PDB-5ton: Crystal structure of AAT H143L mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ton

タイトル

Crystal structure of AAT H143L mutant

要素

Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Aspartate and asparagine metabolism / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate catabolic process to aspartate / cysteine transaminase / phosphatidylserine decarboxylase activity / L-cysteine transaminase activity / aspartate biosynthetic process / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Mueser, T.C. / Dajnowicz, S. / Kovalevsky, A.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Direct evidence that an extended hydrogen-bonding network influences activation of pyridoxal 5'-phosphate in aspartate aminotransferase.
著者: Dajnowicz, S. / Parks, J.M. / Hu, X. / Gesler, K. / Kovalevsky, A.Y. / Mueser, T.C.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ton.cif.gz	184 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ton.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ton.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ton_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ton_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	5ton_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	5ton_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5ton ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5ton	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5toqC 5torC 5totC 1ajrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tot-d 5tor-d 5vk7-d 1ajs-d 5vjz-d 1ajr-d 3pd6-2 5toq-d 6dnd-d 3tat-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.290, 124.010, 129.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase, cytoplasmic / cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate ...cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / Transaminase A 分子量: 46784.895 Da / 分子数: 2 / 変異: H143L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: GOT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express 参照: UniProt: P00503, aspartate transaminase, cysteine transaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aspartate aminotransferase, cytoplasmic / cAspAT / Cysteine aminotransferase / cytoplasmic / Cysteine transaminase / cCAT / Glutamate ...

分子量: 46784.895 Da / 分子数: 2 / 変異: H143L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: GOT1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express
参照: UniProt: P00503, aspartate transaminase, cysteine transaminase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 40mM NaoAc, 2mM PLP, 8% PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→55.34 Å / Num. obs: 174668 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 16.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AJR

1ajr

解像度: 1.4→35.337 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	8738	5 %
R_work	0.1844	-	-
obs	0.1851	174649	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6442	0	0	474	6916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6697
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	9117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.673	2457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.2364	317	0.2034	5479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4159-1.4326	0.2178	265	0.2015	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4326-1.45	0.2119	286	0.1933	5487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.4684	0.2329	272	0.1884	5462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.221	286	0.1883	5492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.2199	285	0.1878	5477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5296	0.1957	291	0.1797	5482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5296-1.5525	0.2013	286	0.1809	5463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5767	0.2041	290	0.1783	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5767-1.6026	0.2063	285	0.1776	5459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.1849	290	0.1792	5551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6599	0.2024	286	0.1737	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6918	0.1999	318	0.1742	5458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.1981	291	0.1801	5523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7639	0.2083	260	0.1784	5501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8049	0.2112	286	0.1774	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.85	0.2032	313	0.1827	5516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1956	282	0.1844	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.9559	0.2002	293	0.1797	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.0191	0.1799	274	0.1762	5538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.1745	317	0.1811	5505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1749	0.1972	312	0.1824	5508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2739	0.1858	299	0.1819	5544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2739-2.3938	0.197	296	0.1889	5572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5437	0.2128	277	0.1895	5557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5437-2.74	0.2085	302	0.1946	5590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.0157	0.2077	290	0.1985	5601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0157-3.4517	0.2111	271	0.1961	5673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4517-4.3475	0.1804	295	0.1779	5674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3475-35.3478	0.1841	323	0.1751	5810	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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