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- PDB-5tnc: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF TROPONIN C FROM TURKEY SKELETAL MUSC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tnc
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF TROPONIN C FROM TURKEY SKELETAL MUSCLE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素TROPONIN-C
キーワードCONTRACTILE SYSTEM PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II complex / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain pair / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Herzberg, O. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Refined crystal structure of troponin C from turkey skeletal muscle at 2.0 A resolution.
著者: Herzberg, O. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1987
タイトル: Molecular Structure of Troponin C and its Implications for the Ca2+ Triggering of Muscle Contraction
著者: Herzberg, O. / Moult, J. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: Calcium-Binding Proteins in Health and Disease
年: 1987
タイトル: Conformational Flexibility of Troponin C
著者: Herzberg, O. / Moult, J. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: Ciba Found.Symp. / 年: 1986
タイトル: Calcium Binding to Skeletal Muscle Troponin C and the Regulation of Muscle Contraction
著者: Herzberg, O. / Moult, J. / James, M.N.G.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1986
タイトル: Crystallographic Determination of Lanthanide Ion Binding to Troponin C
著者: Herzberg, O. / James, M.N.G.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: A Model for the Ca2+-Induced Conformational Transition of Troponin C. A Trigger for Muscle Contraction
著者: Herzberg, O. / Moult, J. / James, M.N.G.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Common Structural Framework of the Two Ca2+(Slash)Mg2+ Binding Loops of Troponin C and Other Ca2+ Binding Proteins
著者: Herzberg, O. / James, M.N.G.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of the Calcium Regulatory Muscle Protein Troponin-C at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O. / James, M.N.G.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystallographic Data for Troponin C from Turkey Skeletal Muscle
著者: Herzberg, O. / Hayakawa, K. / James, M.N.G.
#9: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1984
タイトル: The Crystal Structure of Troponin C from Turkey Skeletal Muscle at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O. / James, M.N.G.
履歴
登録1988年5月27日処理サイト: BNL
置き換え1988年10月9日ID: 2TNC
改定 1.01988年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPONIN-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4003
ポリマ－18,3201
非ポリマー802
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.550, 66.550, 60.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: SEE REMARK 4. / 2: SEE REMARK 6.

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要素

#1: タンパク質 TROPONIN-C


分子量: 18320.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P10246
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE WATER MOLECULES ARE ARRANGED IN DESCENDING ORDER OF RELIABILITY WHERE RELIABILITY IS DEFINED BY ...THE WATER MOLECULES ARE ARRANGED IN DESCENDING ORDER OF RELIABILITY WHERE RELIABILITY IS DEFINED BY THE QUALITY FACTOR OCCUPANCY**2/B (M.N.G.JAMES, A.R.SIELECKI, J.MOL. BIOL., V. 163, P. 299 (1983)). THUS A QUALITY FACTOR OF 0.025 CORRESPONDS TO B=40.0 AND OCCUPANCY=1.0.
配列の詳細BASED ON AMINO ACID COMPOSITION AND THE ELECTRON DENSITY MAP, ALA 99 IN CHICKEN TNC WAS IDENTIFIED ...BASED ON AMINO ACID COMPOSITION AND THE ELECTRON DENSITY MAP, ALA 99 IN CHICKEN TNC WAS IDENTIFIED AS GLU 99 IN TURKEY TNC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 5 / PH range high: 4.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 %satammonium sulfate1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
310 mM1reservoirCaCl2
42.5-5.0 %(v/v)PEG2001reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 8054 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Num. measured all: 10825

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.155 / 最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1262 0 2 157 1421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.028
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.034
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1980.14
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2390.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2860.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2830.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.53.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8054 / σ(I): 2 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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