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- PDB-5tor: Crystal structure of AAT D222T mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tor
タイトルCrystal structure of AAT D222T mutant
要素Aspartate aminotransferase, cytoplasmic
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspartate and asparagine metabolism / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate catabolic process to aspartate / cysteine transaminase / phosphatidylserine decarboxylase activity / L-cysteine transaminase activity / aspartate biosynthetic process / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process ...Aspartate and asparagine metabolism / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate catabolic process to aspartate / cysteine transaminase / phosphatidylserine decarboxylase activity / L-cysteine transaminase activity / aspartate biosynthetic process / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / oxaloacetate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / fatty acid homeostasis / Notch signaling pathway / response to glucocorticoid / gluconeogenesis / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate aminotransferase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Mueser, T.C. / Dajnowicz, S. / Kovalevsky, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Direct evidence that an extended hydrogen-bonding network influences activation of pyridoxal 5'-phosphate in aspartate aminotransferase.
著者: Dajnowicz, S. / Parks, J.M. / Hu, X. / Gesler, K. / Kovalevsky, A.Y. / Mueser, T.C.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic
B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5922
ポリマ－93,5922
非ポリマー00
水14,916828
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area31690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.750, 124.130, 129.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase, cytoplasmic / cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate ...cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / Transaminase A


分子量: 46795.898 Da / 分子数: 2 / 変異: D222T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: GOT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express
参照: UniProt: P00503, aspartate transaminase, cysteine transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 40mM NaOAc, 2mM PLP, 8% PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→27.98 Å / Num. obs: 193193 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.3 % / Net I/σ(I): 14.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TOQ

5toq


解像度: 1.35→27.98 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 9694 5.02 %
Rwork0.1753 --
obs0.1762 193118 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6589 0 0 828 7417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8849223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3422481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115997
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36530.23532980.20875945X-RAY DIFFRACTION96
1.3653-1.38140.22183570.20865981X-RAY DIFFRACTION97
1.3814-1.39830.21632740.19715940X-RAY DIFFRACTION96
1.3983-1.41590.20643240.19535946X-RAY DIFFRACTION97
1.4159-1.43460.20892830.19256018X-RAY DIFFRACTION96
1.4346-1.45420.21033210.19245981X-RAY DIFFRACTION97
1.4542-1.4750.21143420.18785964X-RAY DIFFRACTION97
1.475-1.4970.2132970.18126038X-RAY DIFFRACTION97
1.497-1.52040.18943440.17765956X-RAY DIFFRACTION97
1.5204-1.54530.18423070.17546071X-RAY DIFFRACTION97
1.5453-1.5720.19843060.17786006X-RAY DIFFRACTION98
1.572-1.60060.19293180.17256101X-RAY DIFFRACTION98
1.6006-1.63130.19463320.17155987X-RAY DIFFRACTION97
1.6313-1.66460.18913070.17026106X-RAY DIFFRACTION98
1.6646-1.70080.1933310.17426070X-RAY DIFFRACTION98
1.7008-1.74040.19083140.17466096X-RAY DIFFRACTION98
1.7404-1.78390.20313490.17196052X-RAY DIFFRACTION99
1.7839-1.83210.18283140.16766144X-RAY DIFFRACTION99
1.8321-1.8860.17413170.17516116X-RAY DIFFRACTION98
1.886-1.94690.20533100.17846150X-RAY DIFFRACTION98
1.9469-2.01650.18353280.1736149X-RAY DIFFRACTION99
2.0165-2.09720.19232980.17256211X-RAY DIFFRACTION99
2.0972-2.19260.18453030.17096227X-RAY DIFFRACTION99
2.1926-2.30810.20413350.17036208X-RAY DIFFRACTION99
2.3081-2.45270.20663620.17576185X-RAY DIFFRACTION99
2.4527-2.64190.17823330.17996277X-RAY DIFFRACTION100
2.6419-2.90750.20563310.18326260X-RAY DIFFRACTION99
2.9075-3.32760.20663590.1856302X-RAY DIFFRACTION100
3.3276-4.19020.18443580.16636359X-RAY DIFFRACTION100
4.1902-27.98850.16893420.16146578X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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