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- PDB-5tp0: Human mesotrypsin in complex with diminazene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tp0
タイトルHuman mesotrypsin in complex with diminazene
要素Trypsin-3
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / trypsin / serine-type endopeptidase / serine hydrolase / complex with small molecule drug / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity / tertiary granule lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERENIL / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Kayode, O. / Soares, A. / Radisky, E.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA154387 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Small molecule inhibitors of mesotrypsin from a structure-based docking screen.
著者: Kayode, O. / Huang, Z. / Soares, A.S. / Caulfield, T.R. / Dong, Z. / Bode, A.M. / Radisky, E.S.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9797
ポリマ－24,2731
非ポリマー7066
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.916, 64.443, 80.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Trypsin-3 / Brain trypsinogen / Mesotrypsinogen / Serine protease 3 / Serine protease 4 / Trypsin III / Trypsin IV


分子量: 24273.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: pancreas / 遺伝子: PRSS3, PRSS4, TRY3, TRY4 / 器官: pancreas / プラスミド: pTRAP-T7-wtHu3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35030, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BRN / BERENIL / DIMINAZINE ACETURATE / 1,3-TRIS-(4'AMIDINOPHENYL)TRIAZINE / ジミナゼン


分子量: 281.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N7 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES 2 M Ammonium Sulfate 2 % PEG-400 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 58825 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/av σ(I): 52.057 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.25-1.274.50.2220.954182.3
1.27-1.295.30.2150.962191.4
1.29-1.326.40.1920.977195.2
1.32-1.358.20.1750.988199.7
1.35-1.3810.10.1680.99199.7
1.38-1.4111.40.1510.9931100
1.41-1.4412.50.1320.995199.9
1.44-1.4812.10.1180.996199.9
1.48-1.5312.40.1060.9961100
1.53-1.5712.10.0940.9971100
1.57-1.6312.80.0840.9981100
1.63-1.712.30.0730.9981100
1.7-1.7712.40.0650.9981100
1.77-1.8712.30.060.9981100
1.87-1.98130.0510.9991100
1.98-2.1412.30.0470.9991100
2.14-2.3512.60.0440.9991100
2.35-2.6912.90.040.9991100
2.69-3.3912.30.0350.9991100
3.39-5011.90.0281199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H4W

1h4w


解像度: 1.25→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.915 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1372 2960 5 %RANDOM
Rwork0.1178 ---
obs0.1188 55799 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.08 Å2 / Biso mean: 11.612 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1702 0 32 226 1960
Biso mean--21.31 27.45 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1741.9592546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0253.0043926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6225247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42224.60576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14615294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.96158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.77433554
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free50.57561
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.88553666
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 175 -
Rwork0.192 3437 -
all-3612 -
obs--82.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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