.11726.243426.778356.1634
130.32680.19460.14680.88870.37061.50460.0278-0.02580.0181-0.03170.0060.08230.0024-0.0544-0.03380.0372-0.0005-0.00910.05410.01590.077717.550436.77754.5159
140.3284-0.25410.02873.06932.84893.13980.0355-0.0599-0.17090.2387-0.11590.19770.3479-0.01740.08040.09060.010.01950.1050.03850.108519.673423.363760.4082
152.62180.4136-0.30850.51131.15333.5736-0.12390.0063-0.15740.0351-0.04550.06310.075-0.1730.16940.0729-0.00770.01880.0840.0070.070130.249112.198139.2808
164.2021-0.3875-1.27591.98320.65480.5595-0.1593-0.0707-0.1969-0.07770.07210.09010.04950.07190.08720.0695-0.01910.03960.1473-0.03290.038739.07741.378756.4071
173.05171.62821.28673.90110.56462.5866-0.20560.24920.1988-0.58250.3161-0.0443-0.31950.4174-0.11040.1409-0.06190.07670.16990.01130.119742.338750.036955.4359
182.86650.5743.30780.90461.01434.11460.0188-0.02150.0760.0471-0.00180.06870.0311-0.0247-0.01710.0524-0.00570.01630.05340.00160.123536.86854.857866.6539
190.5259-0.18090.1661.71931.57731.79510.03460.0317-0.01180.09660.0086-0.10770.07620.0859-0.04320.0518-0.009-0.0080.08390.00180.080447.656241.705463.9362
201.3310.2499-0.17980.13580.34461.99620.0375-0.0880.030.0228-0.0065-0.0377-0.01390.0844-0.0310.0891-0.0029-0.00690.0895-0.00320.10839.327145.341573.2791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3A170 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4A191 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A229 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6B-2 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7B114 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8B152 - 191
9X-RAY DIFFRACTION9B192 - 222
10X-RAY DIFFRACTION10B223 - 236
11X-RAY DIFFRACTION11C-2 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12C128 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13C147 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14C189 - 234
15X-RAY DIFFRACTION15C235 - 247
16X-RAY DIFFRACTION16D-2 - 126
17X-RAY DIFFRACTION17D127 - 173
18X-RAY DIFFRACTION18D174 - 191
19X-RAY DIFFRACTION19D192 - 222
20X-RAY DIFFRACTION20D223 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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